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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 个人文集 » 【停止更新】GaussianFAQ实践版（V27.01）【我将在近期对这个帖子进行大修】
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

[资源] 【停止更新】GaussianFAQ实践版（V27.01）【我将在近期对这个帖子进行大修】

GaussianFAQ（不断更新中）
新问题可以到http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1734563跟帖

GaussianFAQ改进历程
2009.09.25 V 0.01 GaussianFAQ(Beta版)诞生
2009.09.30 V 1.00 为这个FAQ增加了插图11张，GaussianFAQ第一版正式发布
2009.10.02 V 1.10 修改了第一章第四节的回答
2009.10.04 V 2.00 增加了第二章第七、八、九节三个问题及其答案
2009.10.06 V 2.10 修改了第一章第三节的回答
2009.10.07 V 3.00 增加了第二章第十、十一节两个问题及其答案
2009.10.07 V 4.00 更换了第一章第一节这个问题的答案
2009.10.08 V 4.10 修改了第二章第九节的回答
2009.10.08 V 5.00 增加了第二章第十二节这个问题及其答案
2009.10.10 V 6.00 增加了第一章第五节这个问题及其答案
2009.10.14 V 6.01 改了几个错别字
2009.10.15 V 6.02 又改了几个错别字
2009.10.18 V 7.00 增加第一章第六节这个问题及其答案
2009.10.19 V 8.00 增加第一章第七节这个问题及其答案
2009.10.20 V 9.00 增加第二章第十三节这个问题及其答案
2009.11.27 V 9.10 修改第一章第四节的答案
2009.12.08 V10.00 增加了第二章第十四、十五节两个问题及其答案
2009.12.09 V11.00 增加了第四章第六节这个问题及其答案
2009.12.12 V12.00 增加了第四章第七节这个问题及其答案
2009.12.15 V13.00 增加了第四章第八节这个问题及其答案
2009.12.15 V13.10 修改第一章第二节的答案
2009.12.21 V13.20 修改第一章第四节的答案
2009.12.28 V14.00 增加了第一章第八节这个问题及其答案
2009.12.31 V14.10 修改了第四章第三节的答案
2010.01.05 V14.20 修改了第一章第四节的答案
2010.01.06 V14.21 修改了第一章第四节的答案中的一个bug
2010.01.07 V15.00 增加了第四章第九节这个问题及其答案
2010.01.08 V15.01 将原第一章第七节调整为第二章第十六节
2010.01.09 V16.00 更换了第二章第七节的答案
2010.01.11 V17.00 增加了第二章第十七节这个问题及其答案
2010.01.11 V18.00 更换了第一章第五节的答案
2010.01.12 V18.10 修改了第二章第九节的答案
2010.01.13 V19.00 增加了第二章第十八节这个问题及其答案
2010.01.13 V19.10 修改了第二章第十七节的答案
2010.01.13 V20.00 增加了第二章第十九节这个问题及答案
2010.01.14 V21.00 增加了第二章第二十节这个问题及答案
2010.01.20 V21.01 修改了第四章第九节的一个bug
2010.01.22 V21.10 修改了第四章第九节的答案
2010.01.27 V22.00 增加了第四章第十节这个问题及答案
2010.02.18 V23.00 增加了第二章第二十一节这个问题及答案
2010.02.19 V24.00 增加了第二章第二十二节这个问题及答案
2010.02.19 V25.00 增加了了目录
2010.04.02 V26.00 增加了第三章第五节这个问题及答案
2010.04.06 V26.10 修改了第四章第九节的答案
2010.05.26 V26.11 略微修改了第四章第九节的答案
2010.05.27 V26.12 略微修改了第一章第四节的答案
2010.07.25 V27.00 增加了第二章第二十三节这个问题及答案
2010.08.21 V27.01 略微修改了第二章第二十三节的答案
请大家继续提意见

版本号升级说明：
GaussianFAQ的版本号采用x.xx的方式
彻底更换某个问题的答案，或者增加新问题及其解答，大版本号加1
修改对某个问题的回答，小版本号加1
改点儿bug，小小版本号加1

该帖子主要讨论Gaussian操作问题。一些比较简单的理论，大家也可以问。但是比较正规的理论FAQ，还请移步到http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1728354


目录


第一章：Gaussian初识：
（1.1）
版本一：高斯是不是免费的啊？
版本二：高斯哪里能下载啊？
版本三：高斯卖多少钱？
版本四：听说使用高斯涉及到版权问题，能不能具体说说呢？
（1.2）
我现在想学高斯，不知道大侠有没有什么高见啊？我该看什么书啊？
（1.3）
和高斯接口的免费可视化软件都有哪些？
（1.4）
难道非要用Linux算高斯吗？Windows算高斯的缺陷是什么？
后续问题：听说Linux很难的。我是电脑小白，在Windows上都不太懂，只会最基本的操作，看看电影听听歌而已。连Windows系统都是别人替我装的。Linux我能学会吗？
后续问题：为什么Linux那么难看？看见一行一行的命令，就一点研究它的兴趣也没有了。听说Linux也是有桌面的，为什么师兄师姐们从来不用Linux的桌面呢？你们所说的那个SSH又是个什么软件啊？头大ing……
（1.5）
Gaussian如何在Linux下安装？
（1.6）
Gaussian如何实现批处理？
（1.7）
怎么安装Linux？


第二章：Gaussian使用：
（2.1）
版本一：高斯能不能做XXXXXXX方面的计算啊？
版本二：高斯的主要功能是什么？
（2.2）
请问2070是什么错误啊？
后续问题：什么是log/out文件的错误提示啊，在哪儿看啊？
（2.3）
scf不收敛怎么办？几何优化不收敛怎么办？
（2.4）
Gaussian并行效率如何？
（2.5）
什么是自旋多重度？怎么设置？
后续问题：怎么判断单电子数啊？还有那个2|S|+1是怎么回事儿啊？S是什么东西？怎么算S啊？
（2.6）
什么是基组啊？什么是混合基组啊？怎么个写法啊？
后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。什么是你们所谓的Gauss基函啊？基组大小你们又是怎么知道的呢？
后续问题：请问6-311++g(3d2f,2pd)中各项的含义是什么啊？
（2.7）
怎么选择泛函，怎么选择基组？
（2.8）
NBO是什么？怎么用啊？
（2.9）
消除虚频的方法和经验？
（2.10）
L9999错误是什么？如何解决？
L502错误是什么？如何解决？
这简直是初学者遇到的最频繁的两种错误了
（2.11）
writwa错误是什么？如何解决？
（2.12）
优化震荡怎么解决？
（2.13）
chk文件转化成fchk文件时默认内存不足，或者从fchk文件生成cube文件时默认内存不足，怎么办？
（2.14）
溶剂化计算时如果溶剂不是高斯默认的话怎么处理？
（2.15）
对一个有很高对称性的分子，计算中出现"Inaccurate quadrature in CalDSu."错误应该怎么处理？
（2.16）
什么是BSSE校正？为什么要做BSSE校正？怎么做BSSE校正？
（2.17）
一些特殊的DFT在Gaussian03中如何输入？
（2.18）
我们在用gauss寻找过渡态之前应该准备什么？
（2.19）
为什么使用QST3的时候必须优化反应物和产物？
（2.20）
什么是极化连续介质模型（PCM）？
（2.21）
物化中学过反应的ΔG大于40千焦的话就认为不反应。但有时候可以发生的反应，过渡态的能量和反应物的能量算出来会差几十千卡（>40kj/mol），请问应该怎么理解？
（2.22）
什么是电子密度？什么是电子密度差？它们的物理含义是什么？如何得到？
（2.23）
各种方法的红外校正因子分别是多少？


第三章：GaussView使用：
（3.1）
用高斯进行几何优化后，在GaussView中发现断了根键（或者成键方式变化了），这是什么原因啊？
（3.2）
想固定某部分原子（键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。。。。）怎么做？
（3.3）
GaussView怎么打不开输出文件？
后续问题：我明明放在桌面上了啊，怎么会有中文路径呢？
后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。请问什么是路径啊？
（3.4）
原子可以改变编号吗？怎么改？
（3.5）
Gaussview能画离子吗？怎么画？


第四章：其它问题
（4.1）
要查某个杂志属于哪个数据库，怎么查呢？
后续问题：不能下载啊，听说是权限问题，怎么解决呢？
（4.2）
刚刚接触量化，大侠能不能给点学习建议？
后续问题：我数学没学好，怎么办？
（4.3）
一看见量化书里那些公式就头大，没兴趣学下去了。我该怎么办？
后续问题：我以前是做实验的，理论化学的东西太难了，没信心了，帮帮我吧
后续问题：我不想学理论，我只想学学软件操作，行吗？
（4.4）
高斯说明书实在看不下去，我可怎么办呢？
（4.5）
高斯自带的例子我不会运行，运行完了也看不懂，导师和师兄师姐讨论的问题，完全听不懂，这咋办？
（4.6）
怎么问问题，才会得到高人的回答
（4.7）
如何获得高斯中没有的基组？
（4.8）
为什么要啃高斯说明书？
（4.9）
理论化学和计算物理应该投什么杂志？
（4.10）
关于发文章的等级问题
高斯交流qq群
81446504
37828513
1975969
76278525（过渡金属的理论计算QQ群）
103266114（过渡金属的理论计算QQ群，高级群）
41229780
70643240
65332627
59758457
5650742
16234620
93066109
75685707（这个群据说只加西北区域的）
91917055
1975969
93066109
107866217
　　《你算是合格的菜鸟吗？》

