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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-09-20 15:46:55
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Originally posted by zxzj05 at 2010-09-20 11:57:00:

自己组建cluster的效果怎么样，
身边很多人反应组建cluster效果不好，最后成了单独作战了。
也可能是没链好。
你怎么看这个问题？

必须是并行没做好。。。。

现在CLUSTER是非常成熟的技术

但就怕组建CLUSTER的人不专业
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九州浩淼，任其东西，明日何在，但随我意。
11楼2010-09-20 13:28:40
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fegg7502

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zxzj05(金币+4):谢谢回帖交流 2010-09-20 15:46:46
【计算机的型号】HP,联想的服务器，
【研究单位】中科院，山西煤化所，
【计算极限】几百个原子的VASP或者castep的任务吧，
【补充说明】material studio，vasp，高斯等软件。
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心诚意正，方可始终；身无苦灭，永登光明。
12楼2010-09-20 15:41:38
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zzy870720z

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zxzj05(金币+4):谢谢回帖交流 2010-09-20 15:46:36
【计算机的型号】Dell\Intel(R) Xeon(R) CPU E5430\主频2.66GHz\16G内存
【研究单位】大连
【计算极限】用vasp跑256原子的体系还能计算(多大的还不清楚)
【补充说明】16节点组成的小刀片集群，就是并行一直有问题，跨三个节点最快，四个节点并行还没有一个节点快呢。
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
13楼2010-09-20 15:43:53
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)
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zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-09-20 18:28:07
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-09-20 15:43:53:
【计算机的型号】Dell\Intel(R) Xeon(R) CPU E5430\主频2.66GHz\16G内存
【研究单位】大连
【计算极限】用vasp跑256原子的体系还能计算(多大的还不清楚)
【补充说明】16节点组成的小刀片集群，就是并行一直有问 ...

并行并不是随着节点数增加而一直线性下降的
可惜你们是刀片
如果是机架式 直接做双网卡绑定
不用做其他优化应该也能提到很多

PS：VASP编译的时候一些必要的优化参数你们都尝试过了嘛？
      我知道有用VASP更牛的，并行还不如串行快。。。
      而且还是一个很牛的量化组
      后来找一个公司帮他们搞定的。。
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九州浩淼，任其东西，明日何在，但随我意。
14楼2010-09-20 16:14:13
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zzy870720z

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zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-09-20 18:28:16
引用回帖:
Originally posted by 风间的记忆 at 2010-09-20 16:14:13:


并行并不是随着节点数增加而一直线性下降的
可惜你们是刀片
如果是机架式 直接做双网卡绑定
不用做其他优化应该也能提到很多

PS：VASP编译的时候一些必要的优化参数你们都尝试过了嘛？
      我知道有 ...

有可能使我们编译的问题，呵呵，谢谢指教，我们的就是双网卡
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15楼2010-09-20 16:54:23
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)
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zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-09-20 18:28:25
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-09-20 16:54:23:


有可能使我们编译的问题，呵呵，谢谢指教，我们的就是双网卡

额。。。你没理解 服务器都是双网卡
但DELL的机架式服务器是四网卡。。
两个网卡绑定做计算网络接口
两个网卡绑定做管理网络接口
。。。。。。。。。。。。。。
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16楼2010-09-20 17:01:09
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cenwanglai

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老和山猥琐派九段

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zxzj05(金币+4):谢谢回帖交流 2010-09-20 18:27:31
【计算机的型号】台单机8核并行，酷睿E5410四核两颗，双通道，FBDIMM DRRII ECC 内存条2G四根。主板Intel SVA 5000.
【研究单位】浙江大学环境工程研究所
【计算极限】用vasp跑动80个原子做结构优化勉强，静态计算100个原子还行。
【补充说明】我租用了上海超算中心32核计算资源。所以，结构优化类的任务都甩到那里跑，性质计算和模型测试计算就本地来了。
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17楼2010-09-20 18:00:09
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zzy870720z

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引用回帖:
Originally posted by 风间的记忆 at 2010-09-20 17:01:09:


额。。。你没理解 服务器都是双网卡
但DELL的机架式服务器是四网卡。。
两个网卡绑定做计算网络接口
两个网卡绑定做管理网络接口
。。。。。。。。。。。。。。

呵呵，谢谢指教，慢慢想你请教
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
18楼2010-09-20 19:13:12
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qasd

木虫 (著名写手)
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zxzj05(金币+4):谢谢回帖交流 2010-09-20 21:28:46
【计算机的型号】联想深腾7000
【研究单位】CAS
【计算极限】经典分子动力学10万原子左右
【补充说明】64核队列
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19楼2010-09-20 21:07:27
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juloong

木虫 (职业作家)

X射线衍/散射测试
★
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好像做点计算的东西，现在实验的东西太单薄，发文章真难
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20楼2010-09-20 21:49:59
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