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richenim

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于DNA Ladder marker已有8人参与

要做DNA Ladder,但买回来的DNA Ladder marker不知道该怎么用,请高手帮忙解答一下。
这些是我买回来的marker的说明书


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wangqk198738

金虫 (正式写手)

答:大楼主

★ ★ ★ ★ ★
richenim(金币+2): 2010-04-03 19:07
scelab(金币+5):答复的很详细,辛苦了!欢迎多多交流!:tiger06: 2010-04-03 21:46
1,胶孔的大小不是你说了算的,是你用的梳子,梳子一般有大而稀疏和小而密集两种。再大点的我还真没见过。一般用小孔的就可以,回收的时候用大孔的。2,加Marker也是根据自己的需要加的,你要想亮点就多加点,发表论文的时候多用这样,此外亮度的调节跟在于再UV拍照时,你调节的曝光率。不信你试试看。3,关于你说的混合了再用我还真没碰到过。估计不行,你自己可以操作一下试试看,行就跟大家分享一下。4,去离子水可是不一般啊,它是经过超微滤膜过滤的,和双蒸水有的一拼。你想想离子对酶的影响多大,很明显,你的反应体系根本没有多大,所以要用去离子水的。只不过去离子水偏酸性,但影响不大。5,你所说的上样20微升我不知道是为什么,获取跟你的体系里的产物有关,产物少自然加得多,可我们一般都加十微升就足够了,十五微升是多的不得了了。反应体系最大才五十微升。所以说你的摸索循环数,不是说循环数多了就好,多了对Polymerase不是很好。这个都是要摸索的,真的,建立好自己的反应体系。他们说明书你只能相信50%,你慢慢的就会明白,你想你和他们用的一起一样吗,他们有自己的标准。加Marker一般你说的2微升就足够了,多点也不要紧,毕竟不是很便宜,就那么点。有疑问多提!我来答复,我回答不了的,我再请教别人。
7楼2010-04-03 18:54:35
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shirongjiu

金虫 (正式写手)

★ ★
scelab(金币+2):谢谢交流!:tiger06::tiger23: 2010-04-03 09:50
richenim(金币+1): 2010-04-03 09:54
对于5mm胶孔的琼脂糖凝胶而言,吸取1-2ul的ladder、1ul的6*DNA loading dye、4-3ul的去离子水混合后加入胶孔;对于聚丙烯酰胺凝胶来说,方法同表中解释。如果胶孔增加或减少,则ladder的混合液上样量增加幅度按照0.2-0.4ul/1mm胶孔增幅。
2楼2010-04-03 06:09:57
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wangqk198738

金虫 (正式写手)

同意楼上的大部分

★ ★
scelab(金币+2):谢谢交流!:tiger06::tiger23: 2010-04-03 09:51
richenim(金币+1): 2010-04-03 09:55
richenim(金币+1): 2010-04-03 10:11
楼上的基本可行,但是我还是要劝诫楼主,不能完全按部就班,等你稍微熟悉了就知道该加多少了,根据自己的实验来。你的这个Marker都可以用来标定的很细了,一般不用这种,梯度间隔大的好点,要是最后了可以用这种标定一下,能看到你的产物是多大,对测序也有好处。
3楼2010-04-03 09:15:11
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richenim

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by shirongjiu at 2010-04-03 06:09:57:
对于5mm胶孔的琼脂糖凝胶而言,吸取1-2ul的ladder、1ul的6*DNA loading dye、4-3ul的去离子水混合后加入胶孔;对于聚丙烯酰胺凝胶来说,方法同表中解释。如果胶孔增加或减少,则ladder的混合液上样量增加幅度按照 ...

我再问一下,5mm胶孔是多大的啊?一般的琼脂糖凝胶是多大的胶孔哦?(第一次跑电泳,所以很多不知道啊) 每次这样1-2ul的加样,误差好大哦,可不可以直接将6*DNA loading dye与ladder、去离子水先混合后,再一起上样啊?
4楼2010-04-03 10:00:53
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