　　注：谨以以下文字送给所有认为自己是菜鸟的朋友们。如果你想让自己懂点什么，请耐心看完全文，这些文字至少要花你一刻钟的时间去阅读和体会。如果你没有一刻钟的连续时间，还是不要看了吧。

　　我是一个高斯交流群的群主，同时也是N个高斯交流群的管理员。干的久了，就会有一些感慨——各位扪心自问，你算是合格的菜鸟吗？
　　虽然从技术角度上讲其实很空洞，但我敢说，从思想上讲，是很值得学习的。发这个帖子的原因，是因为看到很多群友已经越来越“懂得学习”了，他们会大声呼喊“我的gjf为什么不能运行？”，他们会高声喊道“2070是什么错误？”，(2009年8月8日补充一句话：如果再次见到有人问“2070是什么错误？”，直接T出群，杀无赦！)然后过几分钟还问“我的问题怎么没人回答啊”……这些事情让人很难受，这些事很悲哀。

　　这里把以前发现的两种“经典”的例子让大家看看：
　　1，“请问谁能提供Gaussian03的下载网址？”
　　你太懒了！要知道没有人会记得某个软件的下载网址，在遇到你的帖子时给你回复。在别人心目中，你是个连搜索引擎都懒的使用的人，完全只会依靠别人给你服务。你抱着一种“我是菜鸟我怕谁，我想问谁就问谁”的心理。你能说别人不愿意帮助你吗？不能，是你无药可救。也许你懂的很少，但你能找到可学习的东西，你能找到学习的地方。因为搜索引擎提供的功能是强大的。
　　2，“[求助]如何计算NBO？一步一步讲，我很菜的。”
　　首先你的态度就有问题，一点也不积极主动。自己不善于动脑筋。如果你从没用过 NBO，那么我告诉你，写输入文件---打开Gaussian03---计算NBO---分析输出文件。可你要“一步一步讲”，试问，难道还要别人告诉你如何打开GV画分子，如何敲入NBO的各个选项，甚至如何双击鼠标吗？你缺乏的是一种善于思考的精神，你不自信，你懒，你的头脑很僵硬。
　　针对以上两种人，我想说的是，你们所面临的问题不是如何成为一名高手，而是如何先成为一名菜鸟。

　　不知道大家有没有发现，群里各种技术层次的用户都有，越来越多的“菜鸟”都来凑热闹了。对那些一点技术基础都没有，但态度端正的用户，我们很乐意帮助你们，我们会用自己的努力让你的问题得到解决，但我们不会直接给你个答案（以前是，但以后不会了），你需要的是掌握这一类问题的解决方法，并从解决一个实际问题中领悟一些以前不知道的东西。我们会尽力让你们找到一条适合自己的路，一种适合自己的学习方法。你们有机会成为菜鸟，并在成长中学到更多东西。

　　首先要学习的就是一本高斯入门书。我发现了，很多人连高斯入门书都没看过就要用高斯计算自己的体系。这里我个人推荐郭勇的《高斯使用指南》，很简单的一本书，完全就是为那些一点高斯基础都没有的人准备的。其实，如果你的英文还行（过了6级的人肯定没问题），那就看看高斯公司自己出版的高斯教材《Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods》，也是为那些完全没有一点高斯基础的人准备的。
　　此外，一定要学学群论。我个人推荐科顿的《群论在化学中的应用》一书，完全就是为那些一点群论基础都没有的人准备的。当然，你很可能要补一点数学知识，主要是线性代数。原书是英文版，但是超星上有中译本。其实，如果你的英语已经过了6级，直接看英文版，问题也不是太大（这时，你遇到的主要问题是专业术语问题而已，查查就懂了）
　　量子化学的入门书一定要读一本。徐光宪的《量子化学 : 基本原理和从头计算法》就是极好的。
　　高斯公司出版的《高斯说明书》才是用高斯软件的终极教程——试想，谁又能比高斯软件开发公司更了解高斯软件本身呢？读完了郭勇的《高斯使用指南》，再读《高斯说明书》。
　　以上所有的资料都能免费下载，只要你有谷歌！而对于那些连搜索引擎都懒的用的人，很可惜，你们连成为菜鸟的机会都没有。技术是要不断向上发展的，高斯交流群不是养老院，那些不求上进不思进取的人只会拖后腿，技术会放弃你们。

　　上了这么长时间的小木虫，混了这么长时间的高斯，你知道什么叫“菜鸟”吗？什么样的人是菜鸟？问过自己这个问题吗？
　　要有点基础的技术根基。当你连什么叫“P21/c”什么是“NtrExtl”都不知道的时候，没有人可以帮你解决一个需要通过对称性、硬盘控制或内存定义来解决的问题，因为，就算别人回答了你的问题，你能看懂吗？所以说，那些最基本的东西你是没有资格来问别人的，你只有自学。从那里学？从书上学。书从哪儿来？从搜索引擎来。连搜索引擎都懒得用的人，没资格当菜鸟。
　　要有端正的学习态度。你不懂一个问题很正常，但你必须先问问自己是否努力去寻找答案了。那些高手的知识从那里来的？别人给灌进去的吗？一味只想依靠别人的人，没资格当菜鸟。
　　其实，菜鸟就是那些懂得如何学习，善于总结，技术在不断成长的初学者。

　　你不懂一个问题没关系，怕的是你连去学习这个问题的脑筋都不想动，这样的话你就没救了。请记住，任何人都有权力对那些无聊的/无用的/无知的问题说不！
　　群主,管理员都很辛苦，也是有自己的事要干的，群员们没有义务来必须回答你的问题！！QQ群是一个交流的平台，不是一个旧货市场。
　　在这里，我想告诉大家，任何时候，当你打算让别人帮助你时，先问自己两个问题：
　　1、70%的答案都可以从高斯说明书里寻找到，我找了吗？
　　2、在高斯说明书里没找到，我去搜索引擎找了吗？听说那里可以找到90%的答案。

　　如果你真的已经按照自己的思考结果去做了而没有找到答案，再考虑寻求帮助。现在假设你自己努力了，而实在没有找到答案，那么提问前，
　　再问自己两个问题：
　　1、我有那些问题需要帮助？
　　2、我把这些问题描述清楚，并给出足够判断原因的信息了吗？
　　在提问时，你要注意什么？要注意的很多：
　　[1]不要出现错别字。
　　[2]使用合理的标点符号。
　　[3]合理的组织自己的语言。不要每写一句话就发送一句话，这样很凌乱。
　　[4]预先向可能回答你的问题、看了你的问题，以及考虑你问题的人道谢。
　　[5]问题解决后给出补充说明，并在可能的情况下对其总结。
　　[6]给出详细的信息（输入文件、错误信息、操作系统、症状、前兆、已经进行过的补救措施……）

　　有人说我的这些文字可能会让一些朋友愤愤不平，我当然知道，但无所谓。如果你是我说的那几种人，我照样看不起你，你连当菜鸟的资格都不够，一辈子生活在量化科研界的最低层。但是我不能随便就骂你们，我所能做的，只是不理你，最多把你T出群，让这个世界清静一些而已。
　　如果你已经仔细的看完了上面的文字，请给自己一点时间好好思考一下，我现在的水平是什么样的，我是一个合格的菜鸟吗，我有资格当菜鸟吗？

又及：
在我发了这个帖子之后，有位虫友给出了不同看法。原文如下：
　　其实这有一个时间的问题。
　　如果有一位好的老师，你的问题非常菜的话，他可以在几分钟之内帮你解决掉，但是如果等你慢慢找资料，再慢慢读和试，也许几天就过去了，哪一个效率更高呢？  

