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di1020

银虫 (小有名气)

[交流] 【原创】计算熔盐结构(近程有序的离子熔体),用那些软件可以计算呢?已有6人参与

我查过一些文献,类似的计算基础理论是用的分子动力学理论(MD),文献中提到的是中科院物理所CPC数据库里的一个程序来计算,但是我在网上好像搜索不到这个程序。如果用这个程序计算的话,貌似还得编程。

我想现在计算软件这么发展这么快,应该有一些计算软件里有某种模块可以进行分子动力学计算。所以跪求高人指点~~~~


文献中提到计算的结果有如下:径向分布函数,配位数曲线,键角分布,均方位移等一些结果。
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di1020

银虫 (小有名气)


zeoliters(金币+1):多谢回帖交流! 2010-04-25 13:54
引用回帖:
Originally posted by tianlangxingaa at 2010-04-08 13:56:18:


第1:md程序是最简单的,自己写写代码就可以算了,只要立场参数不是很麻烦。

第2:对于自己写程序来计算的人,底线就是自己的程序,程序给你了,就等于把什么都给你了。做计算不要总想着要别人的程序,找到 ...

首先十分感谢这位大哥精彩评述~~~~我觉得这是到后期要关注的内容呀,我现在还是研一,刚刚涉入这个熔盐结构模拟计算领域,我现在是刚刚领会到MD的理论,然后也看了不少中文文献里有这模拟方面内容的,但是就如我上面提到的,貌似在文献里找不到程序或者计算软件什么的。  我是这样想的:1.如果能找到软件最好,能把文献里的内容重复一遍,尽快的熟悉这方面的内容,不然光看文献,无法真正深入进去。2.如果是用自己写程序计算的话,我想怎么也得找个编程的教程吧,用什么语言编啊什么的,怎么编。

然后我本科的时候用过MS里castep模块计算了一些东西,可能做的比较肤浅吧,感觉相关资料挺丰富的,也好入门。就是感觉这个MD的计算,我看了很久,不知道从哪里入手......感觉有点迷茫~~~~~

还有关于编程,我还真没有接触过,希望高手能指点迷津,在下万分感谢啦~~
都不会才叫你做,会了就不给你做的。
3楼2010-04-08 21:29:17
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)

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luoqiquan(金币+3):ths 2010-04-08 15:33
引用回帖:
Originally posted by di1020 at 2010-04-08 11:35:44:
我查过一些文献,类似的计算基础理论是用的分子动力学理论(MD),文献中提到的是中科院物理所CPC数据库里的一个程序来计算,但是我在网上好像搜索不到这个程序。如果用这个程序计算的话,貌似还得编程。
我想现在计算软件这么发展这么快,应该有一些计算软件里有某种模块可以进行分子动力学计算。所以跪求高人指点~~~~

文献中提到计算的结果有如下:径向分布函数,配位数曲线,键角分布,均方位移等一些结果。

第1:md程序是最简单的,自己写写代码就可以算了,只要立场参数不是很麻烦。

第2:对于自己写程序来计算的人,底线就是自己的程序,程序给你了,就等于把什么都给你了。做计算不要总想着要别人的程序,找到了更好,没有别人的程序就自己锻炼锻炼写吧

第3:用软件可以做md模拟,很多软件,但是永远记住一点,就是无论多先进,别人的代码永远是别人的,无论你多熟悉别人的程序,也不如自己亲自写写,练的是一种能力,将来自己写程序是很常见的事情。

cheers
2楼2010-04-08 13:56:18
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sigmax

银虫 (正式写手)

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mingdong(金币+3):感谢交流! 2010-04-12 14:35
近程有序的离子熔体,可以用X射线或中子散射的径向分布函数(RDF/PDF)来实验测试,然后用分子动力学来建模,直到模拟的RDF与实验结果一致。你可以看看逆蒙特卡洛模拟,这个方法在RDF研究中非常有用。
至于软件,常见的分子动力学软件都可以模拟RDF,逆蒙特卡洛软件可以从RMC++入手。
4楼2010-04-11 22:56:57
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thinkllh

铁杆木虫 (正式写手)

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zeoliters(金币+3):多谢回帖交流! 2010-04-25 13:55
引用回帖:
Originally posted by di1020 at 2010-04-08 21:29:17:



首先十分感谢这位大哥精彩评述~~~~我觉得这是到后期要关注的内容呀,我现在还是研一,刚刚涉入这个熔盐结构模拟计算领域,我现在是刚刚领会到MD的理论,然后也看了不少中文文献里有这模拟方面内容的,但是就 ...

确实如楼上的兄弟们所说,做MD计算自己编程是很平常的事情,而且自己编程有一个好处就是可以把你需要的结果都在程序中处理好,算完了直接拿其它软件可视化一下就OK了。
至于怎么自己编程,我当时本科的时候做过一点MD计算,自己编的程,是参考的《The art of Molecular Dynamics Simulation》一书,这本书讲的非常详细,有源程序,用的C语言,我就是仿照上面的从零开始编的,建议楼主认真研读一下,只看中文的文献对实际计算能力的提高没有一点帮助。
Thinkwiththeworld.
5楼2010-04-21 21:37:24
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