应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化图形可视化软件 » 【求助】guassview优化酞菁铜
212/3返回列表上一页123下一页
查看: 2222  |  回复: 20
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lidapengabc

至尊木虫 (正式写手)
xijiewei(金币+10): 2010-05-05 16:18:12
虫友，出现了上述问题，你可以查看原图找原因，你设计的模型键长不合理，说明没有优化，分子不在一个平面，说明没有中心的8C8N未将其放置在一个平面内，你可以使用二面角工具，先将两个异吲哚环共平面，然后再加入第三个异吲哚环，添加异吲哚环的时候要选择好hot原子的位置，添加第四个异吲哚环时有些难度，因为将其接入后发现它和临近已经存在的异吲哚环堆在了一起，尽管此时的酞菁分子不好看，但你可以这样美化：检查全部的原子的种类和数量，要注意环中心的氢只有两个，确保无误后，将中心的8C8N之间的化学键做成共轭，即bond type选一个实线一个虚线的那种，然后点击clean按钮，会将全部原子自动优化到平面状态，注意此时如果先点击Rebond，再做clean不会做成。tri again！！
赞一下 回复此楼
11楼2010-05-01 10:13:49
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
xijiewei(金币+15): 2010-05-05 16:31:45
看你求助都不忍心了，我替你画一个酞菁铜吧
效果如图所示

我画的这个接近真实构型，并且自带D4h对称性。希望你能从中感受一下什么是尽量合理的构型。我教过三个师弟师妹，我都十分强调初始构型的合理。
谁告诉你初始构型影响不大的话，那是误人子弟
==mol文件开始==
Title Card Required

Created by GaussView 5.0.8
57 68  0  0  0  0  0  0  0  0  0    0
    0.0000    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.0000    0.0000    1.5435 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.2877    0.0000    1.9257 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.1298    0.0000    0.6321 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.2977    0.0000   -0.4684 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.4078    0.0000   -6.5687 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.6955    0.0000   -6.1865 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.5657    0.0000   -5.2751 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.6955    0.0000   -4.6430 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.3978    0.0000   -4.1745 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.1692   -0.0000   -0.4737 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.7127   -0.0000   -0.4737 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.7008   -0.0000   -1.7715 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.0949   -0.0000   -1.7614 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.8014   -0.0000   -2.6035 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.1059    0.0000   -2.0395 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.3995    0.0000   -2.8816 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.0053    0.0000   -2.8715 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.0173    0.0000   -4.1692 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.4737    0.0000   -4.1692 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.8063   -0.0000   -3.9257 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.2435    0.0000   -5.2800 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.1108    0.0000   -0.7173 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.4520   -0.0000    0.6370 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.8477    0.0000   -2.3215 Cu  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    7.4454   -0.0000   -2.1419 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    7.7376   -0.0000   -3.1718 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.4191   -0.0000   -1.1117 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    9.4632   -0.0000   -1.3585 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.0150   -0.0000    0.2497 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.7554   -0.0000    1.0262 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.6370   -0.0000    0.5819 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.3200   -0.0000    1.6044 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.6682   -0.0000    3.2762 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.6980   -0.0000    3.5684 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.6380   -0.0000    4.2499 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.8848   -0.0000    5.2940 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.7235   -0.0000    3.8457 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.5000   -0.0000    4.5861 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.0557   -0.0000    2.4677 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.0781   -0.0000    2.1507 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.7499    0.0000   -2.5011 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.0421    0.0000   -1.4712 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.7236    0.0000   -3.5313 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -5.7677    0.0000   -3.2844 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.3195    0.0000   -4.8927 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -5.0599    0.0000   -5.6692 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.9415    0.0000   -5.2249 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.6245    0.0000   -6.2474 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0273    0.0000   -7.9192 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.9975    0.0000   -8.2113 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.0575    0.0000   -8.8928 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.8107    0.0000   -9.9370 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.4190    0.0000   -8.4887 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.1955    0.0000   -9.2291 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.7511    0.0000   -7.1107 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.7736    0.0000   -6.7937 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  5  4  0  0  0  0
  1 23  4  0  0  0  0
  2  3  4  0  0  0  0
  2 40  4  0  0  0  0
  3  4  1  0  0  0  0
  3 34  4  0  0  0  0
  4  5  4  0  0  0  0
  4 24  4  0  0  0  0
  5 25  1  0  0  0  0
  6  7  4  0  0  0  0
  6  8  1  0  0  0  0
  6 50  4  0  0  0  0
  7  9  1  0  0  0  0
  7 56  4  0  0  0  0
  8 10  4  0  0  0  0
  8 22  4  0  0  0  0
  9 10  4  0  0  0  0
  9 21  4  0  0  0  0
10 25  1  0  0  0  0
11 12  1  0  0  0  0
11 13  4  0  0  0  0
11 24  4  0  0  0  0
12 14  4  0  0  0  0
12 32  4  0  0  0  0
13 15  4  0  0  0  0
13 25  1  0  0  0  0
14 15  1  0  0  0  0
14 26  4  0  0  0  0
15 21  4  0  0  0  0
16 17  1  0  0  0  0
16 18  4  0  0  0  0
16 23  4  0  0  0  0
17 19  4  0  0  0  0
17 42  4  0  0  0  0
18 20  4  0  0  0  0
18 25  1  0  0  0  0
19 20  1  0  0  0  0
19 48  4  0  0  0  0
20 22  4  0  0  0  0
26 27  1  0  0  0  0
26 28  4  0  0  0  0
28 29  1  0  0  0  0
28 30  4  0  0  0  0
30 31  1  0  0  0  0
30 32  4  0  0  0  0
32 33  1  0  0  0  0
34 35  1  0  0  0  0
34 36  4  0  0  0  0
36 37  1  0  0  0  0
36 38  4  0  0  0  0
38 39  1  0  0  0  0
38 40  4  0  0  0  0
40 41  1  0  0  0  0
42 43  1  0  0  0  0
42 44  4  0  0  0  0
44 45  1  0  0  0  0
44 46  4  0  0  0  0
46 47  1  0  0  0  0
46 48  4  0  0  0  0
48 49  1  0  0  0  0
50 51  1  0  0  0  0
50 52  4  0  0  0  0
52 53  1  0  0  0  0
52 54  4  0  0  0  0
54 55  1  0  0  0  0
54 56  4  0  0  0  0
56 57  1  0  0  0  0
==mol文件结束==

