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lyfxie8607木虫 (著名写手)
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【讨论】哪个模拟软件国外比较认可 已有5人参与
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如题 如果想发文章的话，哪个分子模拟软件是比较容易让那帮老外接受的呢？ 有个师兄曾经说过好像Gromacs在美国就不太吃的开，因为gromacs是英国人开发的，美国人很瞧不起，那其他软件呢？论坛里有CPMD，似乎这个软件虽然是免费的，但很少人买账哟。 本人在SD数据库中检索一下，似乎文章数是Amber>Desmond>Gromacs>NAMD>LAMMPS(这么做可能很无聊)。 尽管不同的软件功能上有所区别，但这是不是也反应了些什么。用软件的话还是要有倾向性的好，毕竟发文章的话都是给外国人看的，投其所好嘛。 希望高手们指点一下，哪个软件最受老外欢迎。 |
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木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+4):谢谢 1-25 10:29
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看你做的是什么体系，是分子体系？是蛋白质等大分子还是像水啊甲烷这样的小分子，或者是高分子链？离子体系？是水溶液还是熔盐系？沸石类？氧化物体系？固体还是熔体，或是非晶态？金属与合金类？陶瓷类？ 另外看你做的是什么研究，研究的是结构？是堆垛与排列？是缺陷？点缺陷、面缺陷还是位错？是表面？是层错？研究的是性质？是热力学性质还是动力学性质，或是力学性质？研究的是过程？是变形过程？力学破坏过程？还是熔化、溶解、结晶、非晶形成过程？ 你研究的对象不一样，适合的程序也不一样。不能单看用什么软件发表的文章多。比如生物学中的分子体系的模拟，这个研究领域本身就很庞大，研究的人比较多，用某种相应软件的人自然就比较多。你分析用什么软件发表的文章多，这个数据是不好直接比较的，因为你不同软件的使用群体是不一样的。 |
5楼2010-01-25 09:39:37
2楼2010-01-24 20:07:56
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lei0736(金币+5):谢谢 1-24 20:30
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Gromacs的发源地是荷兰的格罗宁根，现在三个主要作者中两个在瑞典一个在马普所（这个人似乎也去了瑞典？未考证），没听说是英国人开发的啊。Gromacs发的文章JACS和PRL都有，应该没有被美国人瞧不起吧。 CPMD买帐的人应该很多吧。至少有很多篇JACS。而CPMD本身的算法就发在PRL上。 NAMD很流行，Amber很好用，DL_POLY很全面，Lammps不熟悉但应该也很强大，这几个软件做MD应该都没有问题。 我觉得LZ应该从自己的需要来选择软件吧，如果做经典MD，可以试试NAMD/VMD，软件本身很强大，而且国内国外用的人都很多，遇到问题也容易寻求帮助。 |
3楼2010-01-24 20:11:07
lyfxie8607
木虫 (著名写手)
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