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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 【其他】在线答疑:VASP的问题
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)

[交流] 【其他】在线答疑:VASP的问题

相应版主号召，特来开贴，我个人水平有限，所以在此抛砖引玉，标题虽是答疑，但是我觉得更应该是讨论。大家术业有专攻，VASP的每个方面不可能都掌握。所以，特开此贴，加强交流，望各位认识不认识的兄弟前来捧场，大家一起讨论，共同进步！

老帖地址（供大家参考）（九尾鱼）：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=679096&fpage=1

老帖地址（供大家参考）（wuchenwf）：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1083523
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1楼 2009-12-18 09:05:02
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lishufei

金虫 (正式写手)

我看co频率计算有一段这样写是什么意思啦？请教前辈

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Finite differences progress:
  Degree of freedom:   2/  2
  Displacement:        2/  2
  Total:               4/  4

FORCES
------

INITIAL FORCE
  0.000000   0.000000  -0.066860
  0.000000   0.000000   0.066860
DOF:   1 ATOM:   1 AXIS:   3 DISPLACEMENT:   1
  0.000000   0.000000  -2.526029
  0.000000   0.000000   2.526029

DOF:   1 ATOM:   1 AXIS:   3 DISPLACEMENT:   2
  0.000000   0.000000   2.069092
  0.000000   0.000000  -2.069092

DOF:   2 ATOM:   2 AXIS:   3 DISPLACEMENT:   1
  0.000000   0.000000   2.062261
  0.000000   0.000000  -2.062261

DOF:   2 ATOM:   2 AXIS:   3 DISPLACEMENT:   2
  0.000000   0.000000  -2.511030
  0.000000   0.000000   2.511030

  
DYNMAT
------
    2    1    1    2
16.000 12.011
    1    1  0.0000  0.0000  0.0200
  0.000000   0.000000  -2.297561
  0.000000   0.000000   2.297561
    2    1  0.0000  0.0000  0.0200
  0.000000   0.000000   2.286646
  0.000000   0.000000  -2.286646
  

SECOND DERIVATIVES (NOT SYMMETRIZED)
------------------------------------
               1Z          2Z
  1Z  -114.878038  114.878038
  2Z   114.332280 -114.332280


SECOND DERIVATIVES (SYMMETRYZED)
--------------------------------
               1Z          2Z
  1Z  -114.878038  114.605159
  2Z   114.605159 -114.332280


MASS-WEIGHTED SECOND DERIVATIVES
--------------------------------
               1Z          2Z
  1Z    -7.179877    8.267127
  2Z     8.267127   -9.518964


Eigenvectors and eigenvalues of the dynamical matrix
----------------------------------------------------


   1 f  =   63.884308 THz   401.396943 2PiTHz 2130.951061 cm-1   264.204354 meV
             X         Y         Z           dx          dy          dz
      0.000000  0.000000  0.000000            0           0   -0.655715  
      0.000000  0.000000  1.143000            0           0    0.755008  

   2 f/i=    0.075306 THz     0.473159 2PiTHz    2.511925 cm-1     0.311439 meV
             X         Y         Z           dx          dy          dz
      0.000000  0.000000  0.000000            0           0   -0.755008  
      0.000000  0.000000  1.143000            0           0   -0.655715  

Eigenvectors after division by SQRT(mass)

Eigenvectors and eigenvalues of the dynamical matrix
----------------------------------------------------


   1 f  =   63.884308 THz   401.396943 2PiTHz 2130.951061 cm-1   264.204354 meV
             X         Y         Z           dx          dy          dz
      0.000000  0.000000  0.000000            0           0   -0.163929  
      0.000000  0.000000  1.143000            0           0    0.217852  

   2 f/i=    0.075306 THz     0.473159 2PiTHz    2.511925 cm-1     0.311439 meV
             X         Y     





    Z           dx          dy          dz
      0.000000  0.000000  0.000000            0           0   -0.188752  
      0.000000  0.000000  1.143000            0           0   -0.189202  

Finite differences POTIM=  2.000000000000000E-002
  LATTYP: Found a simple cubic cell.
ALAT       =     8.0000000000
  
  Lattice vectors:
  
A1 = (   8.0000000000,   0.0000000000,   0.0000000000)
A2 = (   0.0000000000,   8.0000000000,   0.0000000000)
A3 = (   0.0000000000,   0.0000000000,   8.0000000000)
Subroutine PRICEL returns:
Original cell was already a primitive cell.


Analysis of symmetry for initial positions (statically):

Routine SETGRP: Setting up the symmetry group for a
simple cubic supercell.
赞一下(1人) 回复此楼
38楼2010-01-05 22:33:24
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veryman

木虫 (正式写手)

$_$
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1,VIP+0):鼓励这样的提问，信息很详细 12-19 19:23
换新帖了啊，赶紧支持一下。
居然是传说中的沙发~~

问个问题吧，是NEB计算的。
我在INCAR中设置IMAGES=21，生成00-22共23个文件，但是为什么计算的时候给出来的却是：
00/POSCAR found :  3 types and   81 ions
17/POSCAR found :  3 types and   81 ions
然后只有01-16文件夹里有输出文件。
我特意换成IMAGES=15试了下，变成了
00/POSCAR found :  3 types and   81 ions
09/POSCAR found :  3 types and   81 ions
。。。

计算还没有完成，我想知道这是正常过程还是什么问题？

补个INCAR：
ISIF = 2
ISMEAR = 0
ISTART = 0
SIGMA = 0.2
NSW = 500
PREC = High
GGA = PE
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FLASE.
EDIFF = 1E-6
EDIFFG =1E-6
IBRION = 1
NFREE = 2
IMAGES = 21
SPRING = -5
ICHAIN = 0
LCLIMB = .TRUE.

[ Last edited by veryman on 2009-12-18 at 16:41 ]
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-12-18 16:32:57
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by veryman at 2009-12-18 16:32:
换新帖了啊，赶紧支持一下。
居然是传说中的沙发~~

问个问题吧，是NEB计算的。
我在INCAR中设置IMAGES=21，生成00-22共23个文件，但是为什么计算的时候给出来的却是：
00/POSCAR found :  3 types and   8 ...

过渡态没搞过，需要很多结构是吧。
你用脚本搞的？
赞一下 回复此楼
3楼2009-12-18 22:10:41
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
aylayl08(金币+2,VIP+0):谢谢指点 12-19 19:23
引用回帖:
Originally posted by veryman at 2009-12-18 16:32:
换新帖了啊，赶紧支持一下。
居然是传说中的沙发~~

问个问题吧，是NEB计算的。
我在INCAR中设置IMAGES=21，生成00-22共23个文件，但是为什么计算的时候给出来的却是：
00/POSCAR found :  3 types and   8 ...

这个IMAGES参数我没用用过，是个不常用的参数。为此我找了一下说明书，个人感觉你对这个参数的理解好像有点问题，根据说明书上3.5.16的解释，这个IMGAES是和并行有关的一个参数

说明书上如是说
In this case each image, must run on one and only one node, the tag IMAGES must be set to the number of nodes:
IMAGES=number of nodes
也就是说要设置成节点的个数，所以和你理解的算几个文件好像没有关系吧
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2009-12-18 22:23:16
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