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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Semi-empirical » 【求助】半经验方法优化过渡金属？
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x7511413

金虫 (正式写手)

科研小菜

[交流] 【求助】半经验方法优化过渡金属？已有4人参与

专家：你们好！
     请问半经验方法可以用来优化含过渡金属的体系吗？
   我用AM1方法优化Cu时，总是出现如下错误：
Rotational constants (GHZ):      0.0202481      0.0193734      0.0124244
Standard basis: VSTO-3G (5D, 7F)
There are   400 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
   400 basis functions,  1200 primitive gaussians,   400 cartesian basis functions
   240 alpha electrons      239 beta electrons
       nuclear repulsion energy      9684.0231026384 Hartrees.



Warning!  Cu atom  154 has 11 valence electrons but only   4 basis functions.
This is less than a minimal basis set!



NAtoms=  154 NActive=  154 NUniq=  154 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 Big=T
Simple Huckel Guess.
NBasis= 400 NMin= 405 so simple Huckel guess is impossible.
Error termination via Lnk1e in f:\g03\l401.exe at Sat Sep 04 20:41:25 2010.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 20.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    440 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

为什么会出现but only   4 basis functions.？怎样解决呢 ？ 当我优化其他过渡金属如Cd时就可以正常进行。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-9-7 at 12:32 ]
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哦也
1楼2010-09-04 21:18:27
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
x7511413(金币+1): 2010-09-06 16:22:13
AM1不可以算Cu！
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2楼2010-09-05 07:51:14
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sunhaitao

木虫 (小有名气)
是的。换个方法
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一点一点进步！
3楼2010-09-05 09:13:03
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x7511413

金虫 (正式写手)

科研小菜
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-09-05 07:51:14:
AM1不可以算Cu！

谢谢您的回复！能不能解释一下呢？或者指导我该找什么资料看呢？ 那请问可以算 Zn和  Ni  吗？
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哦也
4楼2010-09-05 15:11:44
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
x7511413(金币+1): 2010-09-06 16:22:18
引用回帖:
Originally posted by x7511413 at 2010-09-05 15:11:44:

谢谢您的回复！能不能解释一下呢？或者指导我该找什么资料看呢？ 那请问可以算 Zn和  Ni  吗？

老的半经验方法原本就参数不全，支持的元素种类较少。而且在gaussian里，个别原本支持的元素出于种种原因被删除了。

建议用PM6。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
5楼2010-09-05 22:56:18
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by x7511413 at 2010-09-05 15:11:44:

谢谢您的回复！能不能解释一下呢？或者指导我该找什么资料看呢？ 那请问可以算 Zn和  Ni  吗？

beefly专家已经给你解释了。你可以下个MOPAC2009
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6楼2010-09-06 16:57:19
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tiechong

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gaussian09里也有PM6 ,不过没用过,不知道效果怎么样
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7楼2010-09-07 00:01:42
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x7511413

金虫 (正式写手)

科研小菜
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-09-06 16:57:19:

beefly专家已经给你解释了。你可以下个MOPAC2009

谢谢您！
可是发表在JACS上的一篇文献做到了。他们是怎么做到的呢？
  文献题目为：Carbonyl-Ene Reactions Catalyzed by Bis(oxazoline) Copper (II) Complexes Proceed by a Facile Stepwise Mechanism: DFT and ONIOM (DFT:  PM3)
Studies

他是这样做到的：The ONIOM calculations were carried out with a slightly modified version of Gaussian98 developed by us which incorporates the semiempirical parameterization for transition metals (from ref. 11).  其中 ref.11 :为 (a) Thiel, W.; Voityuk, A. A. Theor. Chim. Acta 1992, 81, 391 404. (b)
Thiel, W.; Voityuk, A. A. Theor. Chim. Acta 1996, 93, 315. (c)
HyperChem, Hypercube, Inc.: Gainesville, FL  三篇参考文献。

   请问如何修改半经验参数呢？
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哦也
8楼2010-09-07 07:34:55
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by x7511413 at 2010-09-07 07:34:55:
谢谢您！
可是发表在JACS上的一篇文献做到了。他们是怎么做到的呢？
  文献题目为：Carbonyl-Ene Reactions Catalyzed by Bis(oxazoline) Copper (II) Complexes Proceed by a Facile Stepwise Mechanism: DFT ...

细节还是自己慢慢琢磨吧！！！水平有限，不能解答.
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9楼2010-09-07 08:48:25
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
heyo_123(金币+1):区长出马，一个顶俩！ 2010-09-07 10:50:01
你说的这个算法我还是第一次见到。不能给你明确回答

半经验算法几乎能做全部元素，但是必须自己写参数
比如这个文献中（JPCB 2008 112 4204），作者将AM1和PM3分别发展成了SparkleAM1和SparklePM3，用来做镧系金属还是不错的。
要想得到SparkleAM1和SparklePM3的具体参数，需要写信跟作者要
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10楼2010-09-07 09:02:14
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