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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】关于氢键的若干问题
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韩松

木虫 (著名写手)

专利虫
引用回帖:
Originally posted by rain841230 at 2010-07-26 19:45:49:

用HTAB命令

具体操作呢 ，命令加到什么文件的什么位置，结果生成在什么文件？中间要做拿几步？谢谢
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11楼2010-07-26 23:18:21
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韩松

木虫 (著名写手)

专利虫
这没人回答问题 金币就不能收回了么
？
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12楼2010-08-08 21:52:25
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
帝夫(金币+1):谢谢回帖交流 2010-08-09 12:29:51
韩松(金币+2): 2010-08-11 19:55:48
引用回帖:
Originally posted by 韩松 at 2010-08-08 21:52:25:
这没人回答问题 金币就不能收回了么
？

俺也想看看氢键是否产生，总结了一下看到的帖子，大侠们是为样说的：
1. For H bonds, insert the command HTAB in the .ins file and refine with XL. This generates the symmetry operator for you. In the .lst file, find the desired output, which looks like:
Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and 110 deg.
D-H d(D-H) d(H..A) O1-H1 0.880 1.988 168.39 2.855 O1 [ x-1/2, -y+5/2, -z ]
In the .ins file, insert an EQIV command that defines how atom O1 (the donor) is related to atom O_$1 (the acceptor) and an HTAB command that requests the distance.
EQIV $1 x-1/2, -y+5/2, -z
HTAB O1 O1_$1
The result may be viewed in the .lst file:
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)
D-H H...A D...A <(DHA)
0.880(17) 1.988(17) 2.8555(7) 168.4(16) O1-H1...O1_$1
If ACTA was present in the .ins, the .cif will contain information on H bonding, which can be printed by saying yes to the H bonding table when running XCIF.
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13楼2010-08-09 10:37:04
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
帝夫(金币+2):谢谢回帖交流 2010-08-09 12:29:58
韩松(金币+2): 2010-08-11 19:56:30
要想查看是否还有不同的或多出的氢键作用，可以用PLATON再验证一下：
在PLATON内点HBONDS，即可得到氢键表格！但一般不全，你可以先在XP里，对你认为有可能存在氢键作用的原子，用ENVI  3.5 命令找出与这个原子距离为3.5A（一般弱氢键为3.2A）的氢原子，并可以得到对称性代码，再在ins文件内加入htab  原子 对称性代码，产生的CIF文件就能得到氢键表格。两者结合起来效果会好一些！
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14楼2010-08-09 10:43:04
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ZJboy

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
697576楼: Originally posted by 参蛋 at 2010-07-22 16:31:02
platon里面结果可以直接看的，但是氢键的距离和键角，很多人说是120以上，3以下，但是根据具体情况而定~~~

为何键角要大于一百二十？
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15楼2012-09-16 15:10:22
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