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dongyang5028

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】急急:帮帮忙啊!怎样用PLATON检查氢键和计算paipai堆积啊? 已有4人参与

审稿人让我填写氢键和计算paipai堆积,各位虫子们可以告诉我用PLATON操作的具体步骤么?
我的问题是:
1 如何检查氢键及添加到CIF当中?
2 如何检查PAI-PAI堆积?

顺便问一个问题:我在INS当中添加HTAB命令,在LST文件中,得到了一部分这样的数据:
O41-H41A       0.930
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O41:
   0.4616  0.7471  0.5935  O..O13   2.659      0.5342  0.6982  0.5743  O..O12   2.924      0.5363  0.7699  0.5647  O..O29   2.978      0.4937  0.8127  0.5316  O..O4W   3.332   ------------------------------------------------------------------------------
这表示什么?是和O41可能的链接从而形成氢键的意思么?
这样的情况,是不是用PLATON就能计算出O41和谁形成的氢键了?
谢谢各位!

[ Last edited by dongyang5028 on 2010-3-28 at 14:46 ]
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jingweiii

铁杆木虫 (正式写手)

dongyang5028(金币+1): 2010-03-28 23:07
你可以试着把O41的坐标改成LST里的位置,这样可以形成的氢键多些
4楼2010-03-28 22:34:54
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dongyang5028

金虫 (正式写手)

怎么没人回复呢,好着急啊
2楼2010-03-28 09:09:48
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dongyang5028

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by jingweiii at 2010-03-28 22:34:54:
你可以试着把O41的坐标改成LST里的位置,这样可以形成的氢键多些

我想问一下,没有对称码的氢键,是为什么呢?这样的氢键算是什么类型的氢键呢?
5楼2010-03-29 20:15:09
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nancysxj

木虫 (小有名气)

★ ★
dongyang5028(金币+4): 2010-04-03 12:46
yanhualover(金币+2):谢谢交流 2010-05-17 00:20:51
用platon计算氢键和pi-pi堆积:1.打开platon然后点“file” 选中“select data file”,调出ins文件;2.再点“publish”, 选中“calc all” 就开始计算并生成lps文件了3.看到“current platon task”那里显示none之后, 就可以关闭了4.在你原先保存ins文件的那个文件夹里 会多出几个文件,其中包括lps文件,你用记事本方式把它打开,输入cg-cg 就可以查到pi-pi堆积了

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6楼2010-03-30 12:53:12
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