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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题 已有9人参与

我的运行命令是g_bhond -f 1.xtc -s md.tpr -num num.xvg, 生成了一个num.xvg文件. 查看这个文件有3列，第一列是时间，第二列是氢键数，第三列是pairs within 0.35nm. 我的疑问是，有的时间对应的第三列是0，即pairs within 0.35nm的对数是0，可是氢键的数目不是0，为什么呢。我觉得如果没有满足pairs within 0.35nm这个条件的，就不应该存在氢键吧。
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2010-08-13 08:36:43
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bridgeqbf at 2010-08-17 16:16:34:
I just read the function "is_hbond" in the code of gmx_hbond.c, it seems that  hb is the common concept satisfying the distance and angle criteria, while #contact is the those contact whi ...

thank you
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
6楼2010-08-19 11:16:07
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bridgeqbf

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 09:01:48
I just read the function "is_hbond" in the code of gmx_hbond.c, it seems that  hb is the common concept satisfying the distance and angle criteria, while #contact is the those contact which satisfy the distance criterion but not angle criterion.
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4楼2010-08-17 16:16:34
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lao7

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
很简单，你真正的模拟之前已经短暂预运行了。而且真正的氢键数目应该是总数除以分子单位数，这样小于1的都可忽略。起点就是0附近了
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7楼2019-12-23 15:55:43
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pl996

禁虫
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
8楼2019-12-31 11:23:20
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