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dongyang5028

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】急急：帮帮忙啊！怎样用PLATON检查氢键和计算paipai堆积啊？已有4人参与

审稿人让我填写氢键和计算paipai堆积，各位虫子们可以告诉我用PLATON操作的具体步骤么？
我的问题是：
1 如何检查氢键及添加到CIF当中？
2 如何检查PAI-PAI堆积？

顺便问一个问题：我在INS当中添加HTAB命令，在LST文件中，得到了一部分这样的数据：
O41-H41A 0.930
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O41:
0.4616 0.7471 0.5935 O..O13 2.659 0.5342 0.6982 0.5743 O..O12 2.924 0.5363 0.7699 0.5647 O..O29 2.978 0.4937 0.8127 0.5316 O..O4W 3.332 ------------------------------------------------------------------------------
这表示什么？是和O41可能的链接从而形成氢键的意思么？
这样的情况，是不是用PLATON就能计算出O41和谁形成的氢键了？
谢谢各位！

[ Last edited by dongyang5028 on 2010-3-28 at 14:46 ]

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1楼 2010-03-27 18:59:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

nancysxj

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dongyang5028(金币+4): 2010-04-03 12:46
yanhualover(金币+2):谢谢交流 2010-05-17 00:20:51

用platon计算氢键和pi-pi堆积：1.打开platon然后点“file” 选中“select data file”，调出ins文件；2.再点“publish”，选中“calc all” 就开始计算并生成lps文件了3.看到“current platon task”那里显示none之后，就可以关闭了4.在你原先保存ins文件的那个文件夹里会多出几个文件，其中包括lps文件，你用记事本方式把它打开，输入cg-cg 就可以查到pi-pi堆积了