我觉得这是许多虫友和群友的认识误区，因此我给出的回信如下：
　　我个人认为你这样说是不对的，直接问别人，做的确实快，但是这样学不到东西
　　这里面其实有一个学习态度的问题。我在QQ群做群主/管理员的时候，有人问一个非常无知的问题（例如，他说自己的opt错误）我可以在3秒之内将gdiis或者qc或者calcfc等等各种适当的选项加到他的#号命令行中去。然后他很高兴的把我给他的新命令行敲进去，运行，opt正常结束，皆大欢喜！但是他什么都没学到。这根本不是这位朋友在做课题，实际上是我在做他的课题，至于我为什么加上gdiis，他还是不懂。人都有惰性，我发现如果我这样直接告诉他，很多人就根本不思考了。（这是我领着师弟师妹入门Gaussian的时候发现的一个严重问题。刚刚发现这个问题的时候，我极其惊讶！）这样，他们就一辈子生活在量化科研界的最底层。如果我做了这位朋友所说的那种“几分钟内就替你解决了问题的好老师”，我不知道这样做算不算“不负责任的老师/师兄/群主/管理员/斑竹”。至少，当初我的小导师/师兄教我高斯入门的时候，就根本不告诉我具体操作，而是遇到问题给我资料和指点，让我自己好好啃书。于是，我个人感觉到：每遇到一个问题，我都有一次成长。
　　反过来，我如果告诉这位“opt错误”的朋友，让他去《高斯说明书》好好读一下关于opt关键字和scf关键字的解释，尤其是gdiis\calcfc\calcall\qc\xqc……等这些参数的解释，再假设说他听了我的话，花半天时间认真读了这些解释，他的收获比我直接替他写一个#号命令行要多得多——至少我是这么认为的。
　　自己不动脑筋，完全依赖别人，这种人根本不是做科研的料。也许在初期，这种“只问操作不问原理，只背命令行不深究为什么这样写命令，把自己当成命令执行机”的人，学的貌似快一些，但是，比起那种兢兢业业啃《高斯说明书》的人来，只要一年，他们就不在一个档次了！
　　现在我也想与这位提出不同意见的虫友商榷一下：现在看了我的回信，您还觉得“几分钟内就把问题解决”这种方法很好吗？到底是“啃书”效率高，还是“直接告诉他命令行怎么写”效率高呢？
　　我自己懂得也很少，我的知识欠缺也很严重，而且做课题越多，发现自己不懂得东西也越多。我也会时常向导师、小导师、虫友们和群友们求助。但是我个人的习惯是这样的：“请你不要仅仅告诉我应该怎么做这个具体问题。我想知道，如果我要弄懂这个问题，我应该看高斯说明书中那一部分内容？”如果高斯说明书中的解释我没看懂，我会诚信请教“我发现我的知识储备，在某某方面有欠缺，请您向我推荐一本书或者一些文献，我要弄懂这个问题，谢谢您。”
　　我是个很笨的人。我不太会走捷径。我们这种笨人，只有这种笨办法。那些聪明人的捷径，我们走不了，也不想走。提出异议的这位朋友是专业研究化工的，而我是专业研究量子化学的。也许是我们的立场不同，导致了看法不同。化工是工科，讲求实效，注重问题的解决，实用味道很浓。而量子化学是理科中的理科，是基础学科中的基础学科，所以科研味道很浓。位置不同则立场不同，屁股决定脑袋.

2010年6月29日补充
　　从咱们量化版的实习版主到正式版主，到版务版主，随后又到了主管区长，期间经过了大半年的时间。这么长时间里，我发现一个很有趣的现象：初学者往往喜欢问“哪本书比较好”。这个问题怎么说呢？这有点像一个刚学打篮球的人问“王治郅和科比谁比较厉害”。当然科比更厉害。但如果你是想学打篮球，这两个人都非常非常有资格教你——关键不是在于你选哪个老师，而是在于你自己用多少功夫去学。
　　以前我推荐徐老的《量子化学基本原理和从头计算法》和科顿老先生的《群论在化学中的应用》，但是我现在觉得，你尽量还是听你的导师、任课老师、师兄师姐的推荐。实不相瞒，我的研究生阶段的群论入门“教材”是山东大学步宇翔教授自己做的ppt讲义而已，我的研究生阶段的量子化学入门教材则是山东大学冯大诚老先生写的一个内部讲义，薄薄的百来页而已。再往前推，我的本科阶段读的《物质结构》这门课是我们山东大学的自编教材。（有的学校管这门课叫做《结构化学》，其实是同一门课）这本自编教材的质量是怎样的呢？不怕你们笑话，这是一本用了十年时间才销出去一千多册的超级滞销书。
　　很多人把C语言玩熟练之后，回头痛骂谭浩强老先生。我觉着这是不对的。当年，在我们对编程彻底一窍不通的时候，是谭先生的文字带领我们第一次认识了常量和变量，第一次认识了输入输出语句。可否还记得在我们编了第一个C程序，那一句“Hello World”跃上屏幕时候的新奇和兴奋？
　　有人曾经跟我说，量化入门不如使用福井谦一先生的《图解量子化学》。用徐老的书入门，未必是一件好事。本版专家顾问snoopyzhao先生说：“徐老的书很经典，但是如果用它入门，十个人中有九个要对量化失去兴趣”我觉得是有道理的。
　　不过，就算其他所有的书都可以替换，唯独高斯说明书是无法替换的。郭勇先生的《高斯指南》、吴国是教授的《G98入门》，还有高斯公司的《Exploring》都可以互相替换。但是唯独高斯说明书根本无法被替代。这是我发现的唯一一本无法被替代的书

附：导师是什么？
导师是提供科研经费和实验室的人，是提供课题大体方向的人。具体高斯如何使用，那绝不是导师的职责，那是研究生自己应该主动学习，根本不应该等着别人教的。有些虫友对导师不满的理由有很多，其中一条比较常见的理由是：“导师在XX方面还不如我呢”。可是，如果导师在该方面超越了你，导师还需要你做什么？你研究的既然是这一方面，那么在这一方面，你比导师优秀，那不是应该的吗？全面超越导师，这个不好办，毕竟许多导师有多年的经验，知识范围很广泛，但是单项超越导师，这是必须的。如果在你研究的方面，你比你的导师还差，你这个硕博就是不合格的。导师不是替我们挖井的人。导师在一个井口只需要挖30米，剩下的90米必须由你来挖。或者导师只需要指着某处地面说：“往下挖会出水。”然后交给你一把镐，这120米必须由你自己来挖。研究生绝不仅仅是学习知识的人。研究生更重要的职责，是创造知识。因此，像本科那样，专业知识等着导师来教，绝不可取。这也是我们一直强调独立自主，主动学习的根本原因

本版专家zhangmt先生也发表了自己的看法：
十年前读博士，我也很固执，导师说让我实现某种功能（开发化学软件），我认为从编程的角度想，这个问题应该怎样怎样做，所以阳奉阴违按照自己思路来做，结果做出来的东西交给相关专家使用，明显被质疑。按照老板思路修改，迅即被接受。
导师导师，是指导的，不是手把手教你的——那你不是研究生，只是学生而已。
比如有一个美食家，你炒一份鸡蛋上来，他会找出10种缺点出来，而你心里不屑的想，你还未必比我炒的好呢——而你充其量也就是个厨子。
导师的idea是对整个学科领域的理解，是站在宏观的高度上看问题，判断什么课题可以做，什么课题不可以做，做什么是可行的，有意义的，做什么在现在情况下是不可行的，没有意义的，导师给你指导宏观的方向，给你提供你需要的环境条件，甚至可以指给你实现的思路，但是操作是你自己的事情，需要什么知识就去学什么知识，需要什么资料去找什么资料，需要什么素材就去申请什么素材，如果导师指给你一个死胡同或者不可能完成的任务，那是导师的错，如果怪导师没有教给你怎么操作，那你还叫什么研究生？

2009年9月15日增加一点内容
当有些人显示出“排斥高斯说明书，不愿看高斯说明书”的情绪，有的时候，有些人就会有人把这个帖子拿出来。
这个帖子是今年6月写的。
当我在今年8月做实习版主，9月转正之后，我的思维就有所转变了。我觉得有些时候需要对两种人区别对待。
如果你是真的想学习高斯，想用高斯，那么按照我说的去做，肯定没错
如果你只是用高斯随便算点儿东西，并不准备真的去用它，那就每走一步就问一步呗。反正以后也不会再用到高斯了。


　　物理版和第一性原理版的专家顾问yzcluster先生看了这个帖子之后也发了些感慨（2009年9月16日）：
　　不得不说，小卒版主的帖子中所说的情况是很多人搞科研时容易（甚至是故意）犯的错误，我觉得同时也体现了科研中“学”和“问”的关系，自己如何去学？如果遇到不会的问题又怎么去问？这当中是很有学问的。
　　为什么会出现小卒版主所说的那些令人郁闷的情况？不客气的说，第一个原因就是懒，什么东西都想依靠别人，只想坐享其成，没有一点钻劲。第二个原因就是胆子太小，害怕新的东西和新的挑战，当遇到科研难题时不是迎头赶上，而是能逃就逃，唯恐避之不及，进而不加思索的四处求救。更有甚者连自己的问题究竟是什么都没有搞清楚就来问，天晓得会有什么结果。甚至有的问题，连话都说不囫囵，基本概念理解的是一塌糊涂。看了这种帖子，真是让人哭笑不得。
　　其实，别人告诉你的都对吗？我的看法是“绝对”未必，很多时候，别人告诉你的可能是错的，或者是不完全正确的东西。有很多东西是必须通过自己的学习而逐渐理解，融汇最终达到贯通的，绝对不能依靠别人，这其实是一个“悟”的过程。但是，这些连小学生都懂得道理，又有几个人能做到？
　　小卒版主在他的帖子中说了一些实话，也提出了一些标准。按道理，这些标准应该是最低要求。但是，到了现在，似乎成了高标准严要求了。也不知道是社会进步了，还是倒退了。呵呵

