| 查看: 2465 | 回复: 10 | ||||
[交流]
【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题 已有9人参与
|
||||
| 我的运行命令是g_bhond -f 1.xtc -s md.tpr -num num.xvg, 生成了一个num.xvg文件. 查看这个文件有3列，第一列是时间，第二列是氢键数，第三列是pairs within 0.35nm. 我的疑问是，有的时间对应的第三列是0，即pairs within 0.35nm的对数是0，可是氢键的数目不是0，为什么呢。我觉得如果没有满足pairs within 0.35nm这个条件的，就不应该存在氢键吧。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 氢键 |
» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有3人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有4人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有5人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有5人回复
-
梦想
已经有3人回复
-
面上合作单位盖章
已经有3人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有5人回复
-
基金不中，共勉
已经有7人回复
-
为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】gromacs周期性边界条件问题
已经有9人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件
已经有8人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 09:01:48
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 09:01:48
| I just read the function "is_hbond" in the code of gmx_hbond.c, it seems that hb is the common concept satisfying the distance and angle criteria, while #contact is the those contact which satisfy the distance criterion but not angle criterion. |
4楼2010-08-17 16:16:34
zhuhongaaa
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 396.9
- 红花: 2
- 帖子: 607
- 在线: 23小时
- 虫号: 748787
- 注册: 2009-04-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
2楼2010-08-13 14:16:23
3楼2010-08-13 20:46:51
yipan01
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 23635.2
- 散金: 86
- 红花: 1
- 帖子: 1854
- 在线: 3322.8小时
- 虫号: 279731
- 注册: 2006-09-16
- 性别: GG
- 专业: 泛函分析
5楼2010-08-18 05:02:58
6楼2010-08-19 11:16:07
lao7
金虫 (正式写手)
- 应助: 22 (小学生)
- 金币: 1306.3
- 散金: 30
- 红花: 6
- 帖子: 787
- 在线: 176.6小时
- 虫号: 1041612
- 注册: 2010-06-14
- 性别: MM
- 专业: 电磁场与电路
7楼2019-12-23 15:55:43
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
8楼2019-12-31 11:23:20
|
本帖内容被屏蔽 |
9楼2020-01-02 14:24:52
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
10楼2020-01-03 16:01:35
投票:
10