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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】仍然是关于引物的一个问题！！！
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hnndpt

铁虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】仍然是关于引物的一个问题！！！ 已有2人参与

欲克隆棉花中的一个基因，在NCBI上已经搜索到这个基因mRNA的全长，目的是要编码区，以后可能转基因药用，请问该怎样设计引物？
       有同学说直接从起始密码子开始设计，也有人说从起始密码子前的一段序列中设计。我也想从起始密码子开始设计，于是选用编码区前21个碱基作为引物，但是用软件分析后发现这个引物不太合适，存在错配，颈环等现象，利用引物设计软件设计发现在起始密码子附近没有合适的引物，请问我该怎么办？
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1楼 2010-08-10 10:40:52
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mgangle

铁杆木虫 (著名写手)

乐乐家族-----乐颠颠
hnndpt(金币+1): 2010-08-11 09:00:14
软件分析只供参考，因为你要扩全长就必须在这个位置扩增，所以你可以在扩增时通过调整退火温度来到达目的！
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麦兜麦兜~~~我要一碗鱼丸粗面。。对不起，么有鱼丸粗面。。那，我要鱼丸么有鱼丸那，我要粗面…………么有粗面那，我要鱼丸粗面……………………
5楼2010-08-10 15:57:23
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love_st

金虫 (著名写手)
软件给出的分析结果毕竟也只是参考，很多时候条件不好，扩增或许也还不错的
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2楼2010-08-10 11:33:40
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ben1147

木虫 (正式写手)
★ ★
amisking(金币+2):good！ 2010-08-10 12:52:27
lmzxcom1:其实更多时候还是要认为去设计和验证的，不要依赖软件，它只是辅助 2010-08-10 13:06:40
hnndpt(金币+1): 2010-08-10 15:12:29
5'UTR长度是有限的，要想扩全长只能在这里设计了
软件只是个理论情况，选几个还看得过去的引物，实际P一下看看，调整一下条件，用用Touchdown，加点DMSO之类的，没准能P出来呢
一旦有了条带赶紧克隆到质粒上，测序正确的话以后就直接从质粒上切或者P
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3楼2010-08-10 12:15:02
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shenfei-

铜虫 (小有名气)
其实软件处理的结果只是理论，稍微优化下，找几对引物P一下看看，一般可以的
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走别人的路，只能让自己无路可走；走自己的路，让别人跟着走
4楼2010-08-10 15:29:57
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