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tpp001

金虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题已有9人参与

我的运行命令是g_bhond -f 1.xtc -s md.tpr -num num.xvg, 生成了一个num.xvg文件. 查看这个文件有3列，第一列是时间，第二列是氢键数，第三列是pairs within 0.35nm. 我的疑问是，有的时间对应的第三列是0，即pairs within 0.35nm的对数是0，可是氢键的数目不是0，为什么呢。我觉得如果没有满足pairs within 0.35nm这个条件的，就不应该存在氢键吧。

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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou

1楼 2010-08-13 08:36:43

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pl996

禁虫

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

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8楼2019-12-31 11:23:20

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bridgeqbf

新虫 (初入文坛)

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★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 09:01:48

I just read the function "is_hbond" in the code of gmx_hbond.c, it seems that hb is the common concept satisfying the distance and angle criteria, while #contact is the those contact which satisfy the distance criterion but not angle criterion.

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4楼2010-08-17 16:16:34

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tpp001

金虫 (著名写手)

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引用回帖:

Originally posted by bridgeqbf at 2010-08-17 16:16:34:
I just read the function "is_hbond" in the code of gmx_hbond.c, it seems that hb is the common concept satisfying the distance and angle criteria, while #contact is the those contact whi ...

thank you

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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou

6楼2010-08-19 11:16:07

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