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menglongkafei

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】请教发卡DNA的问题

请问发卡DNA发卡环打开后,想把它再回到原来的发卡形式,还原到发卡形式时的条件是什么? 比如温度、时间 盐度及应注意一的事项是什么
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★
menglongkafei(金币+1):谢谢参与
menglongkafei(金币+5): 2010-03-17 18:42
看你的DNA怎么设计的,是单链发夹吗?
单链之间会不会形成dimer?
下游实验是什么?
2楼2010-03-17 18:23:02
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

menglongkafei(金币+5): 2010-03-18 10:37
我用的是单链发卡DNA,一段修饰的有二茂铁,另一端修饰在电极表面,不知,发卡环有21个,颈有6对, 不知这样的如果跟互补的杂化后,将互补链去掉后,剩下的这个线性的发卡式DNA要恢复到发卡式如何处理?


似乎这个问题在哪里见过
这么看来,探针(就是你的发夹DNA)似乎不是游离的,而是所谓的固定化的,所以不存在探针之间形成dimer的问题
这种情况是很理想的,只要充分洗脱外源杂交链(似乎是高盐洗?我忘了是不是高盐可以破坏氢键),然后加热到6对互补碱基融解温度(其实是半数解链,一般软件或者公式算出来的Tm)再高个5度左右,然后降温即可。我可以让其自然冷却至室温都没问题。骤冷不一定需要,看你的选择。


还是发上来交流好,似乎之前也有人问过类似的问题
3楼2010-03-17 22:20:42
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