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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【分享】生物科学之文献交流
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看天

木虫 (知名作家)

[交流] 【分享】生物科学之文献交流已有4人参与

我们在同一个平面，同一个圆。

只要张开两臂，就能互牵。

因为，你是我的侧面。

亲爱的朋友们以及朋友们：你们一定读过不少的文献，读过不少的好文献，它们那么的优秀那么的有启示，以至于我们禁不住要做点札记或者札记。那么何不把它分享出来呢？ 把它们记录在这里吧，不需要太详细，不需要很专业，只要大略地描述一下重要的内容就好了。这样后来的虫子就可以看看是不是对自己有帮助，同时也可以看看别人的文献是不是与自己有交叉，无疑方便了大家交流，也省去了大量检索文献翻阅文献的时间，来吧只要大家足够热情，就一定双双互利。

要求：至少写出文献的标题（这个是必须的吧）以及作一下简单的介绍（这个多多益善吧，不过懒的写多也无所谓至少给点信息吧）。

凡跟贴发表者，一律5BB以上的奖励。不信你可以试一下。
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戒嗔怒以养肝气，省言语以养神气，多读书以养质气，顺时令以养元气，不拘节以养大气，观天变以养灵气，莫强求规于运气。
1楼2010-06-26 11:39:54
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看天

木虫 (知名作家)

稳态以及扰动条件下酿酒酵母细胞质中的自由NAD,NADH的比值确定

总结：在酿酒酵母中导入了一个外源基因，来大量表达高催化能力的甘露醇- 1 -磷酸 5
-脱氢酶，通过测定它所催化的底物浓度，根据已知的平衡常数来求细胞质中NAD/NADH的比值。这样测出的NAD,NADH的浓度比值就是细胞质中特定部位对动力学或者热力学有实际影响的自由浓度的比值，而非整个细胞内的浓度比值。在生理PH下，前者大约为101（PH7.0）—320(PH6.5)而后者约为7.5！作者解释，这是因为NADH有一部分粘附与蛋白上，所以细胞质中真正对动力学有影响的NADH的浓度是很少的，因此用那个这种方法测出的比值要比全细胞的比值大的多。

想法：虽然感觉这种方法有点繁琐而且假设的条件也不一定都满足，但是感觉作者测出的值还是有很大的借鉴意义的。作者也对文献中给出的一些整细胞比值进行了热力学验证自己发现是热力学不可行的，而以自己测出的特定部位的自由浓度比值倒是可行的。而且作者还指出，因为NADH有很大一部分附在蛋白上，对动力学有影响的浓度只有很小一部分，因此细胞质中自由NADH的浓度稍微增加一些，就能显著改变NAD/NADH的比值，这样就能很灵敏的对代谢进行调控，想想确实很在理。最后作者在文献中有这样一句话：好多文献中给出的数据在验证中都是热力学不可行的，乍一看，这好像是因为对代谢的了解不透彻，但实际上大多是因为我们没有搞清楚细胞质中自由浓度的NAD/NADH的比值。

[ Last edited by 看天 on 2010-6-26 at 11:47 ]
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6楼2010-06-26 11:45:17
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看天

木虫 (知名作家)
一下是我择几篇自己阅读的文献，作个抛砖引玉。
大家别害怕，不要被我的篇幅吓到，你可以很简略，哪怕两句话，不过最好重点要突出喽。

[ Last edited by 看天 on 2010-6-26 at 11:51 ]
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2楼2010-06-26 11:42:04
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看天

木虫 (知名作家)

Flux balance analysis in the era of metabolomics(代谢组学中的通量平衡分析)

总结：代谢组学正在迅速地向前发展，作为一套高通量数据采集工具，它能客观地描述代谢产物的动力学。现在这些数据还不充分，也不够准确，不能建立起一个大型动力学模型。因此，迫切需要开发一些能利用这些新兴数据并能解释相关不确定性的定量技术。本文探讨了目前FBA在这方面的发展，并且探讨了，FBA作为代谢组学的补充，它的应用以及与代谢组学结合后，两者预期的协同作用。
  想法：代谢组学的发展为FBA提供了很充分的数据，尤其是对于大型代谢网络来讲，动力模型的建立还有困难，而FBA将会有很大的应用前景。
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3楼2010-06-26 11:42:30
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看天

木虫 (知名作家)

Extreme Pathways and Kirchhoff’s Second Law(基本途径和基尔霍夫第二定律)

总结：一个生化回路的自由能变化必须为零，而每个反应在净通量的方向上必须有一个负的自由能变化，因此稳态下生化回路中是没有任何净通量的（为零），依据这个原理就可以排除FBA中不符合热力学第二定律的通量。
想法：这种热力学限制其实就是确保所计算的通量中不会有部分通量会构成一个内部循环，同时这种限制也表明我们在进行FBA时可以对反应作单方向限制，这样有时也能保证计算出来的通量也同样符合热力学第二定律。这篇文章是对FBA的解进行限制的理论基础，但是没有给出具体的算法。
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4楼2010-06-26 11:42:53
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