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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】溶解曲线法及电泳法检查引物二聚体的差异
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wdy0330

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】溶解曲线法及电泳法检查引物二聚体的差异 已有7人参与

本人在SYBR Green荧光定量PCR结束后做溶解曲线分析，曲线显示未见非特异条带峰，也不存在引物二聚体的峰，但是上述产物电泳时却发现在引物大小位置存在弱条带，这条带是引物二聚体还是引物单链？不知该如何解释？
下图为溶解曲线图：

下图(左面两条带)为电泳图，大小为95bp，凝胶使用Gel Red染色：


[ Last edited by wdy0330 on 2010-9-17 at 17:51 ]
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1楼 2010-09-17 16:53:31
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linxi8579

铜虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
一般来说real time PCR结果很权威了啊，建议重做看看。一般产物也是引物二聚体的位置啊，你的目的带很明显的跟你认为的不明带区分吗，目的产物多大啊？
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2楼2010-09-17 17:37:26
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wdy0330

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by linxi8579 at 2010-09-17 17:37:26:
一般来说real time PCR结果很权威了啊，建议重做看看。一般产物也是引物二聚体的位置啊，你的目的带很明显的跟你认为的不明带区分吗，目的产物多大啊？

具体情况如图所示
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3楼2010-09-18 14:21:50
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★ ★
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silicare:的确如此 2010-09-19 12:17:49
silicare(金币+2):忘加分了~ 2010-09-19 12:19:04
这个峰型不是很漂亮，不像“犀牛角”那般锐利，可能是叠峰了，而且你看峰的前面不是很好~抬得比较高
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4楼2010-09-18 15:06:13
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wdy0330

铜虫 (初入文坛)
silicare:这和rox没关系 2010-09-19 12:18:38
引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2010-09-18 15:06:13:
这个峰型不是很漂亮，不像“犀牛角”那般锐利，可能是叠峰了，而且你看峰的前面不是很好~抬得比较高

在做这个曲线的时候没有放置ROX来矫正，所以有点不漂亮
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5楼2010-09-18 17:15:06
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hzjlan

银虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by wdy0330 at 2010-09-18 17:15:06:


在做这个曲线的时候没有放置ROX来矫正，所以有点不漂亮

rox只是校正孔间差异，对于你一个孔而言影响应该不大吧，而且rox的使用跟仪器有关；另外看那条带亮度应该是引物二聚体，可惜没放Marker。如有错误请各位大虾指出
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6楼2010-09-18 19:27:06
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wdy0330

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by hzjlan at 2010-09-18 19:27:06:

rox只是校正孔间差异，对于你一个孔而言影响应该不大吧，而且rox的使用跟仪器有关；另外看那条带亮度应该是引物二聚体，可惜没放Marker。如有错误请各位大虾指出

左面两条泳道上面的条带为目的条带，下面的欠模糊的为引物二聚体
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7楼2010-09-19 09:37:26
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amilie030312

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你的溶解曲线不是特别漂亮，看你电泳图要么是扩增的循环数太多了，要么是上样量太大了，如果循环数太多了也容易增加引物二聚体的扩增可能，总之这对引物不是特别的好，首先是可以换一对引物试试，如果不想换引物那可以降低引物浓度，减少循环数再看看，如果得到改善也可以继续使用。Rox跟你这问题不搭嘎的。
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8楼2010-09-19 10:37:51
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bigboy123

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
是不是引物放的多，那时引物的条带，而不是引物二聚体。
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供应PCR增量剂
9楼2010-09-19 11:22:43
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wdy0330

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by bigboy123 at 2010-09-19 11:22:43:
是不是引物放的多，那时引物的条带，而不是引物二聚体。

对  我倾向于这种观点，下面的是引物单链，而不是二聚体，不知对否？
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10楼2010-09-19 12:16:28
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