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tiancj

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】直接进行频率计算有意义吗?已有4人参与

Gaussian计算中,频率的计算一定要在和分子结构优化相同的方法,基组下进行,否则计算的结果是没有意义的。我们知道,任何理论水平下的计算,都是在一定的近似下进行的,不同的理论水平的近似程度是不同的。在一种理论水平A下优化的稳定结构Geom_A会和另一种理论水平B下优化的稳定结构Geom_B有差别,也就是说Geom_A不会是理论水平B下的稳定结构。根据前面我们所讨论的,在理论水平B下对一个不稳定的结构进行频率分析是没有意义的。

我看到过如上的一些论述,但不知道直接对一个结构进行频率计算有没有意义,如果直接计算一个结构的频率没有意义,能说明这个点是极小点吗?
我认为可以,因为在各个方向都是极小值,所以可以认为是极小点。
但感觉与上面的论述矛盾。
希望各位高手讨论指点。
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

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gavinliu7390(金币+2):谢谢交流! 2010-05-27 13:03:39
Gaussian中的频率分析是假设PES的简谐性进行的,在优化过的点上,简谐近似是非常准确的,做频率分析才有意义。其他的点,频率分析中那个矩阵对角化根本没有意义
技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
2楼2010-05-27 07:50:44
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bitgreen

金虫 (小有名气)

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aylayl08(金币+1):谢谢讨论 2010-05-27 18:39:36
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-05-27 07:50:44:
Gaussian中的频率分析是假设PES的简谐性进行的,在优化过的点上,简谐近似是非常准确的,做频率分析才有意义。其他的点,频率分析中那个矩阵对角化根本没有意义

gaussian也可以做非谐的,但计算量会大出很多很多。
3楼2010-05-27 12:22:21
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bitgreen

金虫 (小有名气)

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gavinliu7390(金币+3):谢谢交流! 2010-05-27 13:03:58
引用回帖:
Originally posted by tiancj at 2010-05-26 22:17:22:
Gaussian计算中,频率的计算一定要在和分子结构优化相同的方法,基组下进行,否则计算的结果是没有意义的。我们知道,任何理论水平下的计算,都是在一定的近似下进行的,不同的理论水平的近似程度是不同的。在一种 ...

在薛定谔方程中,将势能项按泰勒级数展开,如下:


由于驻点处一阶项为零,故第二项为零。 第一项V0为某一常数,势能只是相对的,所以这里取零。将展开项中的高阶略去,就剩二阶项了,这就是谐振近似。薛定谔方程就变换成谐振子模型的形式,振动频率自然就能计算出来了,即所谓力常数平方根值。所以为什么当结构处于局部极大值时,振动频率是虚数,因为力常数小于零,平方根后自然得到虚数。

所以高斯计算频率是基于势函数一阶倒数为零,你随便给的结构,或者在不同方法计算下得到的极值点,在另一方法下势函数一阶倒数自然不为零,你还按零来处理,必然没有意义。

[ Last edited by bitgreen on 2010-5-28 at 12:17 ]
4楼2010-05-27 12:40:26
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tiancj

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by bitgreen at 2010-05-27 12:40:26:


在薛定谔方程中,将势能项按泰勒级数展开,如下:


由于驻点处一阶项为零,故第二项为零。 第一项V0为某一常数,势能只是相对的,所 ...

非常感谢各位的详细讲解!
5楼2010-05-27 15:55:17
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tiancj

木虫 (小有名气)

为了浏览此贴的人能有更多的了解

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erylingjet(金币+3):感谢交流! 2010-05-27 17:12:26
为了更多初学者能深入认识有关频率计算,我把以前从一个论坛上整理的资料放在此处。

关于虚频

首先,什么是频率。
中学的时候我们学过简谐振动,对应的回复力是f=-kx,对应的能量曲线,是一个开口向上的二次函数E=kx^2/2. 这样的振动,对应的x=0的点是能量极小值点(简单情况下也就是最小值点)。这时的振动频率我们也会求:ω=2π sqrt(k/m)。显然它是一个正的频率,也就是通常意义下的振动频率。

那么,一维情况下,如果能量曲线是一个开口向下的二次曲线呢?首先,从能量上看,这是个不稳定的点,中学的物理书上称为“不稳平衡”。用现在的观点看,就是这一点导数是零(受力为0),且是能量极大值。如果套用上面的公式,“回复力”f=-k'x(实际上已经不是回复,而是让x越来越远了),这里k'是个负数,ω=2π sqrt(k'/m)显然就是一个虚数了,即所谓的虚频。Gaussian里面给出一个负的频率,就是对应这个虚频的。

实际情况下,分子的能量是一个高维的势能面,构型优化的时候,有时得到了极小值点,这样这个点的任意方向上,都可以近似为开口向上的二次函数,这样这里对应的振动频率就都是正的。对于极大值点,在每个方向都是开口向下的二次函数,那么频率就会都是负的——当然一般优化很少会遇到这样的情况。对于频率有正有负的情况,说明找到的点在某些方向上是极大值,有些方向上是极小值。如果要得到稳定的能量最低构型,显然需要通过微调分子的构型,消去所有的虚频。如何微调?要看虚频的振动方向。想象着虚频对应的就是开口向下的二次函数,显然,把分子坐标按照振动的方向移动一点点,分子应该就可以顺着势能面找到新的稳定点,但是也不能太小。而所谓的过渡态,则是连接反应物和产物之间的最低能量路径上的能量极大值。好比山谷中的A,B两点,它们之间的一个小土丘,就是过渡态,从A到B的反应,需要越过的是这个小土丘,而不是两边的高山。这样,过渡态就是在一个方向上是极大值,而在其它方向上都是极小值的点。因此,过渡态只有一个虚频。
6楼2010-05-27 15:58:05
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

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erylingjet(金币+1):感谢交流! 2010-05-27 17:12:35

Wilson的名著Molecular Vibration 对这方面内容有详细的介绍
引用回帖:
Originally posted by tiancj at 2010-05-27 15:58:05:
为了更多初学者能深入认识有关频率计算,我把以前从一个论坛上整理的资料放在此处。

关于虚频

首先,什么是频率。
中学的时候我们学过简谐振动,对应的回复力是f=-kx,对应的能量曲线,是一个开口向上的二次 ...

技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
7楼2010-05-27 17:05:12
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tiancj

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-05-27 17:05:12:

Wilson的名著Molecular Vibration 对这方面内容有详细的介绍



你好,这本书有电子版吗?发给我一份好吗?谢谢!
邮箱:tiancj08@mails.jlu.edu.cn
8楼2010-05-27 21:40:25
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vigaryang

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
大赞4楼和6楼两位的解释,通俗易懂,茅塞顿开!
9楼2010-05-28 00:21:20
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tiancj

木虫 (小有名气)

部分优化,做频率分析有没有意义?

引用回帖:
Originally posted by bitgreen at 2010-05-27 12:40:26:


在薛定谔方程中,将势能项按泰勒级数展开,如下:


由于驻点处一阶项为零,故第二项为零。 第一项V0为某一常数,势能只是相对的,所 ...

还想再次麻烦大侠讨论一下,如果是部分优化,比如固定某一键长优化结构后算频率有没有意义?
10楼2010-08-30 10:44:17
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