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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】算分子能谱的时候结果全都为负数，是问题引起的？
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tsh8167

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】算分子能谱的时候结果全都为负数，是问题引起的？ 已有4人参与

我在计算双探针体系中的分子能谱的时候，得出的数据是从-9942.9到-5474.78，这是我加入一个硝基后出现的错误。
    但是加另一种氨基和没加侧基团所计算的结果都是正常的。这三种体系都是用同一种方法构建，都用SZP基组进行了优化。
    请问，我的计算是什么地方发生了错误？有哪些原因可以导致上述的错误发生？？
    期待高手指教。

[ Last edited by tsh8167 on 2010-6-28 at 11:29 ]
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1楼 2010-06-24 15:41:57
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tsh8167

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by panjinbo87 at 2010-07-04 06:36:05:
你看下你说的out文件，肯定每个原子上的电子数为0.这是叫做一个什么计算溢出。跟你选取什么基函数等没什么关系。你可以试着优化下结构，再重新算。或者稍微增大分子与电极间的距离（如两边都增大0.1唉）。

电极与分子间的距离我选取的是一个能量最低值，这是我经过计算得出的结果。也进行过再次优化，结果也是一样。
  我现在考虑的是，是不是我的电极表面原子选取过少，导致两相邻分子间的结构发生交叉？？目前我把金表面原子从3*3改为4*4，重新进行优化，目前优化正在进行中。
  不知道我的这种考虑是不是正确的？还请大侠指教。
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10楼2010-07-04 09:47:18
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redhaier

金虫 (小有名气)
★
tsh8167(金币+1): 2010-06-25 09:36:22
qasd(金币+1):谢谢 2010-06-28 20:11:38
what data?DOS?
引用回帖:
Originally posted by tsh8167 at 2010-06-24 15:41:57:
我在计算双探针体系中的分子能谱的时候，得出的数据是从-9942.9到-5474.78，这是我加入一个硝基后出现的错误。
    但是加另一种氨基和没加侧基团所计算的结果都是正常的。这三种体系都是用同一种方法构建，都用 ...

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2楼2010-06-24 17:15:00
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tsh8167

木虫 (小有名气)
是Energy Spectrum
引用回帖:
Originally posted by redhaier at 2010-06-24 17:15:00:
what data?DOS?


[ Last edited by tsh8167 on 2010-6-24 at 17:44 ]
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3楼2010-06-24 17:43:19
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redhaier

金虫 (小有名气)
★
hedaors(金币+1):谢谢交流 2010-06-25 22:47:19
tsh8167(金币+1):谢谢，我试试 2010-06-26 17:31:22
Ok, they should be the same, try to decrease the lower energy bound in the green function
integral contour.
引用回帖:
Originally posted by tsh8167 at 2010-06-24 17:43:19:
是Energy Spectrum


[ Last edited by tsh8167 on 2010-6-24 at 17:44 ]

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4楼2010-06-25 22:41:36
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