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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】MEGA 画系统发育树中的bootstrap values和Identity scores有什么区别？
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wyandck

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】MEGA 画系统发育树中的bootstrap values和Identity scores有什么区别？ 已有20人参与

MEGA 系统发育分析中，在图上标的值是bootstrap values，这是什么意思，而在文章中我看许多都是对Identity scores进行分析，这两个值有什么区别呀，希望大家回复！
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1楼 2010-05-17 09:28:57
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ottolzm

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+3):很详细~~~ 2010-05-17 21:02:35
Bootstrap values （步长值）是指在你选择的遗传距离算法（一般选择邻接法即N-J法）中软件根据所比对序列得到结果 比如 bootstrap value设置为1000，即软件构建了相应的1000”棵树“，在每个节点上显示的bootstrap value 即指在这1000次建树过程中，有相应的次数的频率这个分枝内的几株菌或几段序列在进化速度上相似，一般认为节点处的bootstrap value大于500时分析结果可信，bootstrap value 在mega ,philiphy,等软件中常见，而在SAS等软件中，简述过程相对麻烦但是 最终显示的是Identity scores 即遗传距离，或者指进化距离，同样表示了待分析菌或序列的进化关系的远近。
不知道这样说你能否理解 呵呵 两者是一样的 很多文献两者都认可（只要你的分析是正确的就行）
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2楼2010-05-17 21:01:49
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普通回帖

exon2002

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Bootstrap values 是以你提供的序列数据为基础，随机产生的相应数据所产生的数之间的相似程度的评估，以此来验证你的数据所产生的进化数的置信度。
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3楼2010-05-18 07:31:21
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)
对不起，上贴中“随机产生的相应数据所产生的数”中“数”应为“树”。
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4楼2010-05-18 07:32:50
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zsxnd

铁杆木虫 (著名写手)
这么多的强人，我是有点晕！
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5楼2010-05-18 07:44:08
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wyandck

铜虫 (小有名气)

谢谢大家了

感谢大家的回复，不过我的MEGA树种，我也是设定1000次建树，但bootstrap value的值都是小于100的，有的甚至只有60-70之间，达不到ottolzm说的500， 是不是不可信呀！！！
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6楼2010-05-18 11:19:31
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yuanbo934

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bootstrap value显示的值都是小与或等于100的，我认为那是百分比，即1000次构建中有百分之几得到的计算相同。
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7楼2010-05-18 14:39:02
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lylovess

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
8楼2010-08-04 08:17:41
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changhl

金虫 (小有名气)
??ing
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9楼2010-10-23 11:54:19
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ljs077

新虫 (初入文坛)
学习下~~
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10楼2010-11-19 22:17:14
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