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Prettyswan

木虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】如何从Murnaghan方程的结果中得到优化的晶格参数？

已经根据候柱峰的《入门指南》得到了EtVo.dat并且已经使用Murn得到了Murnaghan方程的拟合曲线，但是不知道如何由拟合曲线得到优化的晶格参数。
这是使用murn的输入内容：

引用回帖:

least-squares fit of etot(v) by Murnaghan eq.

         UNIT OF LENGTH: ULA =    0.529177  ANGSTROEM
2
         UNIT OF ENERGY: IUNIT = 2:
                                       (ENERGIES INPUT IN ELECTRONVOLTS)

0.25
IN THE STRUCTURE CONSIDERED, THE UNIT CELL VOLUME = A**3  *    0.250000

11.654 11.674 50
min and max alat(bohr) to compute Etot for at  50 points =       11.6540000 and       11.6740000
11
      NUMBER OF DATA POINTS: N = 11
-------------------------------------------------------------------------------

   I    ALATT       VOLUME       ENERGY (EV)          ENERGY (RY)

11.654 -138.628584
11.656 -138.625185
11.658 -138.621861
11.660 -138.618444
11.662 -138.615030
11.664 -138.611600
11.666 -138.608153
11.668 -138.604723
11.670 -138.601295
11.672 -138.597855
11.674 -138.594417
   1    11.654000    395.699089 -138.6285840000 -138.6285840000
   2    11.656000    395.902847 -138.6251850000 -138.6251850000
   3    11.658000    396.106676 -138.6218610000 -138.6218610000
   4    11.660000    396.310574 -138.6184440000 -138.6184440000
   5    11.662000    396.514542 -138.6150300000 -138.6150300000
   6    11.664000    396.718581 -138.6116000000 -138.6116000000
   7    11.666000    396.922689 -138.6081530000 -138.6081530000
   8    11.668000    397.126867 -138.6047230000 -138.6047230000
   9    11.670000    397.331116 -138.6012950000 -138.6012950000
10    11.672000    397.535434 -138.5978550000 -138.5978550000
11    11.674000    397.739823 -138.5944170000 -138.5944170000
-------------------------------------------------------------------------------

   ALATT0 VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)    B0PRIME    E0 (EV)    E0 (RY)

   11.6540 395.69909    1.00000    4.00000 -138.62858    -2.44802
                                                            (=INITIAL GUESS)

MIN: 5.8270    49.46239    0.01000    0.01000
MAX:  17.4810 1335.48442    10.00000    10.00000
-------------------------------------------------------------------------------

这是拟合Murnaghan方程的结果：

引用回帖:

FIT BY MURNAGHAN EQUATION EQUATION OF STATE
-------------------------------------------------------------------------------

ITER ALATT0 VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)    B0PRIME    E0 (EV) SUM OF SQUARES
                                                                        IERR

