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【求助】救助如何判断一个晶体堆积中是否存在分子间氢键或派-派作用
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| 如何判断一个晶体堆积中是否存在分子间氢键或派-派作用,是通过计算还是画图?如果通过计算,如何计算,谢谢! |
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2楼2010-02-02 21:21:48
happy1196
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3楼2010-02-05 23:10:12
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4楼2010-02-06 00:01:58
5楼2010-02-06 08:18:14
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eeqeeq0002(金币+1):谢谢 参与 2010-02-10 20:52
eeqeeq0002(金币+1):谢谢 参与 2010-02-10 20:52
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转载 platon中结果的分析： 常用的有 Graphic里的ORTEP/ADP,点击此选项可以画出类似ORTEP要求的图片，但是比ORTEP-3用起来要方便的多 Incl-H atoms 可以让你选择是否显示H原子 Probability 让您选择椭球度（10%-90%） ViewOptions 让您选择程序认为的重叠最少的几个视角，如果还是遮挡，则用RotX,RotY,RotZ来调节 LablSize调节标号的大小 Decoration 可以让土周围的那些字去掉（点一下您就知道了） 最后画完了，点击b&w-EPS-col,点击时，偏左即选择黑白，偏右即彩色 这时在您的数据所在的原文件夹中产生一个 .ps各式的文件，用photoshop 等软件打开即可。 Platon常用功能2--计算晶体结构及结果的读取 计算起来比较方便，用calc all 功能即可 结果保存在platon.lis或platon.lst文件中 但是数据读起来非常麻烦 为了方便大家使用，我们列出了最常见的六种结果，给大家提供了搜索词，需要计算这些结果的，只需要在用写字板或记事本打开文件后，用 查找 功能查找这些词就可以了 1. 元素的热振动因子情况统计： 搜索词：Averages per Element示例： ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Non-H C H Eu N O ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Average 0.0502 0.0528 0.0677 0.0312 0.0410 0.0501 Minimum 0.0282 0.0282 0.0250 0.0312 0.0379 0.0321 Maximum 0.1410 0.1410 0.1692 0.0312 0.0485 0.0909 Ratio 5.0000 5.0000 6.7676 1.0000 1.2797 2.8318 Number 56 32 32 1 7 16 2. 计算3元-24元环平面 搜索词：Nr示例： ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Nr 1 P Q R S Sigref 0.003 Sigpln 0.006 Chisq 8.2 Pl.Hyp. P<5 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Ring 0.9488(6) -0.1535(17) -0.2760(17) 3.45(2) #O(3) 0.003(2) #N(2) -0.003(3) #N(3) 0.005(4) #C(16) -0.005(4) 说明：Nr 1代表第一个环 #O(3) 0.003(2) #N(2) -0.003(3) #N(3) 0.005(4) #C(16)代表这个环（或者平面）是由O(3) N(2) C(16)组成的 3.计算二面角： 搜索词：Angles (Degrees) Between Planes示例： 1, 2= 75.1(3) 1, 3= 1.95(19) 1, 4= 3.6(2) 1, 5= 72.0(2) 1, 6= 8.62(14) 1, 7= 57.37(17) 1, 8= 61.32(19) 1, 9= 86.15(17) 1,10= 52.05(18) 1,11= 34.29(19) 1,12= 1.95(15) 1,13= 19.0(2) 1,14= 20.5(2) 1,15= 39.6(2) 1,16= 75.3(2) 1,17= 14.2(2) 1,18= 72.05(19) 2, 3= 74.0(3) 2, 4= 72.0(3) 2, 5= 4.8(3) 2, 6= 73.7(2) 2, 7= 69.6(2) 2, 8= 31.5(3) 2, 9= 19.4(2) 2,10= 58.4(3) 2,11= 80.4(3) 2,12= 73.5(2) 2,13= 83.6(3) 说明：1, 2= 75.1(3)代表由环1、环2平面的二面角为75.1(3)度 4.计算平面Q, T值（每个原子偏离由该组原子构成平面的程度） 搜索词：Ring Puckering Analysis示例： ==================================================================================================================================== 6-Membered Ring ( 1) Cu(1) --> O(3) --> C(21) --> C(16) --> C(15) --> N(3) -->------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ sp3 sp2 sp2 sp2 sp2 Dev. (Ang) -0.2468 0.1930 -0.0247 -0.0898 0.0361 0.1322 Cs(I)-Asym-Par (Deg) 9.47 17.77 27.11 9.47 17.77 27.11 