应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】有关gromacs得两个问题
51/1返回列表
查看: 1708  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

[交流] 【求助】有关gromacs得两个问题 已有7人参与

最近在学习使用GROMACS,有两个很基本的问题想请问一下各位虫友：
1。在进行到genion命令时，如何判断我的蛋白质带何种电荷？带几个电荷？
2。再加完NA离子后，为什么在MDRUN之前显示没有对应NA的原子类型呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-06-19 10:58:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-21 19:57:17
需要考虑金属离子的电荷，另外对于NA，我之前用Amber立场时，直接按着立场那个写就可以生成了
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-06-21 19:28:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

qasd

木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-20 09:29:24
zh1987hs(金币+5): 2010-06-20 10:01:42
1看分子式
2你用的什么力场？
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-06-20 09:12:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-06-20 09:12:53:
1看分子式
2你用的什么力场？

谢谢，关于问题1，如果我这个蛋白质里有金属离子，需不需要考虑金属离子的电荷》
关于问题2， oplsaa和G43A1都用过~都不可以，把字母换成NA也不行
赞一下 回复此楼
4楼2010-06-20 10:05:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sophia_999

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-07-01 15:01:49
问题1，运行之后电荷在屏幕上就显示出来了
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-06-30 09:40:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 急需调剂 +6 绝不放弃22 2026-04-15 6/300 2026-04-16 11:45 by lifeisbrave
[考研] 085404 298分求调剂 +12 呼啦呼啦呼呼呼 2026-04-10 13/650 2026-04-16 11:00 by 阿文超
[考研] 材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组 +22 hualkop 2026-04-12 24/1200 2026-04-16 10:54 by Espannnnnol
[考研] 材料工程281还有调剂机会吗 +43 xaw. 2026-04-11 44/2200 2026-04-15 12:46 by 西北望—风沙
[考研] 化工学硕294分，求导师收留 +32 yzyzx 2026-04-12 36/1800 2026-04-14 17:45 by lhj2009
[考研] 考研求调剂 +6 ban班小七 2026-04-11 6/300 2026-04-14 14:06 by 哆啦A梦只是个梦
[考研] 食品与营养（0955）271求调剂 +15 升格阿达 2026-04-12 16/800 2026-04-14 13:18 by 浮若_安生
[考研] 2026硕士调剂_能动_河南农业大学 +4 河南农业大学-能 2026-04-12 4/200 2026-04-13 22:01 by bljnqdcc
[考研] 297工科，求调剂? +13 河南农业大学-能 2026-04-12 13/650 2026-04-13 14:12 by dingyanbo1
[考研] 一志愿085802 323分求调剂 +13 drizzle_9 2026-04-12 14/700 2026-04-13 10:26 by Faiz5552
[考研] 化工调剂求导师收留！一志愿失利，踏实肯干，有植物提取科研经历 +20 yzyzx 2026-04-09 21/1050 2026-04-12 00:12 by 小小小小啦啦啦
[考研] 331求调剂 +5 王国帅 2026-04-11 5/250 2026-04-11 22:56 by 溪涧流水
[考研] 303求调剂 +14 SereinQ 2026-04-10 15/750 2026-04-11 20:43 by 蓝云思雨
[考研] 农业管理302分求调剂 +3 xuening1 2026-04-10 3/150 2026-04-11 10:18 by zhq0425
[考研] 材料与化工调剂 +12 否极泰来2026 2026-04-10 13/650 2026-04-11 00:28 by wangjihu
[考研] 化学工程与技术324调剂 +23 孙常华 2026-04-09 25/1250 2026-04-11 00:07 by 骑牛渡寒江
[考研] 调剂 +19 小张ZA 2026-04-10 20/1000 2026-04-10 22:08 by 猪会飞
[考研] 368求调剂 +3 17385968172 2026-04-10 3/150 2026-04-10 20:12 by 电子奥德彪
[考研] 314求调剂 +18 xhhdjdjsjks 2026-04-09 19/950 2026-04-10 18:53 by HPUCZ
[考研] 本9 一志愿西工大085601 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-10 16:57 by luoyongfeng
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