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andywang6137

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】PCR结果不理想,请教高手。 已有15人参与

这是第一次PCR结果,感觉条带不,体系都是按照TaKara 的50ul体系来的。模板,推荐的2.5ng,一般我都用2.5 ul.(反转录前,总RNA稀释了10倍)


就以PCR产物为模板,进行二次PCR。模板量有2.5变为4ul,引物混合物也加倍了,结果还是不好。(第二张图)



后来查看网上需把PCR产物稀释后做模板,,也咨询了师兄,兼并引物条带弱,加大模板或增加循环。综合起来,我就做了如下处理:

(TaKara 50ul推荐体系,buffer 5;Mg2+,3; dNTP 4,模板 2.5ng;引物混合物(20um)2;taq,0.25,剩下的就是加H2O。)

                             原    液      稀释50倍  稀释100倍        原  液

模板量                     2.5  1       2.5     4     4      4          1    1

引物量 (10um)      4     4        8       8     8       8         8    8



以前最多跑35循环,这次加大到45。退火温度50。



结果见第3张图,效果还不如第2张好。



请教高手,这种问题怎么解决。这样的条带能不能做胶回收,T/A克隆。看网上有人说,条带弱,多跑几块胶,一起胶回收,加大量,做T/A克隆,我这个能不能这样做。谢谢!

[ Last edited by andywang6137 on 2010-9-7 at 21:57 ]
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bigboy123

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
silicare(金币+2):有理 2010-09-09 16:45:54
andywang6137(金币+4):谢谢指点 2010-09-09 17:00:59
在这里见到你的图片了,呵呵!
第一次P不好不建议进行二次P,我以前试过,没有太大意义。
常见原因1. 模板质量不好,样本量少且有降解,或者非新鲜样本,反复冻融次数太多,有其他样本核酸太多。
2. 引物设计不合理,兼并引物对于低拷贝的样本扩增时可能会有扩增效率不高,且结果不稳定现象。
3. 可以送你点PCR增强剂试试,条带肯定会变亮,但不知道对你的系统效果有多大。
供应PCR增量剂
8楼2010-09-09 11:24:14
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周_yan

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
andywang6137(金币+2):谢谢指点 2010-09-09 16:58:52
跑的不怎么好,都拖尾了,并且目的条带也不是很亮,建议不要回收。
跑的不好,可能是电泳液和上样的问题,建议换一新电泳液再跑一次。
2楼2010-09-08 09:21:42
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stliimoon

金虫 (小有名气)

andywang6137(金币+4):谢谢指点 2010-09-09 16:59:34
你的这个引物量加的太多了吧!照你这个引物浓度,50ul的体系加入0.5μL就算是最多了吧。taq的量可能也不太好吧,我觉得要是一般的taq,50ul体系加taq0.5ul,要不你这样试试,10*taq buffer,5ul;10um的dNTP 4ul;10um引物,1ul,模板就按你自己的量,taq,0.5ul.其他是水。
同时做一下温度梯度看看。
3楼2010-09-08 15:21:42
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mgangle

铁杆木虫 (著名写手)

乐乐家族-----乐颠颠


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
andywang6137(金币+3):谢谢指点 2010-09-09 16:59:52
我觉得你第二次PCR的时候PCR产物加太多了!因为第一次PCR时就有很多杂带,第二次PCR的模板多,也会相应增加杂带扩增的可能性,所以,你把第一次PCR产物稀释一下再做试试!
要不就是你的引物设计的不太好!个人意见!仅供参考!呵呵!
麦兜麦兜~~~我要一碗鱼丸粗面。。对不起,么有鱼丸粗面。。那,我要鱼丸么有鱼丸那,我要粗面…………么有粗面那,我要鱼丸粗面……………………
4楼2010-09-08 15:30:44
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