C2(I)-Asym-Par (Deg) 41.03 38.18 32.23 41.03 38.18 32.23 Ring Bond Angle(Deg) 91.46 125.24 122.00 122.78 127.35 121.97 Tors(I-J) (Deg) 33.15 -26.30 1.64 4.54 12.84 -26.10 Cs(I-J)-Asym-Par (Deg) 38.44 28.94 35.98 38.44 28.94 35.98 C2(I-J)-Asym-Par (Deg) 7.92 31.08 26.11 7.92 31.08 26.11 Ring Bond Distance (Ang) 1.9005 1.3627 1.4050 1.4777 1.2575 2.0189 Weighted Average Ring Bond Distance = 1.5704(999,999) Ang. - NOTE: 1st esd. Internal, 2nd esd External. Weighted Average Abs. Torsion Angl. = 17.43( 41,528) Deg. see: e.g. Domenicano et al., Acta Cryst.(1975), B31, 221-234. Cremer & Pople Puckering Parameters [D. Cremer & J.A. Pople, J.Amer.Chem.Soc., 97, (1975), 1354-1358] ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Q(2) = 0.2978 Ang., Phi(2) =191.7850 Deg Q(3) = -0.1922 Ang. :: C & P - Puckering Analysis may be DUBIOUS since %(Bond Distance Range/Average) = 48.5 > 25.0 % Puckering Amplitude (Q) = 0.3544 Ang, Theta = 122.84 Deg, Phi =191.7850 Deg 说明：该六元环由Cu(1) --> O(3) --> C(21) --> C(16) --> C(15) --> N(3)组成 计算结果为Puckering Amplitude (Q) = 0.3544 Ang, Theta = 122.84 Deg, Phi =191.7850 Deg 但有时程序不能计算Puckering，如果计算的话就会给出数值。 5.pi-pi等弱相互作用 搜索词：Short Ring-Interactions示例： ==================================================================================================================================== Analysis of Short Ring-Interactions with Cg-Cg Distances < 6.0 Angstrom and Beta < 60.0 Deg. ==================================================================================================================================== - Cg(I) = Plane number I (= ring number in () above) - Alpha = Dihedral Angle between Planes I and J (Deg) - Beta = Angle Cg(I)-->Cg(J) or Cg(I)-->Me vector and normal to plane I (Deg) - Gamma = Angle Cg(I)-->Cg(J) vector and normal to plane J (Deg) - Cg-Cg = Distance between ring Centroids (Ang.) - CgI_Perp = Perpendicular distance of Cg(I) on ring J (Ang.) - CgJ_Perp = Perpendicular distance of Cg(J) on ring I (Ang.) - Slippage = Distance between Cg(I) and Perpendicular Projection of Cg(J) on Ring I (Ang). - P,Q,R,S = J-Plane Parameters for Carth. Coord. (Xo, Yo, Zo) Cg(I) Res(I) Cg(J) [ ARU(J)] Cg-Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S Alpha Beta Gamma CgI_Perp CgJ_Perp Slippage Cg(1) [ 1] -> Cg(1) [ 3665.01] 4.282(2) -0.9488 0.1535 0.2760 -0.0349 0.00 37.10 37.10 3.415 3.415 2.583 Cg(1) [ 1] -> Cg(1) [ 3765.01] 4.299(2) -0.9488 0.1535 0.2760 -6.9128 0.00 36.35 36.35 3.463 3.463 2.548 Cg(1) [ 1] -> Cg(2) [ 1455.01] 5.489(3) -0.0914-0.4701 0.8779 -1.6886 75.12 51.28 56.49 3.030 3.433 Cg(1) [ 1] -> Cg(2) [ 1555.01] 5.099(3) -0.0914-0.4701 0.8779 -2.3511 75.12 47.51 62.33 2.368 3.445 Cg(1) [ 1] -> Cg(3) [ 3665.01] 4.267(2) -0.9528 0.1199 0.2790 -0.4655 1.95 37.13 38.43 3.342 3.402 Cg(1) [ 1] -> Cg(3) [ 3765.01] 5.939(2) -0.9528 0.1199 0.2790 -7.3721 1.95 54.17 53.12 3.565 3.476 Cg(1) [ 1] -> Cg(4) [ 3665.01] 5.891(2) -0.9462 0.0999 0.3079 -0.6473 3.58 55.13 55.82 3.309 3.367 Cg(1) [ 1] -> Cg(4) [ 3765.01] 4.357(2) -0 里面的符号如Cg-Cg等在数据前面都有解释： Cg-Cg环重心间的距离 CgI_Perp环I到环J的垂直距离 6.