| 查看: 1147 | 回复: 3 | |||
z6242948木虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】mm_pbsa计算 已有2人参与
|
|
现在在做mm_pbsa计算，提取snapshot时用的是“单一轨迹”方法，一开始提取的是1001-2000之间的100幅，采用一套参数计算完毕，后修改参数计算同样的snapshot时出错，更改snapshot的提取范围为1000-1999同样提取100幅，这倒好，不论用修改后还是修改前参数计算均出错，切出错信息均如下： ======== Setting up Grid Parameters ======== Using bounding box for grid setup Bounding Box Center: 41.500 31.000 44.000 Xmin, Xmax, Xmax-Xmin: 34.847 48.429 13.582 Ymin, Ymax, Ymax-Ymin: 24.429 37.517 13.088 Zmin, Zmax, Zmax-Zmin: 41.477 46.439 4.962 beginning box center at level 1 41.500 31.000 44.000 beginning box center at level 2 41.500 31.000 44.000 Grid dimension at level 1 9 9 3 Grid origin corrected at level 1 21.500 11.000 36.000 Grid dimension at level 2 41 41 25 Grid origin corrected at level 2 31.000 20.500 37.500 PB Bomb in setgrd(): focusing grid too large 2 reset fillratio to a larger number 2.000 差别就是出在不同的配体snapshot上，我就纳闷了：复合物的能计算，为啥配体的不能？大家有碰到这种情况吗？怎么解决？万分谢谢！ [ Last edited by zdhlover on 2009-11-13 at 19:14 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗
已经有7人回复
-
国自然面上和省基金B类撒花
已经有18人回复
-
有没有学校收留
已经有3人回复
-
312求调剂
已经有3人回复
-
华师大读博
已经有5人回复
-
急需审稿人！！！
已经有3人回复
-
申博/考博
已经有8人回复
-
295分求调剂
已经有6人回复
-
085600材料与化工调剂
已经有6人回复
-
有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- dmol dynamic计算后构型的单点能计算不收敛
已经有4人回复
- “计算材料学”的虫子们，外行求助！先谢过！
已经有8人回复
- 相对定量荧光PCR结果分析中的SD如何计算？
已经有7人回复
- 管道流速如何计算
已经有11人回复
- 理想拉伸强度计算
已经有10人回复
- vasp计算态密度结果出问题
已经有11人回复
- 求助 为什么计算了这么多次还是和文献相差挺大的，帮忙看下。
已经有7人回复
- 求助：大气硫干湿沉降量计算
已经有10人回复
- [资源]免费提供科学计算资源
已经有29人回复
- 关于熵变的计算，有人知道怎么计算大的体系的熵变吗？比如将近一千个残基的体系？
已经有11人回复
- 【求助】充放电计算比电容
已经有8人回复
wuhanhgf2002
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 323.8
- 帖子: 435
- 在线: 43.1小时
- 虫号: 121302
- 注册: 2005-12-03
- 性别: GG
- 专业: 有机合成
2楼2009-09-28 15:44:05
3楼2010-07-02 18:14:20
Eroica3139
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 245.4
- 散金: 35
- 帖子: 59
- 在线: 28.8小时
- 虫号: 711255
- 注册: 2009-02-28
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2010-07-26 14:12:37
5