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【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题 已有9人参与
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| 我的运行命令是g_bhond -f 1.xtc -s md.tpr -num num.xvg, 生成了一个num.xvg文件. 查看这个文件有3列，第一列是时间，第二列是氢键数，第三列是pairs within 0.35nm. 我的疑问是，有的时间对应的第三列是0，即pairs within 0.35nm的对数是0，可是氢键的数目不是0，为什么呢。我觉得如果没有满足pairs within 0.35nm这个条件的，就不应该存在氢键吧。 |
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 氢键 |
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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10楼2020-01-03 16:01:35
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 09:01:48
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 09:01:48
| I just read the function "is_hbond" in the code of gmx_hbond.c, it seems that hb is the common concept satisfying the distance and angle criteria, while #contact is the those contact which satisfy the distance criterion but not angle criterion. |
4楼2010-08-17 16:16:34
6楼2010-08-19 11:16:07
lao7
金虫 (正式写手)
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7楼2019-12-23 15:55:43
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