20  11.6070 390.93557    44.22016 236.91881 -138.68376    0.00000
                                                                           10
40  11.6049 390.71578    51.35014 279.16539 -138.69018    0.00000
                                                                           10
60  11.6074 390.96808    54.84225 298.57001 -138.68727    0.00000
                                                                           10
80  11.6097 391.20231    57.16045 311.12902 -138.68418    0.00000
                                                                           10
  100  11.6115 391.38848    60.24171 328.23583 -138.68202    0.00000
                                                                           10
  120  11.6140 391.63791    63.73295 347.38332 -138.67885    0.00000
                                                                           10
  140  11.6139 391.63337    63.96723 348.76331 -138.67898    0.00000
                                                                           1
  160  11.6154 391.78090    66.11759 360.53890 -138.67708    0.00000
                                                                           10
  180  11.6176 392.00145    70.13895 382.68500 -138.67434    0.00000
                                                                           10
  200  11.6195 392.19658    73.85296 403.11390 -138.67187    0.00000
                                                                           10
  220  11.6195 392.19099    74.58457 407.31816 -138.67209    0.00000
                                                                           1
  240  11.6219 392.43936    79.45171 433.91890 -138.66886    0.00000
                                                                           10
  260  11.6239 392.63890    85.90905 469.79775 -138.66655    0.00000
                                                                           10
  280  11.6258 392.83065    90.77614 496.44831 -138.66405    0.00000
                                                                           10
  300  11.6257 392.82255    90.96167 497.60759 -138.66420    0.00000
                                                                           1
  320  11.6281 393.06961    98.66533 539.95532 -138.66103    0.00000
                                                                           10
  340  11.6300 393.25841 105.75179 578.99435 -138.65864    0.00000
                                                                           10
  360  11.6312 393.38182 111.21954 609.14271 -138.65709    0.00000
                                                                           10
  380  11.6330 393.56618 120.91667 662.70032 -138.65482    0.00000
                                                                           10
  400  11.6344 393.70253 128.29361 703.35551 -138.65307    0.00000
                                                                           10
  420  11.6356 393.83222 136.90084 750.87243 -138.65145    0.00000
                                                                           10
  440  11.6370 393.97242 147.20622 807.70666 -138.64969    0.00000
                                                                           10
  460  11.6377 394.04404 153.29677 841.35978 -138.64880    0.00000
                                                                           10
  480  11.6377 394.04397 153.37512 841.79671 -138.64880    0.00000
                                                                           1
  500  11.6377 394.04407 153.37242 841.77987 -138.64880    0.00000
                                                                           1
  520  11.6377 394.04441 153.38161 841.82848 -138.64879    0.00000
                                                                           1
  540  11.6377 394.04446 153.41227 842.00057 -138.64879    0.00000
                                                                           1
  560  11.6377 394.04474 153.41587 842.01819 -138.64879    0.00000
                                                                           1
  580  11.6377 394.04466 153.42263 842.05719 -138.64879    0.00000
                                                                           1
  600  11.6380 394.07095 155.59950 854.05452 -138.64846    0.00000
                                                                           1
  620  11.6380 394.07058 155.62739 854.21573 -138.64846    0.00000
                                                                           0
-------------------------------------------------------------------------------

   ALATT0 VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)    B0PRIME    E0 (EV)    E0 (RY)

alat=  11.63799 b0=  155.6274 b0p= 854.216 E0=  -5.095122
   11.6380 394.07058 155.62739 854.21573 -138.64846 -10.19037
      6.1586
-------------------------------------------------------------------------------

      alat(A)       energy(Ryd)          alat(bohr)       ener gy(H)
-------------------------------------------------------------------------------

      6.16703       -10.1889123    11.65400       -5.0944562
      6.16725       -10.1888623    11.65441       -5.0944312
      6.16746       -10.1888121    11.65482       -5.0944061
      6.16768       -10.1887618    11.65522       -5.0943809
      6.16789       -10.1887115    11.65563       -5.0943557
      6.16811       -10.1886610    11.65604       -5.0943305
      6.16833       -10.1886104    11.65645       -5.0943052
      6.16854       -10.1885597    11.65686       -5.0942799
      6.16876       -10.1885090    11.65727       -5.0942545
      6.16897       -10.1884581    11.65767       -5.0942291
      6.16919       -10.1884073    11.65808       -5.0942036
      6.16941       -10.1883563    11.65849       -5.0941782
      6.16962       -10.1883053    11.65890       -5.0941527
      6.16984       -10.1882543    11.65931       -5.0941271
      6.17005       -10.1882032    11.65971       -5.0941016
      6.17027       -10.1881521    11.66012       -5.0940760
      6.17049       -10.1881009    11.66053       -5.0940504
      6.17070       -10.1880497    11.66094       -5.0940248
      6.17092       -10.1879985    11.66135       -5.0939992
      6.17113       -10.1879472    11.66176       -5.0939736
      6.17135       -10.1878959    11.66216       -5.0939479
      6.17157       -10.1878446    11.66257       -5.0939223
      6.17178       -10.1877932    11.66298       -5.0938966
      6.17200       -10.1877418    11.66339       -5.0938709
      6.17221       -10.1876904    11.66380       -5.0938452
      6.17243       -10.1876390    11.66420       -5.0938195
      6.17265       -10.1875876    11.66461       -5.0937938
      6.17286       -10.1875361    11.66502       -5.0937681
      6.17308       -10.1874847    11.66543       -5.0937423
      6.17329       -10.1874332    11.66584       -5.0937166
      6.17351       -10.1873817    11.66624       -5.0936909
      6.17373       -10.1873302    11.66665       -5.0936651
      6.17394       -10.1872787    11.66706       -5.0936393
      6.17416       -10.1872272    11.66747       -5.0936136
      6.17437       -10.1871756    11.66788       -5.0935878
      6.17459       -10.1871241    11.66829       -5.0935620
      6.17481       -10.1870725    11.66869       -5.0935363
      6.17502       -10.1870209    11.66910       -5.0935105
      6.17524       -10.1869694    11.66951       -5.0934847
      6.17545       -10.1869178    11.66992       -5.0934589
      6.17567       -10.1868662    11.67033       -5.0934331
      6.17589       -10.1868146    11.67073       -5.0934073
      6.17610       -10.1867630    11.67114       -5.0933815
      6.17632       -10.1867114    11.67155       -5.0933557
      6.17653       -10.1866598    11.67196       -5.0933299
      6.17675       -10.1866081    11.67237       -5.0933041
      6.17697       -10.1865565    11.67278       -5.0932782
      6.17718       -10.1865049    11.67318       -5.0932524
      6.17740       -10.1864532    11.67359       -5.0932266
      6.17761       -10.1864016    11.67400       -5.0932008

