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zhlzuo新虫 (初入文坛)
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[交流]
【求助/交流】如何设计兼并引物 已有3人参与
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各位大虾： 小弟想根据不同昆虫中表达相同蛋白的DNA序列设计一对兼并引物，已知的这些目的基因有些知道全长，有些只知道一部分序列，我怎样去根据这些已知的信息去设计引物，然后再特异扩增另一种昆虫体内的相似的目的基因呢？ 由于我是新手，很多东西不懂，请各位多多指教，谢谢。 |
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3楼2010-03-31 09:43:02
yujiaping1
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zhlzuo(金币+1):我要做的是前者，多谢指教。 2010-04-01 21:22
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你的目的是什么，获得某个在其他昆虫中已知而在你研究的昆虫中未知的基因的全长？还是研究某个基因在不同昆虫中的表达？ 如果是前者，那么就设计RACE同源引物（设计方法同后面，只是引物长度和退火温度根据试剂盒还有特殊要求），然后PCR克隆测序 如果是后者，就设计一对同源引物，测序后，重新设计RT-realtime PCR，进行定量分析。 具体简并引物的设计方法，你要看比对结果，比如你的昆虫和已知该基因的昆虫基因相似度很高，在90%左右了，那么就可以根据比对结果在保守区直接设计引物，不需要简并碱基，如果相似度相对低，那么你就根据比对结果在保守区设计简并引物，简并碱基是根据不同昆虫比对的结果设计的，还可以根据密码子的偏好，降低简并度，一般来说简并度不能超过16，如果太高，可以用黄嘌呤代替简并碱基，因为它可以很好的跟四种碱基配对 [ Last edited by yujiaping1 on 2010-3-31 at 09:21 ] |
2楼2010-03-31 09:19:56
yujiaping1
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4楼2010-03-31 11:27:39
hc1027
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5楼2010-04-05 12:04:25
