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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】gaussian中简正坐标的输出
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tiancj

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】gaussian中简正坐标的输出 已有2人参与

在一篇文章《Vibrational Analysis in Gaussian》中说到“The purpose of this document is to describe how Gaussian calculates the reduced mass, frequencies, force constants, and normal coordinates which are printed out at the end of a frequency calculation.”从这句话看normal coordinates应该在计算频率的时候打印出来了啊，可是不知道哪地方给的是normal coordinates？以H2o为例，计算频率时的部分输出为：
(Enter /home/gau03/g03/l716.exe)
Dipole        =-3.44478646D-17-3.96506834D-17-6.72452773D-01
Polarizability= 4.00613449D-02 3.18281559D-16 5.50808430D+00
                 1.58802971D-16 1.97181875D-16 2.56587227D+00
HyperPolar    =-3.59200065D-17-6.27316867D-18-2.96845704D-16
                -1.10949459D-14 7.62420726D-02-3.00230546D-16
                -7.01237208D+00-1.56024452D-16 2.91713493D-15
                -4.11420102D+00
Full mass-weighted force constant matrix:
Low frequencies ---   -6.0514   -1.0843   -0.0019   -0.0012   -0.0009    4.5788
Low frequencies --- 2170.0372 4140.0019 4391.0737
Diagonal vibrational polarizability:
        0.0000000       0.0418305       0.1108974
Harmonic frequencies (cm**-1), IR intensities (KM/Mole), Raman scattering
activities (A**4/AMU), depolarization ratios for plane and unpolarized
incident light, reduced masses (AMU), force constants (mDyne/A),
and normal coordinates:（这里也显示normal coordinates，但是不知道怎么看，我怎么找不到啊？
                     1                      2                      3
                    A1                     A1                     B2
Frequencies --  2170.0372              4140.0019              4391.0737
Red. masses --     1.0785                 1.0491                 1.0774
Frc consts  --     2.9923                10.5941                12.2392
IR Inten    --     7.2379                44.2862                29.9710
Atom AN      X      Y      Z        X      Y      Z        X      Y      Z
   1   1     0.00   0.45   0.54     0.00  -0.57   0.42     0.00   0.54  -0.45
   2   1     0.00  -0.45   0.54     0.00   0.57   0.42     0.00   0.54   0.45
   3   8     0.00   0.00  -0.07     0.00   0.00  -0.05     0.00  -0.07   0.00
谢谢指点。
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1楼 2010-08-01 15:53:26
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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★ ★ ★
tiancj(金币+5): 2010-08-01 16:21:00
zhou2009(金币+3): 2010-09-23 16:43:18
Atom AN      X      Y      Z        X      Y      Z        X      Y      Z
   1   1     0.00   0.45   0.54     0.00  -0.57   0.42     0.00   0.54  -0.45
   2   1     0.00  -0.45   0.54     0.00   0.57   0.42     0.00   0.54   0.45
   3   8     0.00   0.00  -0.07     0.00   0.00  -0.05     0.00  -0.07   0.00
这个就是。例如2号原子的X,Y,Z坐标构成第1种简正坐标的系数为0.00 -0.45 0.54。
你把这里每个振动模式的3*3矩阵排列成9*1就容易看出简正坐标与原先3N坐标的关系了。如第一个简正坐标：
0.00
0.45
0.54
0.00
-0.45
0.54
0.00
0.00
-0.07

[ Last edited by sobereva on 2010-8-1 at 16:18 ]
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2楼2010-08-01 16:04:47
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tiancj

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-08-01 16:04:47:
Atom AN      X      Y      Z        X      Y      Z        X      Y      Z
   1   1     0.00   0.45   0.54     0.00  -0.57   0.42     0.00   0.54  -0.45
   2   1     0.00  -0.45   0.54     0.00   ...

这里是简正坐标吗？这不是振动模式1下振动时原子2在x，y，z方向的变化量吗？感觉这是笛卡尔坐标啊?!谢谢你的帮助!
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3楼2010-08-01 16:26:12
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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★
tiancj(金币+5): 2010-08-01 23:21:52
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！！ 2010-08-02 08:26:03
简正振动坐标和原始3N个笛卡尔坐标是一个线性变换的关系，前者可写为后者的线性组合。每个振动模式对应一简正坐标，由于简正坐标在每个原子笛卡尔坐标上都有分量，所以振动自然会体现在原子笛卡尔坐标的变化上。
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4楼2010-08-01 17:01:37
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tiancj

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-08-01 17:01:37:
简正振动坐标和原始3N个笛卡尔坐标是一个线性变换的关系，前者可写为后者的线性组合。每个振动模式对应一简正坐标，由于简正坐标在每个原子笛卡尔坐标上都有分量，所以振动自然会体现在原子笛卡尔坐标的变化上。

谢谢！那这里的0.00 -0.45 0.54等指的是前者（简正坐标）还是后者（笛卡尔坐标）啊？输出结果里能不能前者后者都看到呢？或者是看到具体怎么变换的吗？
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5楼2010-08-01 23:34:49
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sobereva

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heyo_123(金币+1):鼓励交流！！！ 2010-08-02 08:26:11
引用回帖:
Originally posted by tiancj at 2010-08-01 23:34:49:



谢谢！那这里的0.00 -0.45 0.54等指的是前者（简正坐标）还是后者（笛卡尔坐标）啊？输出结果里能不能前者后者都看到呢？或者是看到具体怎么变换的吗？

是简正坐标在笛卡尔坐标上的分量
你最好先了解了解基、坐标变换的概念，线数书上一般就有相关知识。
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6楼2010-08-01 23:41:03
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tiancj

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-08-01 23:41:03:


是简正坐标在笛卡尔坐标上的分量
你最好先了解了解基、坐标变换的概念，线数书上一般就有相关知识。

谢谢！你说的是不是这个意思？Q=∑ Lq  Q简正坐标，L变换矩阵，q笛卡尔质量加权坐标，这样的话知道了分量q，还需要知道L才能得到简正坐标对吗？如果是这样L怎么得到啊？
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7楼2010-08-02 09:59:36
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sobereva

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heyo_123(金币+1):鼓励交流 2010-08-02 20:29:27
若不考虑质权、笛卡尔-内坐标转换这些细节问题，L就是Hessian矩阵的本征向量矩阵，也就是Vibrational Analysis in Gaussian的公式7。

关于变换关系的细节问题在Vibrational Analysis in Gaussian里面都详细说明。
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8楼2010-08-02 18:24:03
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tiancj

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-08-02 18:24:03:
若不考虑质权、笛卡尔-内坐标转换这些细节问题，L就是Hessian矩阵的本征向量矩阵，也就是Vibrational Analysis in Gaussian的公式7。

关于变换关系的细节问题在Vibrational Analysis in Gaussian里面都详细说明。

谢谢！
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9楼2010-08-07 00:15:29
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tiancj

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-08-01 16:04:47:
Atom AN      X      Y      Z        X      Y      Z        X      Y      Z
   1   1     0.00   0.45   0.54     0.00  -0.57   0.42     0.00   0.54  -0.45
   2   1     0.00  -0.45   0.54     0.00   ...

麻烦再确认一下这里的数字0.00 0.45等是指的Q=∑ Lq 中的q吧？谢谢！
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10楼2010-08-17 20:33:05
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