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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】高分子分子动力学模拟的初态设定
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zhgj1979

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】高分子分子动力学模拟的初态设定

一般看到文献上的都是将伸直的高分子链作为初态，然后使其不断松弛，直到体系的密度与实际密度相符为止。

对这里面的某些细节不是很清楚：
1. 最初的格子将会很大，由于分子链是伸直状态。那是否一定要采用立方周期性的格子？
2.分子链在松弛过程中，在程序中如何实现将开始的大的格子不断“收缩”为实际的高分子占用的体积格子？

小弟刚刚开始学习分子动力学，问题肤浅，请多指教!
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1楼 2010-02-03 21:54:14
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9988michel

银虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-14 21:25:01
我觉得是要用周期性边界条件的，而且你这个变化前的不稳定阶段可以通过设置动力学代码不记录，值输出你所学的东西。晶格大小是根据你设置的参数来的
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脚比路长。
5楼2011-04-14 17:09:57
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zhgj1979(金币+5):谢谢指教 2010-02-04 07:55
lei0736(金币+2):谢谢 欢迎常来 2010-02-04 10:41
不一定，体系的初始状态可以是随即的，体系运行一段是时间后体系会忘记以前的状态，从此刻开始计算你所需要的性质，

松弛过程中高分子是否收缩取决于相互作用参数。

cheers
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2楼2010-02-03 23:04:10
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jiangtao9571

新虫 (正式写手)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-14 21:25:11
变格子在模拟中是能做到的额！！
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4楼2011-04-13 16:33:35
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roy_allen

银虫 (小有名气)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-15 14:57:10
可以在MS中通过AC模块构建所要的格子，然后在NPT系综下进行弛豫，可以优化格子的尺寸，使其达到密度的稳定（可以弛豫过程中的密度变化图），但具体所得密度是否是和现实接近，这个取决于力场的准确性。接下来，便可以进行后续的研究。
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6楼2011-04-15 14:51:36
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