分子模拟论坛BBS的站长cycle先生说过一段话，我至今难忘，转载如下：（2009.09.30）
　　来论坛的朋友可能很多，但是真正愿意分享的朋友可能不到一半，在这不到一半的朋友当中，因为分享后但却因为人气低无人支持而离开的大致也不到一半，真正剩下来的可能只有一小部分。论坛正是为这剩下来的一小部分朋友建立的，希望大家能理解。至于论坛的发展，作为管理者，我们只是出于个人兴趣建立了这个论坛，只要能交到朋友，那就够了，至于人气，我们不care，也绝不会放弃自己的坚持。真诚希望大家能够以开放的心态加入讨论交流。
　　这里的的确确是一个自由讨论的空间，您可以在这里讨论您所遇到的任何分子模拟方面的问题，没有幼稚的问题只有不会提问的人，没有人笑话你，不太懂没有关系，说错了也没有关系，我们论坛一直都在鼓励大家积极参与讨论交流，求学的道路是艰辛的，一起上路才不会感到孤独。相信有不少同学已经在论坛得到过不同程度的帮助，提出的问题得到了满意的答案或者是中肯的建议，希望你们在进步的同时也尽力去帮助后进的同学们，大家一起来发扬这种互助精神，共筑论坛的灵魂。
　　请那些还没有参与过讨论交流的同学们加入我们，不要再做一名看客一名潜水员，除了“领红包”“回帖说谢谢”“下资源”“抱怨论坛积分制度”外，也来谈谈自己的心得，跟大家讨论您所遇到的疑难，帮助解答别的同学的问题，也来做一名无私奉献的学者。
　　请怀着一颗感恩的心!!!
　　很诚恳的说一句，不管您是以何种目的来到分子模拟论坛，请确保您在这里所做的一切都是自愿并且开心的，否则请您不要发贴。论坛不是学校也不是培训机构，管理人员和版主也不是老师，在这里我们每一个人都是平等的，希望您能够为论坛营造良好的学术氛围做出努力和贡献。欢迎大家提意见，抱怨，发表不满，但是请同时也提出您觉得更合适的具体方案，我们很希望听到您的声音。


[ Last edited by yjcmwgk on 2010-8-21 at 14:27 ]

该帖子停止更新
我将在近期对该贴进行大修

[ Last edited by yjcmwgk on 2011-10-12 at 14:45 ]
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1楼2009-09-25 13:36:05
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虚谦

至尊木虫 (正式写手)
今天又看了一遍
再定一下啊
赞一下 回复此楼
39楼2009-10-02 11:54:35
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查看全部 569 个回答

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
loovfnd(金币+2):感谢你的整理！
wuli8(金币+5,VIP+0):辛苦了。 10-20 19:37
yjcmwgk: 回帖置顶 2012-07-14 09:44:38

对GaussianFAQ的改进建议，请在http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1734563回帖。

第一章：Gaussian初识：
（1.1）
版本一：高斯是不是免费的啊？
版本二：高斯哪里能下载啊？
版本三：高斯卖多少钱？
版本四：听说使用高斯涉及到版权问题，能不能具体说说呢？
引用回帖:
　　高斯软件是Gaussian公司开发的商业软件，不是免费的。
　　Gaussian公司官方网站： http://www.gaussian.com/
　　Gaussian公司中国代理商：上海源资信息科技有限公司。网址：http://www.tri-ibiotech.com.cn/
　　如需下载试用Gaussian和GaussView，请于互联网上自行搜索。

　　Gaussian09的中国售价：
　　Linux/UNIX版多核心版，单一服务器全新安装，42434人民币，不限制装机器的节点数目
　　Linux/UNIX版多核心版，单一服务器从G03升级，36799人民币，不限制装机器的节点数目
　　分布式计算的PC集群或服务器集群，亦被看做是单一服务器。
　　单核心版计算能力有限，Windows版计算能力更有限，在此不再赘述。感兴趣的读者请参考1.4
　　高斯售价参考网页：http://www.gaussian.com/g_prod/prix.htm

　　试用互联网上下载的高斯软件，进行计算一般是没问题的，但是切勿把计算结果拿出来发表论文。否则，你的通讯作者将受到严厉的惩罚，即终身不得使用高斯公司的软件进行科学研究。一旦被高斯公司的“反侵权部门”查实并通告通讯作者本人，那么这位通讯作者今后即使花钱买，也得不到高斯公司的任何软件。

　　如果没有高斯版权，但又希望在自己的paper里加入使用高斯软件进行计算的部分，那就需要经过Gaussian公司的特别授权。如何得到授权呢？一般来说，需要在paper的合作单位中出现购买过高斯软件的单位，合作作者中出现这一合作单位的作者，并在paper的acknowledgment部分中提到这一拥有高斯软件版权的合作单位的合作作者在计算部分所做工作量，一般来说就默认获得了Gaussian公司对高斯软件的使用授权。当然，这一合作单位和合作作者是不能随便添加的，需要得到相关单位和当事人的许可。

（1.2）
我现在想学高斯，不知道大侠有没有什么高见啊？我该看什么书啊？
引用回帖:
暂时的最佳答案
　　首先要学习的就是一本高斯入门书。这里我个人推荐郭勇的《高斯使用指南》，很简单的一本书，完全就是为那些一点高斯基础都没有的人准备的。【图1】
　　此外，一定要学学群论。我个人推荐科顿的《群论在化学中的应用》一书，完全就是为那些一点群论基础都没有的人准备的。当然，你很可能要补一点数学知识，主要是线性代数。原书是英文版，但是超星上有中译本。【图2】
　　量子化学的入门书一定要读一本。徐光宪的《量子化学 : 基本原理和从头计算法》就是极好的。【图3】
　　高斯公司出版的《高斯说明书》才是用高斯软件的终极教程——试想，谁又能比高斯软件开发公司更了解高斯软件本身呢？读完了郭勇的《高斯使用指南》，再读《高斯说明书》。【图4】如果想多了解一些，请看本FAQ的第四章第八节。
　　以上所有的资料都能免费下载，只要你有谷歌！

（1.3）
和高斯接口的免费可视化软件都有哪些？
引用回帖:
molden, arguslab, molkel, gabedit, vmd, gausssum, gopenmol,Facio, MASK, GsGrid
小卒版主说，这个问题的答案，以后有时间会继续扩充。先做个标记

（1.4）
难道非要用Linux算高斯吗？Windows算高斯的缺陷是什么？
后续问题：听说Linux很难的。我是电脑小白，在Windows上都不太懂，只会最基本的操作，看看电影听听歌而已。连Windows系统都是别人替我装的。Linux我能学会吗？
后续问题：为什么Linux那么难看？看见一行一行的命令，就一点研究它的兴趣也没有了。听说Linux也是有桌面的，为什么师兄师姐们从来不用Linux的桌面呢？你们所说的那个SSH又是个什么软件啊？头大ing……
引用回帖:
Linux做高斯计算比Windows优势大得多。Windows对并行处理、频繁存取、超大文件、海量运算，都是瓶颈，而这些都将是你运行高斯的大障碍。你现在算个水分子、算个甲烷分子，你用Windows觉得还挺不错的，但是你的计算量一旦变大，你将会对“Windows做计算”极为失望。

你可以用mem指定你希望能被高斯调用的最大内存。但是，Windows有自己的一套内存调用规则（高斯毕竟是一个应用软件，Windows则是操作系统。Windows能管着Gaussian）

好了，我形象化的说说这个事儿吧
Gaussian软件（以下简称高斯）说：“我要1G内存！”
Windows操作系统内核（以下简称系统）说：“行！如你所愿”
过了一会儿……
高斯：“你给我的1G内存，我咋觉得这么不对劲儿呢？”
系统：“咋就不对劲儿了？”
高斯：“就50多M的内存空间读写速度正常，另外950M的内存空间读写速度超慢！”
系统骗高斯：“哦，内存条质量不好，凑合着用吧！”
高斯：“NND，主人要做高斯计算，却买这么慢的内存条，我不干活了！我要怠工！”
于是高斯Link died。

真实情况是：Windows对内存使用的控制是非常苛刻的。高斯申请1G的内存，那么Windows也就拿出50M的真正的内存空间给高斯，剩下950M的都是用硬盘空间来“伪装”出来虚拟内存。每当有某软件要求巨大内存的时候，Windows都会用虚拟内存来应付，而软件就以为这是真内存，还用的不亦乐乎。说白了，Windows不是一个设计用来运行“海量数据频繁内存读写”的程序的操作系统，它为了勉强运行这种程序，他就用虚拟内存来欺骗，事实上是硬盘在起到内存的作用，而硬盘的读写速度不到内存的十分之一。这样造成的直接严重后果是：即使电脑资源一样大，在Windows和Linux下运行同样的任务，后者往往比前者快3到20倍。这也是我们一直推荐使用Linux的原因。

