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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？
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wxf3454552

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？ 已有5人参与

需要得到蛋白质三维结构 但是没有搜索到可用的同源模板  只知道一级序列
这种情况下应该怎么办？麻烦各位指点迷津。
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1楼 2010-07-20 17:00:35
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shenlin0514

木虫 (正式写手)

无名小虫
★
wxf3454552(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-07-20 22:08:29:

改用thread法~这种方法适合同源性小于30%的模板，如果再小，可以尝试从头构建，上网找ROSETTA软件的在线版 ~这个可以在线构建模型~是华盛顿大学的~

如果我有一个蛋白是经过定点突变得到的，具有突变点，请问如何构建3维模型呢？如何与野生型蛋白进行3维模型比较呢？
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Never say never
11楼2010-07-21 11:27:04
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
wxf3454552(金币+1):谢谢参与
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-21 07:43:35
引用回帖:
Originally posted by wxf3454552 at 2010-07-20 17:00:35:
需要得到蛋白质三维结构 但是没有搜索到可用的同源模板  只知道一级序列
这种情况下应该怎么办？麻烦各位指点迷津。

改用thread法~这种方法适合同源性小于30%的模板，如果再小，可以尝试从头构建，上网找ROSETTA软件的在线版 ~这个可以在线构建模型~是华盛顿大学的~
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-07-20 22:08:29
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
wxf3454552(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-21 09:21:40
给你一个网址，在上面试试。http://nihserver.mbi.ucla.edu/SAVS/

[ Last edited by tjegg on 2010-7-21 at 08:26 ]
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2010-07-21 08:25:28
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-07-21 08:25:28:
给你一个网址，在上面试试。http://nihserver.mbi.ucla.edu/SAVS/

[ Last edited by tjegg on 2010-7-21 at 08:26 ]

楼上给的这个网址不是蛋白质结构评价的网址吗？
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4楼2010-07-21 08:37:08
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