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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

[交流] 【求助】有关gromacs得两个问题 已有7人参与

最近在学习使用GROMACS,有两个很基本的问题想请问一下各位虫友:
1。在进行到genion命令时,如何判断我的蛋白质带何种电荷?带几个电荷?
2。再加完NA离子后,为什么在MDRUN之前显示没有对应NA的原子类型呢?
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clark_zhy

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-01 15:01:54
NA 不识别,是因为这个地方不能简单的写NA,要根据力场中Na的残基名来写,具体的你可以查一下你所用的力场中,Na离子的原子类型到底是什么
7楼2010-07-01 13:12:09
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查看全部 11 个回答

qasd

木虫 (著名写手)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-20 09:29:24
zh1987hs(金币+5): 2010-06-20 10:01:42
1看分子式
2你用的什么力场?
3楼2010-06-20 09:12:53
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-06-20 09:12:53:
1看分子式
2你用的什么力场?

谢谢,关于问题1,如果我这个蛋白质里有金属离子,需不需要考虑金属离子的电荷》
关于问题2, oplsaa和G43A1都用过~都不可以,把字母换成NA也不行
4楼2010-06-20 10:05:22
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wujiangjie

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-21 19:57:17
需要考虑金属离子的电荷,另外对于NA,我之前用Amber立场时,直接按着立场那个写就可以生成了
5楼2010-06-21 19:28:17
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