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vegetking

铁杆木虫 (正式写手)

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专业: 蔬菜学与瓜果学

[交流] 新手请教如何对不同物种中某一酶的氨基酸序列进行比对再设计简并引物啊？

我想克隆一个酶的基因，在其它物种中有。通过看相关文献，基本思路是，先分析找到该酶在不同物种中的氨基酸保守序列，再根据其设计简并引物，扩增出基因的保守序列，再通过3'、5'RACE扩增出其全长。好象也就是所谓的同源克隆吧。但是如何对该酶在不同物种中进行氨基酸比对，从而筛选出在不同物种中具有高度保守的氨基酸序列呢？
我刚接触分子，不怎么懂。问实验室的师兄师姐们，不知道是觉得太简单呢，还是也不懂，反正也说不出个所以然。
在此请教各位高手了！请不要见笑啊！
再次感谢！

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新十八子

1楼2009-11-23 21:27:00

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vegetking

铁杆木虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by qingfengwu at 2009-11-26 00:37:
使用vector NTI软件，把不同源性的蛋白质序列输入，对这些序列进行align，就可以找出这些保守的氨基酸序列，有可能有多个。
我不赞同你说的只是克隆一部分保守序列，这样的序列没有什么功能，我认为你应该选择一 ...

谢谢您了！
不是太明白您说的。我看了一些相关文献，比如说要克隆我所研究的物种中多酚氧化酶基因，好象多是分析保守氨基酸序列，据此设计简并引物，PCR出cDNA中间片段，再根据此片段进行3‘、5’RACE进行PCR得到全长。这样可以么？
但是我不知道怎么分析得到不同物种中的保守氨基酸序列，做过几个物种的比对，用GENEFISHER和DNAman,但是没有成功，要么没有保守序列，要么没有得到引物。难道选择进行保守分析的物种有什么要求么？