氢键作用分析 搜索词：Potential Hydrogen Bonds示例： ==================================================================================================================================== Analysis of Potential Hydrogen Bonds and Schemes with d(D...A) < R(D)+R(A)+0.50, d(H...A) < R(H)+R(A)-0.12 Ang., D-H...A > 100.0 Deg ==================================================================================================================================== Note: - ARU codes in [] are with reference to the Coordinates printed above (Possibly transformed, when MOVE .NE. 1.555) ==================================================================================================================================== Nr Typ Res Donor --- H....Acceptor [ ARU ] D - H H...A D...A D - H...A A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ) Sum(XZ) ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 1 Intra 1 O(3) --H(37) ..O(4) [ ] 0.91 2.24 2.6084 104 2 1 O(3) --H(37) ..O(5) [ 2755.01] 0.91 2.11 2.9767 161' 85' 350.00 3 Intra 1 O(6) --H(38) ..O(7) [ ] 0.89 2.18 2.6027 108 4 1 O(6) --H(38) ..O(10) [ 2665.01] 0.89 2.09 2.9482 163' 88' 359.00 5 1 O(5) --H(39) ..O(1) [ 2755.01] 0.90 2.14 2.8616 137 6 1 O(5) --H(39) ..O(2) [ 2755.01] 0.90 2.24 3.0557 150' 72' 359.00 7 1 O(5) --H(40) ..O(3) [ 2755.01] 0.89 2.40 2.9767 122 8 1 O(5) --H(40) ..O(4) [ 2755.01] 0.89 2.12 2.9481 153' 70' 345.00 9 1 O(10) --H(41) ..O(6) [ 2665.01] 0.89 2.52 2.9482 110 10 1 O(10) --H(41) ..O(7) [ 2665.01] 0.89 2.08 2.9566 166' 68' 344.00 11 1 O(10) --H(42) ..O(8) [ 2665.01] 0.90 2.21 2.9609 141 12 1 O(10) --H(42) ..O(9) [ 2665.01] 0.90 2.20 2.9627 143' 72' 356.00 3>O(15) --H(44) .. ? 0.90 13 1 C(1) --H(1) ..N(7) [ 2655.01] 0.93 2.40 3.3012 163 14 Intra 1 C(36) --H(36A) ..O(3) [ ] 0.97 2.50 3.3334 144 15 1 C(36) --H(36B) ..O(11) [ 2665.02] 0.97 2.49 3.3706 151 Translation of ARU-code to Equivalent Position Code =================================================== [ 2755. ] = 2-x,-y,-z [ 2665. ] = 1-x,1-y,-z [ 2655. ] = 1-x,-y,-z 说明：分析出分子内氢键（intra）和分子间氢键（标有对称性代码的如2755.01，对称操作见底部的注释：[ 2755. ] = 2-x,-y,-z） 需要指出，platon有时计算的值是错误的，最好用mercury检查一下，相差太大肯定就有问题。 [ Last edited by kkpp1986 on 2010-2-6 at 23:08 ] |
6楼2010-02-06 23:06:50
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π-π堆积作用 主要是芳环间的，强度在1~50kJ·mol-1的范围内，且多数在10 kJ·mol-1左右或以下。 分错位面对面（offset face-toface)和边对面edge-toface)堆积两种，垂直距离均在330~370pm的范围 。对于面对面的，计算两苯环中心的连线与环所在的平面的夹角θ值有助于说明π-π作用的强度。 氢键 氢原子与一个电负性较大的原子较近时，就能形成。有几种类型：由N、O作为给体和受体的氢键键长（R ）为300pm或更短些，远了作用弱；C—H键有时也能与N、O、F等形成氢键，键长较长，为320~400pm；有时还能形成三中心键 晶体学中，考察氢键最重要的数据应该是D和A间的距离，这是由于用单晶X-射线衍射法研究氢键 时具有如下问题： 由于于H的电子云密度很低，故不能精确确定其位置。 由于D—H键的电子密度明显偏向于D，所以X射线法确定的D—H的键长与真实值有一定偏差，较短 。 有，大多情况下，H被强制性地限定在特定位置上，故其位置在很大程度上是主观的 |
7楼2010-02-06 23:27:12