| 查看: 1305 | 回复: 10 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[交流]
【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题已有9人参与
|
||||
| 我的运行命令是g_bhond -f 1.xtc -s md.tpr -num num.xvg, 生成了一个num.xvg文件. 查看这个文件有3列，第一列是时间，第二列是氢键数，第三列是pairs within 0.35nm. 我的疑问是，有的时间对应的第三列是0，即pairs within 0.35nm的对数是0，可是氢键的数目不是0，为什么呢。我觉得如果没有满足pairs within 0.35nm这个条件的，就不应该存在氢键吧。 |
回复此楼» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 氢键 |
» 猜你喜欢
专科院校申请国自然
已经有22人回复
-
论文被硕导卡
已经有5人回复
-
第一篇论文投稿进程记录
已经有11人回复
-
博后网上办公系统维护
已经有22人回复
-
暑假孩子一个人在家可以干什么
已经有7人回复
-
offer选择
已经有3人回复
-
夏至，要不要硕博联谊
已经有8人回复
-
基金评审时，评审专家还回去看申请人代表作之外的文章吗？
已经有12人回复
-
CSC博士联培对将来就业有用吗
已经有5人回复
-
对象没有，还非常想读博，难以抉择
已经有52人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】gromacs周期性边界条件问题
已经有9人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件
已经有8人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
8楼2019-12-31 11:23:20
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 09:01:48
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 09:01:48
| I just read the function "is_hbond" in the code of gmx_hbond.c, it seems that hb is the common concept satisfying the distance and angle criteria, while #contact is the those contact which satisfy the distance criterion but not angle criterion. |
4楼2010-08-17 16:16:34
6楼2010-08-19 11:16:07
lao7
金虫 (正式写手)
- 应助: 22 (小学生)
- 金币: 1305.3
- 散金: 30
- 红花: 5
- 帖子: 787
- 在线: 176.5小时
- 虫号: 1041612
- 注册: 2010-06-14
- 性别: MM
- 专业: 电磁场与电路
7楼2019-12-23 15:55:43
10