我给Windows和Linux分别打个比方：Windows是一辆精致的法拉利，很漂亮、很人性化、操作很简便（其实Windows也有自己的复杂和高明之处，只是你从没使用过它们），但是她终究是一辆小轿车。而Linux是一辆载重数十吨的斯太尔大卡车。搬运大量货物（大量数据的海量计算）还是要靠Linux。运送一个小箱子，法拉利和斯太尔没什么区别，但是如果运送一个集装箱呢？为了能顺利运送集装箱，请学习Linux
如果你既想享受法拉利的精致，也想得到斯太尔的强大工作能力，你就装一个SSH软件吧。【图5】SSH就像你的忠实信使，在Linux和Windows之间传达各种指令。你的师兄师姐会教给你如何用好SSH。
另外，不要总想着使用Linux的GUI。其实Linux有比Windows更绚丽的桌面系统，但是它对你的高斯计算毫无意义，而且会占用更多的服务器资源。把这些资源用在你的高斯计算上，比浪费在运行图形界面上更有意义。DIY是Linux很重要的宗旨之一：合适就选，不合适就不选。这比Windows强制安装“用户一辈子也不会需要的许多功能”强多了。
其实吧，现在作为初学者，你也没必要去管那些面目可憎的命令行，那还是你的师兄师姐的事儿。作为一个新手，你记住，服务器的维护管理自然有你的师兄师姐来完成，你仅仅是使用者，而且是非常初级的使用者——我这样说，并没有一点点轻视你的意思，请勿误解。因此，你所要知道的仅仅是最常用的命令即可：

ssh zzz                                       
进入zzz服务器

exit                                       
离开当前服务器

mkdir                                       
建立文件夹

rmdir                                       
删除空文件夹

rm -fr
删除非空文件夹

ls                                       
列出本文件夹下的所有文件和子文件夹

vi xxx.xxx                               
建立新文件xxx.xxx

top                                       
打开任务管理器

rm xxx.xxx                               
删除文件xxx.xxx

nohup g03 xxx.com xxx.log &               
运行高斯文件xxx.com进行计算

cd xxxx                                       
进入xxxx子文件夹

cd ..                                       
返回上层文件夹

formchk xxx.chk xxx.fchk               
用xxx.chk生成xxx.fchk

scp xxx.xxx nod:/aaa/bbb/xxx.xxx       
将xxx.xxx这个文件复制到nod下的/aaa/bbb/文件夹下

scp -r xxx nod:/aaa/bbb
将xxx这个文件夹复制到nod下的/aaa/bbb/文件夹下

date
查看系统时间和系统日期

date -s 15:12:07
把系统时间改为15:12:07

date -s 101010
把系统日期改为2010年10月10日（这是公历，不是农历）

cubman                                       
使用高斯的cubman命令

cubegen                                       
使用高斯的cubegen命令

sh xxxx.in
运行批处理命令xxxx.in

ps 某个进程的进程号
查看某个进程的状态

adduser 账户名
增加一个账户

passwd 账户名
账户改密码

userdel 账户名
删除某个账户

su 账户名
转换当前账户

du -sh
查询该文件夹大小

env
列出全部环境变量

export 变量名 变量值
增加环境变量

unset 变量名
删除环境变量

chmod -R 770 g03
赋予g03使用/tmp文件夹的权限

vi下的命令

　　　i                                       
　　　进入修改状态

　　　ESC                               
　　　退出修改状态

　　　:wq                               
　　　保存退出

　　　:q!                               
　　　不保存退出

　　　:set nu                               
　　　显示行号

　　　/某个字符串                       
　　　查找某个字符串

top下的命令

　　　先按u再输入高斯用户名再回车       
　　　查看高斯所属的进程

　　　先按u再输入超级用户名再回车       
　　　查看系统所属的进程

　　　先按u再输入空格再回车               
　　　查看全部进程

　　　q                                       
　　　退出任务管理器

　　　先按k再输某个进程对应的pid，然后输入yes               
　　　强制结束某个进程

关于解压

　　　解压FileName.tar
　　　tar xvf FileName.tar

　　　解压FileName.gz
　　　解压1：gunzip FileName.gz
　　　解压2：gzip -d FileName.gz

　　　解压FileName.tar.gz 和 .tgz
　　　tar zxvf FileName.tar.gz

　　　解压FileName.bz2
　　　解压1：bzip2 -d FileName.bz2
　　　解压2：bunzip2 FileName.bz2

　　　解压FileName.tar.bz2
　　　tar jxvf FileName.tar.bz2

　　　解压FileName.bz
　　　解压1：bzip2 -d FileName.bz
　　　解压2：bunzip2 FileName.bz

　　　解压FileName.tar.bz
　　　tar jxvf FileName.tar.bz

　　　解压FileName.Z
　　　uncompress FileName.Z

　　　解压FileName.tar.Z
　　　tar Zxvf FileName.tar.Z

　　　解压FileName.zip
　　　unzip FileName.zip

　　　解压FileName.rar
　　　rar x FileName.rar

多说一句：其实Windows也有这种命令行操作模式【图6】，名叫DOS（不是态密度的缩写，而是Disk operation system的缩写。Microsoft的MS-DOS已经发展到7.1版了，当然你装的WindowsXP SP3自带的MS-DOS不是真正的DOS，是用XP模拟的命令行操作5.1，不过对于初学者学习dos已经足够了。Vista我没用过，我个人从心理上比较排斥它，哪位熟悉Vista的人给个补充，谢谢）有闲时间，在你上网玩游戏听歌聊天之余，如果能学学DOS，对你加深对电脑的了解，很有益处的

（1.5）
Gaussian如何在Linux下安装？（请忘掉您的鼠标！！）
引用回帖:
UNIX Binary Gaussian 09 Installation instructions
1.   Check that you have the correct versions of the OS, and libraries for your machine, as listed in the
     file platform_a02.pdf on the CD. The latest version of this file is always available on our website
     at www.gaussian.com/g09_plat.htm.
2.  Select a group which will own the Gaussian files. Users who will run Gaussian should either
    already be in this group, or should have this added to their list of groups. Consult your system
    administrator if you need help with this process.
3.  Mount the CD. Information about how to do this for various types of computers is given on the
    following page.
    Change to the C shell, and set the g09root and mntpnt environment variables:
4.
           $  /bin/csh
           %  setenv mntpnt "/mnt/cdrom"                  # Set to wherever CD is mounted.
           %  setenv g09root "dir"                        # Set to install location for G09.
           %  cd $g09root
5.  Read the CD, set group ownership, and run the build script:
           %  gunzip -c $mntpnt/tar/*.tgz | tar xvf -
           %  chgrp -R grp g09                            # grp=group from step 1.
           %  cd g09
           %  ./bsd/install
    You are now ready to run. Users will want to add the following to their .login or .profile file:
6.
           # .login commands                                        # .profile commands
           setenv g09root "dir"                                     g09root="dir"
           setenv GAUSS_SCRDIR "sdir"                              GAUSS_SCRDIR="sdir"
           source $g09root/g09/bsd/g09.login                        export g09root GAUSS_SCRDIR
                                                                    . $g09root/g09/bsd/g09.profile
    The dir in the first command is the location of the g09 directory. For example, if the path to this directory is
    /usr/local/g09, then set g09root to /usr/local. The sdir in the second command is a directory to be used by
    default for Gaussian 09 scratch files. There should be plenty of disk space available at this location.
==================以上是官方说明=========================================
个人认为，您一定要忘记鼠标！ 如果你不知道什么是终端，那么，完了，上面的东西，你不用看了！ 你会头疼死的。
而且回来一句，靠！ 什么狗屁linux，安装一个软件如此麻烦！
来一个简单的！
假定， 你的系统已经安装完毕，网络OK！
系统归你使用，不设计其他软件的管理！再强调一次：您一定要忘记鼠标！
假定合法用户名：tom
假定你的$HOME是；/home/tom (不要奇怪，我的系统，没有/home分区，这个玩意，你想怎么写都可以！而在win, 你只有从C开始到Z的选择)
假定，你上传你的软件包到你的$HOME(实际上，你也只能在这里活动，其他的地方只有/tmp你能写东西)， 软件包名字是g09.tar.gz
登录你的系统！
均是终端操作！（天，如果你不知道终端，抱歉，你找别人吧， 或者google, 我实在不清楚，依靠鼠标如何能点出终端？您一定要忘记鼠标！)
使用putty, 采用ssh协议，（不会用, 请google!）
如果你的机器就在手边，那么直接登录！
现在假定你登录OK。
pwd 你应该看到
/home/tom
OK, 做下面的事情
mkdir GaussTemp
mkdir Opt
cp g09.tar.gz Opt
cd Opt
tar zxvf g09.tar.gz
cd g09
./bsd/install (看清楚，不要修改这里的任何东西）
cd
vi ~/.bashrc
==========添加以下的东西======
### Gaussian Configuration   ###
export g09root=/home/tom/Opt/
export GAUSS_SCRDIR=/home/tom/GaussTemp
source $g09root/g09/bsd/g09.login
=====Cut Here================
exit (反正是退出，重新登录！ Linux不需要reboot!)
再次登录系统。
g09
你应该看到一些东西了....
######################
Attetion
######################
1   如果没有作业运算，但是这个GaussTemp里面还有文件，那么 简单，
rm -fr /home/tom/GaussTemp
(你也可以自动处理这个东西，比如使用cron!  如果你读了这句，不知道cron, 那么自己手动吧！ ^_^ )
2    如果是不同版本的g03, 那么替换上面配置文件中的g09为g03
(sed 替换？ 也许  不会就是手动吧  ^_^）
3    如果遭遇Segementation Fault, 其实这是个术语，玩过一点点C的都知道如怎么会事！a  咨询你的OS服务商寻求帮助； b  google自己解决； c  咨询高斯软件服务商解决。
4    遇到内存分配问题， 请检查： a 你使用的系统的内核， （你用的是APE 还是纯64的SMP); b  请勿使用太新的内核。 比如2.6.31-14-generic 就不太适合....
5    以上说法，对32bit 64bit系统通用，但是仅仅是Gnu/Linux, UNIX系统，不知道！
6    对以上的各项说法，如果存在问题，请你自己解决！
7    以上说法， 如果和你的认知有冲突，请邮件cctv.cntv@gmail.com发泄！

