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gongjijun

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助成功!】请教castep 通过命令或者pbs提交任务只能计算单点能,不能计算pdos!已有9人参与

最近用ms4.4,在集群上castep计算出现问题,表现如下:

设置任务时设置了计算能带,pdos,结果发现不能分析pdos,一切操作都是正常,在用网关的单机服务器上是可以pdos的。进一步分析发现,返回的结果文件中只有 name.castep 这个文件(name为文件名,以下同),还没有相应的 name_dos.castep,和name_BandStr.castep这两个文件,这样就不能够分析pdos了,在网关提交任务时是可以产生这两个文件的。也就是说castep在完成了第一步的单点能计算后就没有继续算能带和pdos了。

发现这个情况后我首先怀疑是集群软件安装问题,但是没有找出原因,
也试过换licence文件等等方法都没有解决。

后来在单机上也尝试用命令的形式提交任务 ,如:RunCASTEP.sh  name
结果发现同样不能计算pdos,和集群的情况一样!而采用网关的方法就可以。

发现这个问题后,想了很多办法都没有解决!希望那位大侠能够指导一二!

[ Last edited by gongjijun on 2010-7-18 at 22:01 ]
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he23981006

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★ ★
gongjijun(金币+1):谢谢参与
gongjijun(金币+60):谢谢了,确实管用! 2010-07-15 09:58:03
zzy870720z(金币+2):谢谢指点 2010-07-16 08:29:15
直接把要计算的性质添到你进行优化计算的脚本里就可以了啊。
需要注意的是一定要把*.check文件拷贝成你要计算性质的check文件,如*—BandStr.check,对于DOS也是一样的。
6楼2010-07-15 08:09:15
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普通回帖

gongjijun

木虫 (正式写手)

顶上去,知道的朋友请指教一下呀!
2楼2010-07-13 22:18:05
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

★ ★ ★
gongjijun(金币+1):谢谢参与
aylayl08(金币+2):maybe ,you are right 2010-07-14 08:36:59
gongjijun(金币+5):谢谢了 2010-07-14 21:33:49
没有提交过,知道一点
你说的通过网关提交是指通过windows前台提交吧
那样肯定是按你设置的计算
但是在linux下用命令行提交作业,尤其要跑性质的话
应该先计算结构优化,然后在提交性质计算吧,楼主是不是少了后面一步
博学、审问、慎思、明辨、笃学
3楼2010-07-14 08:31:12
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cf666

新虫 (小有名气)


gongjijun(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-07-14 08:31:12:
没有提交过,知道一点
你说的通过网关提交是指通过windows前台提交吧
那样肯定是按你设置的计算
但是在linux下用命令行提交作业,尤其要跑性质的话
应该先计算结构优化,然后在提交性质计算吧,楼主是不是少了 ...

优化后计算性质的PBS文件要怎么写? 望赐教!!!
4楼2010-07-14 15:59:03
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gongjijun

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-07-14 08:31:12:
没有提交过,知道一点
你说的通过网关提交是指通过windows前台提交吧
那样肯定是按你设置的计算
但是在linux下用命令行提交作业,尤其要跑性质的话
应该先计算结构优化,然后在提交性质计算吧,楼主是不是少了 ...

谢谢。
您说的很对,确实是这个样子的,我刚刚意识到了这一点,只是很奇怪,用pbs不能一次性提交吗?我想在pbs提交时能够一步到位,即优化后接着算出能带,dos不知道pbs文件怎么写才好?
5楼2010-07-14 21:38:01
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

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gongjijun(金币+2):谢谢了,已经解决!写了脚本! 2010-07-15 10:32:37
引用回帖:
Originally posted by gongjijun at 2010-07-14 21:38:01:



谢谢。
您说的很对,确实是这个样子的,我刚刚意识到了这一点,只是很奇怪,用pbs不能一次性提交吗?我想在pbs提交时能够一步到位,即优化后接着算出能带,dos不知道pbs文件怎么写才好?

用脚本估计帮不上你,不是很熟
应该可以的
博学、审问、慎思、明辨、笃学
7楼2010-07-15 10:17:32
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crystal0714

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by he23981006 at 2010-07-15 08:09:15:
直接把要计算的性质添到你进行优化计算的脚本里就可以了啊。
需要注意的是一定要把*.check文件拷贝成你要计算性质的check文件,如*—BandStr.check,对于DOS也是一样的。

不会写脚本啊~~能给出具体的脚本命令行不?
还有计算性质的时候需要的具体的文件类型有哪些呢?
是不是优化完后的文件都是要的?
8楼2010-07-15 20:43:02
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qifu

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by gongjijun at 2010-07-12 23:50:55:
最近用ms4.4,在集群上castep计算出现问题,表现如下:

设置任务时设置了计算能带,pdos,结果发现不能分析pdos,一切操作都是正常,在用网关的单机服务器上是可以pdos的。进一步分析发现,返回的结果文件中只 ...

楼主 问你一个问题,你在集群什么位置运行命令 RunCastep.sh ,
不好意思我没有找到
9楼2010-07-15 21:29:33
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gongjijun

木虫 (正式写手)

★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-07-16 08:29:45
zzy870720z:如果楼主问题以解决,请帮忙把标题中【求助】改为【求助成功】,谢谢合作 2010-07-18 18:20:08
引用回帖:
Originally posted by qifu at 2010-07-15 21:29:33:



楼主 问你一个问题,你在集群什么位置运行命令 RunCastep.sh ,
不好意思我没有找到

我是在测试时在单机Linux上命令行用的,没有在集群上用,只不过两者提交任务结果都是一样,才让我意识到不是软件安装的问题,而是提交方式不对。

这个命令在ms的安装文件/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin下面你可以找找。
先从客户端进入你的工程的文件夹,然后运行这个命令就行了。

[ Last edited by gongjijun on 2010-7-15 at 22:20 ]
10楼2010-07-15 21:46:24
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