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刘仕博

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】被 real time-PCR折磨的孩子又来提问~

不好意思又来麻烦大家,不过还是厚着脸皮发个小贴~
最近我买了新的引物。像之前哪位高手建议过的,我先做了次PCR,觉得引物没有问题,就直接用real time-PCR做了primer test。
什么都可以就是扩增效率不够,在70-80%。引物的Tm值在64度左右,所以我设置的退火温度是58度。
如果想提高扩增效率我该怎么做呢?增加模板的浓度?改变退火温度?
感激不尽!
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生命在于折腾~
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刘仕博

金虫 (著名写手)

最近感觉自己一天就围着引物转,甚至有人说我现在的状态不好,不适合实验。
刚才就在我打算重新再来的时候忽然又发现了个问题,看似不大,但我感觉还挺麻烦的。
我们一般在bioneer订引物,不过一般在网上设计的引物的Tm值会比订单上面的低个2度。刚才又在NCBI上面搜索了下,发现那里面的引物的温度比之前引物设计软件上面给的低个2度。这样一来就差了近5度,可不是开玩笑的呀。有成功的也有没成功的。我一般都按订单上面的温度做的,当然没成功的占多数,呵呵!
而且我还有一点很迷惑,按照Tm值的计算公式,我的引物长度都是24,然后12个C+G,12个A+T,这样的话就正好应该是60度呀,怎么会是这样呢?
一会打算按照NCBI上面的温度做一次,一旦有什么结果再向大家报告,呵呵~
生命在于折腾~
25楼2009-12-16 14:04:19
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刘仕博

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by j2 at 2009-12-10 12:57:
增加循环数

先谢啦~
不过我已经设置到44个循环了,估计也不能再多了。
我增加了模板的浓度,不知道能不能 行~
生命在于折腾~
3楼2009-12-10 13:11:30
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qqsvery

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+1,VIP+0): 12-11 12:31
是不是荧光探针的问题呢?各引物的浓度与探针的浓度比例等等。。。
谎言和真实在河边洗澡,谎言先洗好,穿走了真实的衣服,真实却不肯穿谎言的衣服。后来人们眼里只有穿着真实衣服的谎言,却很难接受赤裸裸的真实。
4楼2009-12-10 13:59:04
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刘仕博

金虫 (著名写手)

我试了几个浓度了,还是不行。
我师姐说是我的模板不行,据说引物找的也不太好,不过我个人觉得引物还是可以用的。我打算从cDNA开始重新弄~
生命在于折腾~
5楼2009-12-10 17:06:03
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