（1.6）
Gaussian如何实现批处理？
引用回帖:
如果你有三个文件分别进行计算
这三个文件叫做a.gjf,b.gjf和c.gjf
那么可以进行的批处理方法是：

1)Linux下
写一个文件x.in,内容如下
==文件开始==
nohup g03 a.gjf a.log &
wait
nohup g03 b.gjf b.log &
wait
nohup g03 c.gjf c.log &
==文件结束==
然后提交这个文件，命令为sh x.in &

2)Window下
写一个文件x.bcf,内容如下
==文件开始==
!start=1
a.gjf , a.out
b.gjf , b.out
c.gjf , c.out
==文件结束==
然后用G03运行这个文件

3)Linux和Windows通用
把三个gjf文件写成一个gjf，内容如下
==文件开始==
a.gjf的全部内容（原封不动照抄）
（空行）
--link1--
b.gjf的全部内容（原封不动照抄）
（空行）
--link1--
c.gjf的全部内容（原封不动照抄）
==文件结束==

（1.7）怎么安装Linux？
引用回帖:
使用linux系统，最好不要尝试在上面进行汉化，否则会遇到很多不必要的麻烦。我推荐，安装的时候，采用标准的默认配置，语言国别一律采用美国，时区调整为上海。默认系统语言使用英文，可以减少不必要的麻烦。一个工作平台，不需要中文，尤其是一台服务器.
推荐使用系统 RHEL 4.8 or 5.4， Debian 503，CentOS 4 or 5。 采用完整安装，（熟悉了之后就不必装桌面了）或者你可以采用Scientific Linux， 费米实验室和其他几个牛鼻的研究所作的，和RHEL 100%兼容，但是包含了科学领域可能用到的很多软件包。还是一句话，如果你不明白，就选择全部安装！
分区采用
/    20GiB   ext3
swap   4~8GiB
/home　　剩余空间，　（如果你没有使用经验，建议之使用/home，如果你熟悉，可以更改/home为其他你喜欢的名字
本来安装系统是超级简单的，你非要琢磨如何分区等等不需要考虑的问题，当然就迷糊了。如果你的磁盘是空的，你可以什么都不用处理，直接采用系统默认的分区，如果你的机器磁盘速度够快！8min可以安装完毕！我给一个机器安装RHEL 4.7，全部安装5min


对GaussianFAQ的改进建议，请在http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1734563回帖

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-5-27 at 15:07 ]
赞一下(25人) 回复此楼
2楼2009-09-25 13:36:21
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
loovfnd(金币+3,VIP+0):SCF不收敛的标志什么的说清楚了最好了，呵呵，中秋快乐！ 10-3 15:04
wuli8(金币+10,VIP+0):辛苦了。 10-20 19:37
yjcmwgk: 回帖置顶 2012-07-14 09:44:48

对GaussianFAQ的改进建议，请在http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1734563回帖。
第二章：Gaussian使用：
（2.1）
版本一：高斯能不能做XXXXXXX方面的计算啊？
版本二：高斯的主要功能是什么？
引用回帖:
　　　分子能量和结构
　　　过渡态的能量和结构
　　　化学键以及反应的能量
　　　分子轨道
　　　偶极矩和多极矩
　　　原子电荷和电势
　　　振动频率
　　　红外和拉曼光谱
　　　核磁
　　　极化率和超极化率
　　　热力学性质
　　　反应途径

（2.2）
请问2070是什么错误啊？
后续问题：什么是log/out文件的错误提示啊，在哪儿看啊？
引用回帖:
2070错误
　　　最基本的解释就是，你的系统在安装了g03/g09之后，运行时对内存调用出错.....
　　　解决措施：
　　　　　　1 更换稳定版本的系统， 采用完整的正版系统.
　　　　　　2 使用linux平台，采用稳定版（非最新版）， 如果linux下遇到Segementation Fault,在找别的方法处置， 一般只需一个指令，就可以一劳永逸....
　　　对于一个新手，你不必管什么是2070错误。是什么错误应该看最后终止在哪一步，例如L1就是命令行里有错误，L301通常是自选多重度错误等，而且在结果文件中最后部分会给出错误的原因（就是error termination这一行【图7】），以便联查修改！

（2.3）
scf不收敛怎么办？几何优化不收敛怎么办？
引用回帖:
　　　虽然二者有联系，但实际上是两个相对独立的问题，要分开回答。
　　　这里提供的只是解决方案，所有的方法都用上了还是不收敛得情况也是有的。
　　　首先要分清scf不收敛和几何构型优化不收敛：scf不收敛指的是自洽场叠代不收敛（什么？没听说过什么叫自洽场？那还是回去学习些量化基础知识再开展计算吧！），可以认为是对指定结构的波函数不断优化的过程，是为了找到这个某个指定结构下能量最低的波函数，而几何构型优化是对结构的优化的过程，是为了找到某个指定的组分下能量极小结构（注意，不一定是能量最小结构）。在量子化学计算的几何构型优化中，每一步的几何构型优化都包含的很多次的scf计算。
　　　1、scf不收敛的解决方案。
　　　　　　(1) 可以加大scf的循环次数，默认的循环次数是128次，通过scf=(maxcycle=n)来设置最大循环次数n。建议不要超过512，更多的循换没有必要。
　　　　　　(2) 如果加大循环次数不管用，在分子有对称性的情况下，使用scf=dsymm关键词来强制密度对称，有时可以收敛。另外，此关键词很多时候对"scf is confused”这种错误很管用。
　　　　　　(3) 使用scf=symm关键词，使用的前提同上，有时可以收敛。
　　　　　　(4) 如果(2)(3)两步都不行，可以将对称的分子中的某几个原子的位置微调，使分子丧失对称性。这等效于nosymm关键词，但个人经验，这种方式比nosymm好用的多。
　　　　　　(5) 如果还不行，只能拿出杀手锏了，就是使用qc，但不建议直接使用，而是使用xqc关键词，比如scf=(maxcycle=80,xqc)，意思是如果scf正常计算(dc)在80个循环之内不收敛才进行昂贵的qc计算，因为scf不收敛多数在几个优化的过程中出现，无法判断哪一步优化的时候会出现scf不收敛，所以用xqc比纯粹使用qc要省时的多。
　　　　　　(6) 中级用户可以在输入文件的井号“#”开头那一行井号后面加上字母"p"来输出更多的信息，其中就有自洽场叠代的信息，分析原因可能会对采用什么方法提供指导。
　　　　　　(7) 前面有虫子提到一个有用的方案但没说清楚，我这里补充一下：如果用用小基组计算，scf可以收敛，那么保存好检查点文件，换成大基组的时候从检查点文件中读取初始猜测(使用guess=read关键词)，有时可以算过去。
　　　　　　(8) 如果你计算中使用了含有弥散函数的基组（比如6-31+G*基组中的“+”，Aug-cc-pVTZ基组中的Aug等），可以先去掉弥散函数（比如例子中的两个基组变为6-31G*和cc-pVTZ），这样很容易收敛，需要的话，换成带有弥散函数的基组时，从检查点文件的读初始猜测。原理与(7)类似，有时候管用。
　　　　　　注意：(7)和(8)不适合很大的体系，此时，使用小基组或者不带弥散函数的基组与后来使用的大基组在基组数量上差得太多（如果你本来就遇到了scf收敛问题，而使用这两个方案时，机组数量差距超过512个，多数时候要出问题），反倒容易引起scf不收敛，因为读检查点文件时，对那些多出来的基组的猜测是空的，而直接计算时最起码还有个半经验的计算提供了相对合理的初始猜测。
　　　　　　(9) 上述方法有时可以组合使用，如果经过各种组合处理都不收敛，那么放弃吧，你的分子的电子结构太差了。
　　　2、几何构型优化不收敛的解决方案。引起这个问题的原因比较多，可能也说不全，尽量做到全面。
　　　　　　(1) 如果是很小的分子（10原子以内），初始结构可能离平衡结构比较远，又在输出文件优化的最后一步判断是否收敛的位置（可以通过查找Threshold字段找到，它下面有四个判断项，都是YES才代表优化收敛）看到了“-- Number of steps exceeded,  NStep=xxx”，可以通过加大优化的循环次数来解决问题。使用关键词opt=(maxcycle=n).
　　　　　　(2) 优化到如果四个收敛标准中前两项早就收敛了，而后两项尤其是第三项不收敛，这需要判断原因。如果每一步优化过程中的能量始终在下降，那么可以继续让他算，超过了最大步数停掉了的话把结构拿出来，重新提交就行了。如果能量忽大忽小出现跳跃，说明遇到了比较平坦的势能面，或者优化的算法不好。此时建议按如下顺序处理：
　　　　　　　　　a. 使用opt=maxstep=n来缩小最大步长，即原子移动的距离，n的默认值是30，只能设置整数。
　　　　　　　　　b. 使用关键词opt=gdiis，很多时候可以很快收敛。
　　　　　　　　　c. 使用opt=calcfc关键词，在几何优化的第一步计算力常数，为优化定一个大方向，类似在第一个三岔路口选一条路。
　　　　　　　　　d. 使用opt=calcall关键词，在几何优化计算的每一步都计算力常数，类似于在每一个三岔路口都来选一条路。这个关键词不到万不得已不要使用，非常耗时。
　　　　　　(3) 四个判断标准的后两项早就收敛了，但前两项似乎固定在某个数值上了。遇到这种情况，首先去检查你优化第一步的时候给出的每个轨道得本征值部分，也就是轨道的能量，如果HOMO和LUMO的能量相同或者非常接近，那么你的设置有问题，即自旋多重度不对。如果HOMO-LUMO能量没问题，那么将目前的计算停掉，提出结构，使用opt=gdiis关键词，很多时候管用。
　　　　　　(4) 如果是在几何构型优化的过程中出现因为scf不收敛导致无法优化，可以先用上面scf不收敛的解决方案来处理，如果都不行，可以通过在#后面添加p输出更多信息，如果看到每次scf能量都能收敛到10的-6次方以下然后开始出现能量的跳跃，就是收敛不到10的-8次方（这种情况还比较常见），可以使用scf=(conver=6)来让几何优化继续下去，等优化好了，再将此关键词去掉，我的经验，优化的结构一般不会有太大的差异。如果不到10的-6能量就开始跳越，不适合此方法。
　　　　　　(5) 如果几何优化过程中发现键变得异常短，而且此时几何优化总是不收敛。遇到这种情况，问题出在你的基组使用，肯定是使用了赝势基组却没有读入赝势。由于赝势基组将内层电子和原子核用一个有效核心势来表示，你没有读入赝势就说明没有读入这个有效核心势，那么相当于把原子的内层电子都给除掉了，巨大的核引力把原子之间的距离变得异常短也不足为奇。