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-5-1 at 10:29 ]
赞一下 回复此楼
12楼2010-05-01 10:27:04
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xijiewei

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-05-01 10:27:04:
看你求助都不忍心了，我替你画一个酞菁铜吧
效果如图所示

我画的这个接近真实构型，并且自带D4h对称性。希望你能从中感受一下什么是尽量 ...

谢谢。请问怎么才能够将您画的酞菁铜存为GAUSS的源文件？或者我怎么才能画出您的这么漂亮的图形？谢谢！
赞一下 回复此楼
13楼2010-05-05 16:30:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lidapengabc

至尊木虫 (正式写手)
xijiewei(金币+3): 2010-05-09 15:48:36
你可以学习Gaussian03的算例，这样学上手比较快，在论坛里找找explore the chemistry with electronic structure method(好像是这个题目)，这本小册子有用。
赞一下 回复此楼
14楼2010-05-06 10:27:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qshjdax

银虫 (小有名气)
★
xijiewei(金币+1):谢谢参与
换种编译器试试
回复此楼
15楼2010-05-06 13:35:49
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lidapengabc

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-05-01 10:27:04:
看你求助都不忍心了，我替你画一个酞菁铜吧
效果如图所示

我画的这个接近真实构型，并且自带D4h对称性。希望你能从中感受一下什么是尽量 ...

我想知道Cu或其它金属作酞菁的中心金属离子，不同的价态，如二价铁，三价铁，在Gaussview中应该如何设置它的电荷，是不是只能通过酞菁分子整体的自旋多重度来设定？
赞一下 回复此楼
16楼2011-04-29 16:56:10
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happyhwz

铁杆木虫 (职业作家)
★
xijiewei(金币+1):谢谢参与
对这个比较感兴趣
赞一下 回复此楼
天道酬勤
17楼2012-03-08 10:58:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

139564@chen

金虫 (小有名气)
★
xijiewei(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
336091楼: Originally posted by xijiewei at 2010-04-26 11:27:55
初始结构不是没怎么有关系吗？只要是结构画的对就行了吧。是不是只对计算速度有影响，那也不应该出错，对吧？...

高斯的优化是寻找（通过迭代）某处的极值点，如果整个分子不是谐振子的势能面，那么最终的优化构型会是离你最初构型最近的极值点，但却不一定是最优的构型
赞一下 回复此楼
杂草 就要用杂草的方式去生活
18楼2012-08-03 17:01:39
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZJboy

木虫 (著名写手)
★
xijiewei(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
333176楼: Originally posted by xijiewei at 2010-04-26 10:03:16
各位虫友，在GAUSS的化学计算中遇到如下问题，希望各位高手帮忙，谢谢！

计算目的：优化酞菁铜的结构，进而计算它的最低空轨道的能量。

我首先在GAUSSVIEW中编辑了酞菁铜的结构式，如下：
http://pic.emuch ...

简单来说  结果太差，高斯很头痛   软件不是万能的
赞一下 回复此楼
19楼2012-08-05 01:49:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
340355楼: Originally posted by xijiewei at 2010-04-26 14:07:29
那应该怎么画？要画成平面的还是立体的？怎么样才能很好的接近该分子的真实结构？谢谢！...

这样的结构应该接近共面
赞一下 回复此楼
20楼2012-08-05 01:50:02
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xijiewei 的主题更新
212/3返回列表上一页123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