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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】有关gromacs得两个问题
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

[交流] 【求助】有关gromacs得两个问题 已有7人参与

最近在学习使用GROMACS,有两个很基本的问题想请问一下各位虫友：
1。在进行到genion命令时，如何判断我的蛋白质带何种电荷？带几个电荷？
2。再加完NA离子后，为什么在MDRUN之前显示没有对应NA的原子类型呢？
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1楼 2010-06-19 10:58:25
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
等待高手解答
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2010-06-19 11:35:59
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qasd

木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-20 09:29:24
zh1987hs(金币+5): 2010-06-20 10:01:42
1看分子式
2你用的什么力场？
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3楼2010-06-20 09:12:53
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-06-20 09:12:53:
1看分子式
2你用的什么力场？

谢谢，关于问题1，如果我这个蛋白质里有金属离子，需不需要考虑金属离子的电荷》
关于问题2， oplsaa和G43A1都用过~都不可以，把字母换成NA也不行
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4楼2010-06-20 10:05:22
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wujiangjie

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-21 19:57:17
需要考虑金属离子的电荷，另外对于NA，我之前用Amber立场时，直接按着立场那个写就可以生成了
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5楼2010-06-21 19:28:17
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sophia_999

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-07-01 15:01:49
问题1，运行之后电荷在屏幕上就显示出来了
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6楼2010-06-30 09:40:28
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clark_zhy

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-01 15:01:54
NA 不识别，是因为这个地方不能简单的写NA，要根据力场中Na的残基名来写，具体的你可以查一下你所用的力场中，Na离子的原子类型到底是什么
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7楼2010-07-01 13:12:09
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liuguan

金虫 (著名写手)

计算蠕虫
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
为什么我在XP系统下面装不了GROMACS，请教下。。
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8楼2010-07-01 16:36:18
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-02 08:30:55
引用回帖:
Originally posted by liuguan at 2010-07-01 16:36:18:
为什么我在XP系统下面装不了GROMACS，请教下。。

...GROMACS只是运行在LINUX下的。。。汗~有人出过GMX3.XX的WIN版本，但是我装过。没调试成功~而且WINl里太慢了~
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9楼2010-07-01 23:18:40
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sophia_999

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我装完win版的也不能用，不知道是不是哪个地方没弄对
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10楼2010-07-04 09:05:45
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