比较通俗的解答请看2.10

（2.4）
Gaussian并行效率如何？
引用回帖:
暂时的最佳答案
　　　这个一般要看你的节点数 和 CPU 以及内存
　　　集群测试环境：
　　　操作系统：CentOS4
　　　1个管理节点：2×CPU5410 16G内存 5×300GSAS硬盘做RAID5
　　　8个计算节点：2×CPU5410 16G内存 2×143GSAS硬盘RAID0
　　　以太网络链接：千兆网，TCP/IP协议
　　　G03D01并行版（Linda7.1）
　　　任务说明：主要测试并行SCF，共882个基函数，无对称性。
　　　======================
　　　CPU数  运行时间  效能
　　　  n       xn      e
　　　--------------------
　　　  1       1920 　
　　　  2       1314   1.168  
　　　  4        803   1.157  
　　　  6        611   1.334  
　　　  8        527   1.648  
　　　  10       479   1.992  
　　　  12       455   2.416  
　　　  14       434   2.797  
　　　  16       432   3.355  
　　　======================
　　　效能e是我自己定义的：e=(n*xn-1*1920)/(1920-xn)
　　　其中分子表示用n个CPU并行处理时比单个cpu多付出的cpu时间（计算资源而非实际时间），分母表示用n个CPU并行时节省的实际时间。
　　　效能e体现的是以单个CPU运行的时间为基础，用n个cpu并行运行任务时，每节省1秒钟实际时间所需要付出的CPU时间代价即计算资源。其值越小越好。
e即考虑了实际时间的节省又包括了计算资源的消耗。
　　　从上表可以看出，当使用两个计算节点4个CPU时，e最小，并行效率最好。因此推荐使用4个CPU并行计算单个高斯任务，兼顾速度和效益。

（2.5）
什么是自旋多重度？怎么设置？
后续问题：怎么判断单电子数啊？还有那个2|S|+1是怎么回事儿啊？S是什么东西？怎么算S啊？
引用回帖:
量子化学中用到的自旋多重度是用来区分一组简并的波函数，这些波函数之间只存在自旋角动量的不同。【图8】
自旋多重度定义为2S+1，其中S是自旋角动量，它与体系内的单电子数(N)相关。S=N/2，所以说到底最简单的判断方法：自旋多重度等于单电子数+1。
怎们判断体系单电子数需要计算者对自己研究的体系有着深入的了解，这是开展科研的前提，不是偷懒的理由。
但有一点可以提醒Gaussian初学者，计算体系总电子数时需要加上体系的电荷，这样才不会算错单电子数。
如果实在无法判断到底有几个单电子，那么根据体系的总电子数，算各种可能情况，找那个能量最低的。
体系总电子数为偶数：自旋多重度可能是1,3,5,7....
体系总电子数为奇数：自旋多重度可能是2,4,6,8....
===============
现在介绍自旋多重度=2S+1的由来，没兴趣的略过，有兴趣可以参考。
大学的化学书中提到了决定原子中每个电子唯一性的n, l, m, 和m(s)四个量子数，其中这个m(s)就是自旋量子数，理论研究表明它只有两个值，即：+1/2和-1/2，由于现在绝大多数量化计算都是基于原子轨道线性组合分子轨道的方法，所以此套参数可以扩展到分子体系，只不过换了个说法而已。
如果一个原子轨道或者分子轨道的两个自旋轨道是充满的，因为其他三个量子数都一样，那么两个自旋量子数可以相互抵消，也就是这个轨道对体系的自旋角动量不产生贡献。
如果体系中所有的占据轨道的两个自旋轨道都是充满的，那么整个体系是没有自旋角动量，也就是只有一种自旋状态（没有自旋）。如果体系内有一个占据轨道之占据了一个自旋轨道，而另一个自旋轨道是空的，那么体系的就分成了两个部分，一部分是没有自旋的全部充满的轨道构成，另一部分就是这个单电子产生的+1/2或者-1/2的自旋，所以此时体系的自旋多重度是2，如果体系有两个以上的单电子，根据电子排布规则，这些成单的电子优先占据与其他单电子占据的自旋方向一致的自旋轨道，所以从这个角度来说，这些电子之间的自旋是不能抵消的，而只能累加。这样就导致体系分成了单电子数+1个部分，即全充满的所有轨道是一个部分，而单占据的每个自旋轨道又是一个独自的部分，体系的自旋多重度就是单电子数+1。
由于每个单电子产生|1/2|的自旋，那么根据自旋多重度=单电子数+1，自旋多重度也就等于总自旋2*|N*1/2|+1，而绝对值符号中的部分正是体系总自旋角动量的表达式，即S，这也就是自旋多重度=2S+1的由来。

（2.6）
什么是基组啊？什么是混合基组啊？怎么个写法啊？
后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。什么是你们所谓的Gauss基函啊？基组大小你们又是怎么知道的呢？
后续问题：请问6-311++g(3d2f,2pd)中各项的含义是什么啊？
引用回帖:
     基组是体系轨道的数学描述，对应着体系的波函。将其带入到薛定谔方程中，就可解出体系的本征值（也就是能量）。混合基组就是对不同的原子使用不同的基组！写法如下：
在命令行加入gen Pseudo=Read
========
C H 0
6-311++G**
****
Pt 0
LanL2DZ
****

Pt 0
LanL2DZ
========
     Gaussian中常用的分子轨道是名为高斯轨道的高斯函数的线性组合。基组是体系内轨道的数学描述。大的基组由于对电子在空间上有小的限制而具有更大的精确性。
     基组的大小：最小基组包含了描述轨道的最少的函数数量。例如STO-3G 是最小基组，每一个基本函数中含有三个高斯函数。增大基组的第一个方法就是增加每个原子基函数的数量。分裂基组，比如3-21G 和6-31G，对于价键轨道都用两个函数来进行描述。我个人认为大的基组就是加入限制，对体系的描述多。
     6-311++g(3d2f,2pd)中表示：增加了更多的极化函数，包括三组分裂的价键基组，在重原子和氢原子上加弥散函数，在重原子上加的三组d 函数和两组f 函数，在氢原子上加的两组p 函数和一组d 函数。
     如果你不知道你所选择的基组群的计算规模，你可以加入一个命令%kjob L??? 1，合适的Link下，添加一个kjob命令，来测试你的机组规模。
     解释：%KJob LN [M]指示程序在执行Link N的第M个事件之后停止。例如%KJob L502 2表示执行模块502两次后停止。如果M值省略，默认值为1。
     对于第二周期元素，几个常用基组的基组规模测试结果
                        basis functions          primitive gaussians
sto-3g                       5                          15
3-21g                        9                          25
6-31g*                      15                          28
6-31+g**                    19                          32
6-311++g**                  22                          36
6-311++g(3df)               39                          58
6-311++g(3d2f,2pd)          46                          68
sddall                       8                          16
tzvp                        19                          35
aug-cc-pvdz                 23                          43
aug-cc-pvtz                 46                          73
aug-cc-pvqz                 80                         127
aug-cc-pv5z                127                         209
aug-cc-pv6z                189                         326
具体测试方法见http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1498413&fpage=1

