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leiyinwill版主
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[交流]
【求助/交流】淀粉酶吸附 已有4人参与
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| 看很多文献上面说淀粉酶对淀粉的降解一般都与淀粉酶和淀粉的吸附呈正相关。然而我最近做的却不是那么回事，现在就在查找这方面的文献。 |
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这个和吸附无关。应该说是碰撞，也就是酶反应中目前比较通用的collision theory。酶和底物之间的有效碰撞决定于反应效率 Kcoff和你的steric factor, collision frequency, media viscosity,particle size 相关。而且通过stokes-einstein equation, 你还可以得出和particle mobility相关 [ Last edited by lwiaanngg on 2010-9-25 at 00:12 ] |
5楼2010-09-25 00:10:52
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The starch-binding domain from glucoamylase disrupts the structure of starch Stacey M. Southall, Peter J. Simpson, Harry J. Gilbert, Gary Williamson, Michael P. Williamson 1999年的文章，不过影响因子较高。话说楼主过这么久了，对于这个问题有什么新的看法也一起分享下嘛！ 由于我暂时不做生淀粉酶，所以对生淀粉酶吸附和降解生淀粉的了解暂时限于这篇文章，文中说生淀粉酶降解生淀粉需要SBD去改变生淀粉晶体的结构，看起来不仅仅是与steric factor, collision frequency, media viscosity,particle size 这些因素有关那么简单，我认为这些因素更适合没有SBD的淀粉酶。如果非要说有关系，那就是吸附使collision frequency增大，就像核糖体结合在mRNA上使得翻译效率更高（不知道我这个举例恰不恰当）。 而且不是所有能够降解生淀粉的淀粉酶都有SBD的，有的没有SBD的淀粉酶降解非生淀粉更快，降解生淀粉就是蜗牛，并不是不能降解。至于吸附与降解是否为正相关，各人做法不一定完全相同，所得结果不同也正常，而且这个做法也只是习惯做法，里面还有些非人为可以控制的因素，就像是都是1克淀粉，你说马铃薯生淀粉和木薯生淀粉哪个的生淀粉分子数量多？这里面涉及品种（品种都可能有上百种了）、颗粒大小、预处理，甚至打粉的时候或者烘烤的时候一部分生淀粉已经变性不是生淀粉晶体也有可能（这两种生淀粉的变性温度不一样的），所以不必对自己的实验结果太纠结。而且人家也就是说一般规律，没包括你自己的实验。 顺便附上我找到的Collision theory资料，当是学习一下。网页上说该概念是1916年提出的，距今差不多百年。楼上朋友说该理论是目前比较通用的，我猜想可能是理论体系与时俱进，不断丰富，所以生命力持久至今，我也觉得是可取的，只是需要具体情况具体分析。 网址为http://en.wikivisual.com/index.php/Collision_theory Collision theory is a theory, proposed by Max Trautz and William Lewis in 1916 that qualitatively explains how chemical reactions occur and why reaction rates differ for different reactions.IUPAC Goldbook definition of Collision Theory It assumes that for a reaction to occur the reactant particles must collide, but only a certain fraction of the total collisions, the effective collisions, cause the transformation of reactant molecules into products. This is due to the fact that only a fraction of the molecules have sufficient energy and the right orientation at the moment of impact to break the existing bonds and form new bonds. The minimal amount of energy needed so that the molecule is transformed is called activation energy. Collision theory is closely related to chemical kinetics. |
7楼2010-10-03 19:47:06
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看到了你的回复，我不知道你是什么背景的。但是，不论你用的是什么，淀粉酶也罢，糖化酶也罢，如果你从反应的机理来说，collision theory都更好的解释，这个应该才是目前反应工程解释酶反应的基本把，那篇文章只能说研究了某一特定的酶的结构，而并没有提出和吸附的关系。毕竟这是两个完全不同的角度看同一个酶，这篇文章是从结构生物学来看，而吸附更应该从反应工程的角度来看。 “文中说生淀粉酶降解生淀粉需要SBD去改变生淀粉晶体的结构” 这只是对于酶的机理的讨论，但是，如果没有collision，SBD 哪有机会去改变晶体的机构？只能说，这篇文章从酶结构来分析了淀粉酶的催化原理，而并没有从吸附/反应角度来看。 D.clark 的 biochemical engineering对这个反应原理解释的详细。毕竟你做的是反应，是反应，你必然遵守reaction engineering 的基本原理。脱离了基本反应的原理来讨论酶的活性中心，在这里就是SBD，更多地应该是结构生物学的事，用于讨论吸附是没有意义的。 |
9楼2010-10-04 09:39:58
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10楼2010-10-04 13:25:59
