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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】DNAMAN序列比对结果的N是什么意思
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silicare

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xiaoru2010(金币+2):谢谢美女！ 2010-09-06 16:05:13
如果你的原文本中出现非碱基序列或其他的无法识别信息符号等就会出现N
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11楼2010-09-06 13:57:19
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hyw1989960

木虫 (正式写手)

快乐家族二十八
★
xiaoru2010(金币+1):谢谢参与
比对没用dnaman，一般都用vector nti
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快乐家族
12楼2010-09-06 15:15:13
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lpwlp

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+2):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-09-06 23:45:32
引用回帖:
Originally posted by xiaoru2010 at 2010-09-06 09:15:11:

可是前面20个引物序列也属于保守范围啊，这样我的比对图里碱基数目就不对了，这样不行吧

不会呀，你比的有问题吧，你就多看你比对的结果，那几个N不会对你的比对结果有影响的，其实DNAman的比对不智能，还不如在genbank上比，很清楚
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13楼2010-09-06 22:56:33
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xiaoru2010

引用回帖:
Originally posted by lpwlp at 2010-09-06 22:56:33:


不会呀，你比的有问题吧，你就多看你比对的结果，那几个N不会对你的比对结果有影响的，其实DNAman的比对不智能，还不如在genbank上比，很清楚

我要的是MAN出来那个图，不过顺便问下，genbank里可以输入自己的多条序列同时比对吗？
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14楼2010-09-08 08:13:13
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xiaoru2010

引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-09-06 13:57:19:
如果你的原文本中出现非碱基序列或其他的无法识别信息符号等就会出现N

谢谢斑竹咯！我的大问题解决了，可是本来都是146个碱基的，将结果以图片形式保存后怎么样都是少最后一个碱基，所有的都没那个碱基，将每行长度增加也不行，不知道又是怎么回事？
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15楼2010-09-08 08:15:19
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silicare

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★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xiaoru2010 at 2010-09-08 08:15:19:

谢谢斑竹咯！我的大问题解决了，可是本来都是146个碱基的，将结果以图片形式保存后怎么样都是少最后一个碱基，所有的都没那个碱基，将每行长度增加也不行，不知道又是怎么回事？

这个是软件自身的bug，设计的有些问题，它是按0位开始，却按尾数计数

所以这个需要在比对之后在序列的末尾敲入一个空格

这样就可以识别正确的碱基个数，同时末端的所有空格是不参与图片输出的

试试吧
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16楼2010-09-08 08:46:05
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xiaoru2010

引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-09-08 08:46:05:



这个是软件自身的bug，设计的有些问题，它是按0位开始，却按尾数计数

所以这个需要在比对之后在序列的末尾敲入一个空格

这样就可以识别正确的碱基个数，同时末端的所有空格是不参与图片输出的

试试吧

哇，真不愧是斑竹！！太强大的思想！我试了，空格不行，我比的是40个序列，就往其中任何一个末端加了一个A，奇妙的是A没显示，就出现了我要的结果，太谢谢您了
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17楼2010-09-08 08:57:17
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