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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助成功】MS Amorphous Cell 建模问题
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fu19871111

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助成功】MS Amorphous Cell 建模问题 已有1人参与

用MS里的Amorphous Cell建立Cell 时cell parameters怎么设置？ 模拟玻璃化温度时所用MD方法是用哪几个模块算的？

[ Last edited by fu19871111 on 2010-3-21 at 11:58 ]



[ Last edited by zzy870720z on 2011-4-25 at 17:28 ]
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1楼 2010-03-21 00:31:14
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fu19871111

金虫 (正式写手)
Amorphous Cell 也可以进行MD模拟啊  这些模块基本上时一样的还是有很大的区别吗？
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5楼2010-03-21 22:57:23
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查看全部 15 个回答

zczc6

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
fu19871111(金币+3): 2010-03-21 22:52
qasd(金币+2):谢谢 2010-03-22 20:27
xiaohunhun(金币+1):谢谢回帖 2010-03-30 09:18
输入放如分子数、密度，自动显示包的尺寸，分子数决定包的大小，应超过阶段半径cutoff的两倍。MD主要是discovery 和 forcite
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3楼2010-03-21 17:29:01
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fu19871111

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zczc6 at 2010-03-21 17:29:01:
输入放如分子数、密度，自动显示包的尺寸，分子数决定包的大小，应超过阶段半径cutoff的两倍。MD主要是discovery 和 forcite

嗯  看见了   Forcite 是不是用来做退火处理   ？
最小化以及后面的NVT NPT-MD模拟式用Discover ？ 用Amorphous Cell和forcite可以不 ？ 还有最小化是用Amorphous Cell吗？  具体点啊  谢谢
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4楼2010-03-21 22:55:47
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qasd

木虫 (著名写手)
★
fu19871111(金币+2): 2010-03-23 07:48
ice_rain(金币+1):xiexie~ 2010-03-24 21:52
Amorphous Cell其实是一种方法，动力学计算还是discover在算，建模有分子数和密度一般来说就够了，但是含苯环的体系比较特殊
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-03-22 20:27:31
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