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【原创】将POSCAR转化为cif文件的一个脚本
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下午看到论坛里有人发布了处理VASP计算结果的程序。我觉得非常好。这里也分享自己写的一个将POSCAR转成cif文件的脚本。 功能：将VASP计算的CONTCAR和POSCAR转成cif文件。后者可以直接用MS软件打开，查看计算构型。 使用方法： 1. 下载附件中的getcif.pl文件，复制到vtstscripts目录下。并确保该目录在环境变量$PATH中。vtstscripts下载见 http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/ 2. 将脚本文件变成可执行文件。 chmod +x getcif.pl 3. 在VASP工作目录下运行脚本。运行结果会显示凭屏幕上，同时保存在out.cif文件中。 注意事项： 1. 脚本运行需要读取CONTCAR（或POSCAR)和POTCAR文件。其中默认文件名为CONTCAR和POTCAR，即直接输入命令getcif.pl会将CONTCAR中的结构信息转成cif文件。 2. 脚本也支持任意文件名的POSCAR和POTCAR格式的文件。这时需要输入getcif.pl poscarfile（POTCAR文件名仍为默认POTCAR），或getcif.pl poscarfile potcarfile。 查看构型方法： 正确运行脚本后，运行结果会显示在屏幕上， 同时保存在out.cif文件中。这时有两个方法可以在MS中查看构型。 方法一、将out.cif文件导出，用MS软件直接打开即可查看构型。 方法二、在MS软件中新建一个文本文件File->New- > Text，复制屏幕上的输出结果到text文件中，保存后关闭，然后重命名该文件（右击- > Rename)，将后缀名改为cif。这时会弹出一个对话框，询问要不要改后缀名。点击Yes后再打开，即可看到构型。 由于本人的计算需要登陆Linux计算集群，而处理计算结果则是在自己的电脑上（XP系统），因此，用方法二更加方便。大家可以根据自己的实际情况，选择适合自己的方法。 纳米盘下载地址：http://www.namipan.com/d/getcif. ... b5713bca4e7ff040000 |
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63楼2012-03-20 18:14:01
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楼主您好，我用这个脚本的时候cif文件如下，而且文件里面有3个Ru原子5个Ti原子 可是画出来的时候一个Ru原子都不到，才4个半Ti原子，这是什么原因啊，谢谢楼主了 data_ _audit_creation_method '' _cell_length_a 9.133012 _cell_length_b 9.137789 _cell_length_c 2.956466 _cell_angle_alpha 04f _cell_angle_beta 04f _cell_angle_gamma 90.1432 _symmetry_space_group_name_H-M 'T' loop_ _atom_site_type_symbol _atom_site_label _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z Ru Ru1 0.99913206 0.99875538 0.00000000 Ru Ru2 0.50087199 0.99789609 0.00000000 Ti Ti3 0.99951562 0.49975840 0.00000000 Ti Ti4 0.50039827 0.49935414 0.00000000 Ti Ti5 0.25005986 0.25085539 0.50000000 Ti Ti6 0.74910612 0.25210738 0.50000000 Ti Ti7 0.25123029 0.74673128 0.50000000 Ru Ru8 0.74958212 0.75369240 0.50000000 O O9 0.15311175 0.15010728 0.00000000 O O10 0.65296447 0.15067917 0.00000000 O O11 0.15071644 0.65355289 0.00000000 O O12 0.65031297 0.65184775 0.00000000 O O13 0.34861865 0.34618626 0.00000000 O O14 0.84816981 0.34662881 0.00000000 O O15 0.34676834 0.84858494 0.00000000 O O16 0.84939036 0.85207091 0.00000000 O O17 0.40184293 0.09792913 0.50000000 O O18 0.89972743 0.09880821 0.50000000 O O19 0.40351866 0.59838990 0.50000000 O O20 0.90137635 0.59871264 0.50000000 O O21 0.09725429 0.40265886 0.50000000 O O22 0.59814475 0.40343705 0.50000000 O O23 0.09903584 0.90013811 0.50000000 O O24 0.59915024 0.90111653 0.50000000 |
64楼2012-03-20 18:26:05
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dfy5057楼
2011-12-17 10:50
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