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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】ICSD数据+建模+优化+计算
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cenwanglai

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老和山猥琐派九段

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[交流] 【求助】ICSD数据+建模+优化+计算

*data for   ICSD #36245
Coll Code   36245
Rec  Date   1980/01/01
Mod  Date   1999/06/02
Chem Name   Bismuth Dioxide Carbonate
Structured  Bi2 O2 C O3
Sum         C1 Bi2 O5
ANX         AB2X5
Min Name    Bismutite
D(calc)     8.27
Title       On the crystal structure of Bi2 O2 C O3 (bismutite) and Ca Bi2 O2 (C
            O3)2 (beyerite)
Author(s)   Lagercrantz, A.;Sillen, L.G.
Reference   Arkiv foer Kemi, Mineralogi och Geologi, A
            (1948), 25(2), 1-21
Unit Cell   3.867 3.867 13.686 90. 90. 90.
Vol         204.66
Z           2
Space Group I 4/m m m
SG Number   139
Cryst Sys   tetragonal
Pearson     tI16
Wyckoff     m2 h e2 d b
Red Cell    I  3.867 3.867 7.369 105.211 105.211 89.999 102.328
Trans Red   1.000 0.000 0.000 / 0.000 -1.000 0.000 / -0.500 0.500 -0.500
Comments    O of CO3 split on 6 different positions
            Total SOF on at least one site differs from unity (SOF <
            0.997 resp. SOF > 1.003)
            Compound with mineral name: Bismutite
            The structure has been assigned a PDF number: 41-1488
            No R value given in the paper.
            At least one temperature factor missing in the paper.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Bi   1  +3    4 e   0           0           0.160(3)       1.         0   
O    1  -2    4 d   0           0.5         0.25           1.         0   
C    1  +4    2 b   0           0           0.5            1.         0   
O    2  -2    4 e   0           0           0.591          0.25       0   
O    3  -2    16 m  0.114       0.114       0.579          0.125      0   
O    4  -2    16 m  0.197       0.197       0.546          0.125      0   
O    5  -2    8 h   0.228       0.228       0.5            0.125      0   
*end for    ICSD #36245

（1）根据这个建模得到很怪异的结构，一个C居然链接了近二十个O。
（2）结构优化后得到更怪异的结构，严重偏离原有结构。
（3）怎么理解occupancy?建模的时候怎么考虑这个？计算能带结构和PDOS的时候，该对这个模型怎么处理？直接计算结果也十分怪异，禁带宽度没有，看起来像金属。
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1楼 2009-12-02 10:27:33
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ice_rain

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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yjmaxpayne(金币+2,VIP+0):谢谢 12-3 11:59
如果将这个结构导入ms中肯定是不行啊，分数占据ms中有，但是这中模型怎么建还得好好想想啊。模型啊。可以是已有信息+自己的经验，只要算出的性质和实验的相近，就说明你的模型是ok的。
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2楼2009-12-02 12:13:55
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主
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yjmaxpayne(金币+2,VIP+0):谢谢 12-3 11:59
有occupancy的结构很复杂。
现在还没有一个好的解决方法。
这个很难。
我们讨论过很多次了。
这是困扰了我三年的一个问题，至今没有完美解决，期待高手！！
现在偶看到occupancy不为1的结构就直接pass掉
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…………
3楼2009-12-02 13:31:41
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xtrlcj

金虫 (小有名气)
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aylayl08(金币+1,VIP+0):感谢参与讨论 12-5 19:19
我计算过occupancy是1和不是1的，Final Enthalpy 的结果是一样的，后来我也像楼上的一样不算这种结构了，期待有人能帮楼主解决这个难题，这样大家就都有福了
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4楼2009-12-05 17:32:39
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
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aylayl08(金币+1,VIP+0):感谢参与讨论 12-5 19:19
引用回帖:
Originally posted by xtrlcj at 2009-12-5 17:32:
我计算过occupancy是1和不是1的，Final Enthalpy 的结果是一样的，后来我也像楼上的一样不算这种结构了，期待有人能帮楼主解决这个难题，这样大家就都有福了

如果有通用且有效的方法能搞定的话,就发prl去了.
目前只能凭经验建模.

[ Last edited by y1ding on 2009-12-5 at 19:16 ]
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5楼2009-12-05 19:06:25
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yachunwang

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xtrlcj at 2009-12-5 17:32:
我计算过occupancy是1和不是1的，Final Enthalpy 的结果是一样的，后来我也像楼上的一样不算这种结构了，期待有人能帮楼主解决这个难题，这样大家就都有福了

期待这个问题解决的那一天的到来，对于这个问题我也束手无策啊！苦恼的问题！
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6楼2009-12-06 07:21:20
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢，欢迎常来交流讨论 12-11 00:17
看看大家困惑的样子,我也很揪心.
Fractional occupancy的出现,可能都是那帮搞晶体结构的人为了精修XRD结果给出来的.作为DFT或者ab计算的模型可能要另外建模型,不能过分纠缠Fractional occupancy.
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7楼2009-12-06 10:35:39
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zhxd1028

禁虫 (小有名气)
★ ★
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zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢，欢迎常来交流讨论 12-11 00:16
本帖内容被屏蔽
8楼2009-12-06 16:22:56
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tanloer

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
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zdhlover(金币+2,VIP+0):谢谢，欢迎常来交流讨论 12-11 00:16
分数占据是不适合在CASTEP里进行计算了。
我认为你最好能再查阅其它资料，有的人将这个晶胞进一步扩大，并适当地调整原子坐标，就可以将它转变为1占据的模型了。
我也发现，即使这样，在对改进为1的模型进行弹性计算时，会得到不可靠的结果（有负值），评阅人认为我选择的模型可能存在问题。但其它性质都可以很好地计算。
这确实是个难题！！
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9楼2009-12-10 19:17:11
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