请问，如何从拟合的结果中得到优化后的晶格参数呢？
我注意到：

引用回帖:

   ALATT0 VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)    B0PRIME    E0 (EV)    E0 (RY)

alat=  11.63799 b0=  155.6274 b0p= 854.216 E0=  -5.095122
   11.6380 394.07058 155.62739 854.21573 -138.64846 -10.19037
      6.1586

是不是说11.63799是我要的参数？这不在我的预期范围内，这正常么？

另外：

引用回帖:

ITER ALATT0 VOL0 (ULA**3) B0 (MBAR) B0PRIME E0 (EV) SUM OF SQUARES
IERR

中的ITER和IERR是什么意思？

[ Last edited by Prettyswan on 2010-8-26 at 19:54 ]

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1楼 2010-08-25 20:54:50

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Prettyswan

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引用回帖:

Originally posted by qiqi2926 at 2010-11-09 18:07:36:
这个曲线用MATLAB就可以拟合了。。。

我不太可能为了这个专门装一个MATLAB吧，呵呵

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8楼2010-11-10 17:35:15

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wangyujia

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你好！请问你弄明白了吗？弄明白了教教我，谢谢！

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2楼2010-10-12 15:17:24

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lzllzl

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ITER是拟合时循环的次数，IERR是误差的级别好像

elk.sourceforge.net
elk程序包里有一个eos模块很容易计算V0，然后计算晶格常数

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3楼2010-10-12 22:03:48

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zhang668

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★ ★
ym23(金币+2):欢迎常来交流，更鼓励使用程序交流 2010-10-12 22:34:33

我正好也遇到这个问题。我的EtVo.dat文件里每个V，E结果出现的次数和并行节点数一样，不是只出现一次。不知道问题出现在哪里？下面是我的程序：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.37 3.42 3.47 3.52 3.57 3.62 3.67 3.72 3.77 3.82 3.87 3.92 3.97 4.02 4.07 4.12 4.17 4.22
do
cat > POSCAR < BiFeO3
$i
1 0 0
0 1 0
0 0 1
3 1 1
Direct
0.5 0.5 0
0.5 0 0.5
0 0.5 0.5
0.5 0.5 0.5
0 0 0
!
~/vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'`

得到E，V数值后，写个inp.m，用murn.x可以得到，但是目前我还没成功，一直提示：no star: incomprehensible list input
apparent state: unit 5 (unnamed)
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
然后也没生成fout.dat文件.

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4楼2010-10-12 22:22:27

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