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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

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[交流] 【原创】推荐一个适合做分子动力学的服务器-charmming

各位虫友好:
作为环境专业学生，由于自己对分子模拟这块的兴趣，一直在研究分子对接和分子动力学的东西，分子动力学这块Amber,charmm,gromacs这些都听过，没用过，只自学过NAMD的用法，最近在网上看到charmming-这是一个利用charmm力场进行分子动力学模拟的图形化界面，可以很容易的进行能量最小化，溶剂化和分子动力学模拟，网址为：www.charmming.org，对于分子动力学模拟的老手老说这种自动化的模拟应该是不值一提的，但是当你是个分子动力学模拟的新手，或是仅仅想利用结果来阐明一些问题，没有必要进行详细的分子动力学模拟时，这个网站可以作为你的一个选择
3.5更新：今天用Charmming进行金属酶的模拟发现里面的插件能够派生出Charmm不存在的立场参数文件，这个程序是genrtf,在进行完这一步后，可以对金属酶的蛋白部分和金属组分同时进行能量最小化。
3.7更新：今天很郁闷，开始以为用这个就能完全实现了，后来发现网上限制了动力学的模拟时间，貌似只有10ps,那么我一次10ps之后，下一次在运行10ps的模拟和直接运行20ps的有区别吗？而且算的还很慢，尝试用VMD对经Charmming能量最小化的结构进行动力学模拟，却发现Charmming可下载的文件里没有派生出的Top和Par文件，因此即使最小化的时候可以得到包含金属部分的结构，但是后续的动力学模拟还是不能进行~哎~
3.10更新：补充下这个网络服务器的一些知识：
charmming是charmm的网络图形化界面
包含了一系列可用于上传结构，进行分子动力学模拟以及观察结果的工具，为了给初学者最大的便利。该服务器集成了一些免费的工具，比如JMOL：用于蛋白结构的可视化，GENRTF：用于自动派生charmm力场中不包括的top和par文件。
简易的流程：
1.首先免费注册一个账号，之后便可进入操作界面：
选择Open a new tab:开始一个新的任务
2.submit structure:接下来的一步是提交PDB结构，我的模型是通过同源模建获得的，因此，在进行分子动力学模拟之前，需要对分子进行能量最小化，以使分子结构尽可能的合理，模型的合理程度可以通过UCLA-DOE的检测服务器进行质量检测：网址为http://www.doe-mbi.ucla.edu/。这个服务器可以进行PROCHECK,WHATCHECK等一系列的检测。
3.能量最小化之后，需要进行溶剂化，参数的选择可以根据文献的报道来选择
4.分析动力学模拟
进一步的研究希望和大家多交流~~~

[ Last edited by zh1987hs on 2010-3-10 at 19:36 ]

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