(2.7)
怎么选择泛函，怎么选择基组？
引用回帖:
这不是一句话能说清楚的。
关于这个问题，有篇文章讲得特别好
JPCA 2007, 111, 10439-10452
-----------
以下均为个人经验，搞错了不负责
《什么样的泛函和基组的组合，适合做的事情》
这些都是我自己科研经验和以前读的文献的总结。也没写什么参考文献，就是随便扯扯，这就全凭自己的经验和记忆啦，想到哪儿写到哪儿。这里面肯定有不对的，甚至有荒谬之极的东西，还请大家指正。也希望自己抛砖引玉，其他高手也讲讲自己的经验。

很少见到高手们总结自己的科研经验和阅览的文献。小卒我这个屁股上还没褪干净蛋壳的小菜鸟，只好抛出一块又丑又粗糙的破砖，引引高手们的美玉啦。

以下探讨均不涉及cluster。主要是有机化合物、以及金属离子和有机配体组建成的配合物。其计算也都是基于单个分子的计算。周期体系不在考虑之列——这是一句无奈的词句，因为我的研究方向不在此处，所以我确实没有仔细思考过它们

1分子结构、键长和键角：
对于比较轻的元素，比如CHON之类，b3lyp/6-311++g**就很优秀，如果把基组加到了aug-cc-pv?z的程度，就没什么大的必要了。有人甚至说，Cl以前的元素用6-31g就好，如果有孤对电子加个d就行了，如果带负电荷就加个弥散。

对于一些中等重量的元素，LanL2DZ或者DZVP之类的基组就不错啦，没必要加更高的机组了，加了也是浪费。Fe的LanL2DZ有人换成SDD试过，换了以后得到不同基态结果 ，千万小心使用SDD。第一行过渡金属，如果只有一个，那么6-311+g*的计算量还是可以承受的；两个及两个以上，非赝势很难算。lanl2dz和sdd都是比较好的选择。除非做单点算，否则非要上mp2算就没太大必要了。

再重一些，比如稀土，LanL2DZ就不行了，M. Dolg先生搞出来的那个基组，斯图加特RECP的[5s4p3d]-GTO占了大部分市场份额。而泛函选择上，百分之四十用的是B3LYP，百分之四十用的是B3PW91，百分之五用的是MPn族，百分之五用的是CCSD(T)族，百分之五用的是PBE族，百分之五用的是经过改进的半经验。有时候还要自己选择，是用小核赝势呢，还是大核赝势呢。听说ADF用PBE/DZPZORA处理稀土，效果也不错，但是我没用过。
有金属的时候，据说tpss不错，但是我也没用过，不敢说。

这里我要批一批我偶然见到的一个文献：Int.J.Electrochem.Sci. 2009, 4, 295-307，伊朗的一群人做的工作。他们居然用6-31G*计算稀土元素，这简直是扯淡，大家不要学他。

半经验方法中，处理CHNO之类的元素，AM1和PM3都不错，PM6也很好，他们可以作为我们前期粗略优化的手段。不过要注意AM1处理共轭体系不太好。有人用Sparkle/AM1和Sparkle/PM3处理稀土元素。精度并不是多么好，但是极大地减轻了计算量，可以说还是很有成效的一个工作。不过这里不探讨半经验，仅仅探讨密度泛函，所以不多说了。

一个例子：[Fe(CN)6]3-，我会选择B3lyp/genecp来优化其分子结构，然后用PBE1PBE/genecp来计算其电子结构。genecp对应关系如下（其实，这个混合基组有自己的专门的名字，叫做LACVP+*）
Fe 0
LanL2DZ
****
C N 0
6-31+g*
****

Fe 0
LanL2DZ

分子结构计算结果的优劣可以用有2种方法加以检验，一是与可获得的实验数据进行对照（但不要忘了实验数据本身只是接近事实，而不是准确事实的本身，因为它们仍然是有误差的），二是在优化结构的基础上计算性质，同样的，还是要拿计算结果与更为有限的性质实验测定结果（它们同样有误差）进行对照。这充分体现了人类认识自然规律的有限性——我们总是只能获得相对真理。由于现有的计算理论本身在处理相关能和相对论效应时有很多困难（理论的和实际计算上的），所以，本人的研究都不涉及重金属，而只做轻元素体系，多为生物分子体系，大量的计算实验表明DZP加弥散基组与B3LYP的结合所得的结果可靠，所以一直使用。个人的精力是有限的，无法大量进行方法的尝试与鉴别，所以，只有大量阅读文献来弥补。实际上，就轻元素物质的结构而言，6-31++G**的结果已然非常不错了，但在计算性质时不妨对基组适当选择。如前所述，因为实验有误差，所以有时实验并非一定可靠，更重要的是，有的性质的测定，实验上是不可能进行的（至少目前是如此），因而，计算怎样走在实验的前面，恐怕值得思考。
RI-DFT、RI-MP2方法，能比常规方法快一个数量级，但精度接近。此外还有RI-CCSD、RI-CCSD(T)等，不过用得很少。Gaussian 0x的话可以试试纯GGA+密度拟合，不会比ADF的同类方法差太多。

2氢键

氢键的计算，还是以b3lyp、b97-?、pwb6k、b2plyp、b3p86、pbe1pbe、mpw1k这几族泛函比较好。基组的话，还是aug-cc-pv?z、mg3s好一些。其实劈裂价键基组也不错，但是必须加“大弥散”和“高角动量”，因为氢键还是比较弱一些，氢键对应的波函数必须加大离域程度。

其实氢键还算是一个比较好算的东西。流行的DFT中，除了OLYP和O3LYP之外，基本都有一定精度。氢键的计算，基组的选择影响大一些，大弥散基组是必须的。

虽然dft在研究氢键方面也一直有人在用，但现在大多数的审稿人总是对这种方法持怀疑的态度，因为对扩散相互作用，dft无法预测，而审稿人更为信任的是mp2，而且一般需要大基组来计算，如aug-cc-pvdz,aug-cc-pvtz等，但如果无法完成这些基组，一些低一些的基组来做计算也是可以被接受的，如6-31G++(d,p),6-311G++(d,p)等，但bsse校正是做氢键方面一个必须要做的一部分。如aug-cc-pvdz,aug-cc-pvtz等这些大基组，bsse似乎影响不大，可以不做。

3远程弱作用

远程作用就比较扯淡了。B3交换泛函彻底完蛋。虽然我主要也是B3LYP阵营的人，但是要我在这个领域夸夸B3LYP，我还真不能瞪着眼睛说瞎话。这个领域DFTB和DFTB+曾经试图在这个领域做些贡献，但是成就并不是很大。比较成功的是DFT-D，包括b97-d,b2plyp-d等等这些加上dispersion项的DFT了。
Truhlar的泛函 M05, M05-2X, M06, M06-2X等等可能只适用于某些体系，对于有些体系，照样给出糟糕的结果。LDA居然能出乎意料地给出vdW作用，而其他GGA泛函都不行。这应该是个偶然，可能是正负误差相消的结果。比如，用LDA优化出的石墨层间距和实验值符合得相当好。PBE-D方法总是倾向于高估vdW作用。

远程作用还有别的选择——尽管它会大大增加计算量
一种选择，使用MPn，还是不够准
另一种选择，是把MPn改造成SCF-MPn，计算量忒大
再一种选择，使用CCSD(t)之类的，……呃，还是算了吧，计算量我更受不了。
文献常见的高斯09的方法有：MPW1KCIS，MPW1B95，MPWB1K，jiewei先生推荐基组tzv(2d,2p)/QZV3P。MS的话一般用GGA/PEB。

基组问题：算远程作用必须用极大的基组——这是一句废话，因为你要让两个分子相互作用，那么它们的波函必须能“够到对方”才行。从TZV(d),到TZV(d,p),到TZV(2d,2p),到TZV(2df,2pd),到TZV(3d2f,3p2d),……继续加吧，能加多高，就加多高，算远程弱作用，您永远别吝啬你的资源。当然，我绝不反对你使用DZV族
另一个选择：从6-311++g(d,p)，到6-311++g(2d,p)，到6-311++g(2df,2pd)，到6-311++g(3df,3pd)，到6-311++g(3d2f,2p2d)，……继续加呀加呀加呀加！
再来个选择：从aug-cc-pvtz,到aug-cc-pvdz,到aug-cc-pvqz,……子子孙孙无穷尽也
听说过一族巨型机组，叫ANO基组，当然还有它的一些变体。ANO规模很巨大，算的能量相当精确，但是对于分子性质没有那么好的效果。

4多加一句：关于核磁，给某些人提个醒儿
昨天，有人在qq上问我，他说核磁计算结果与实验值相差太大。我问他你用啥算的？他说是b3lyp/6-31g*。我直接就无语+仆街了。
很多人习惯用6-31g*。这确实是一个很优秀的基组。但是您居然扛着6-31g*跑去算核磁，误差不达到百分之一千才怪。算核磁最小的基组，至少要用6-31++g(d,p)。这已经是最低要求了，不能再低了，建议使用6-311++g(2df,2pd)或更高

(2.8)
NBO是什么？怎么用啊？
引用回帖:
这也不是一句话能说清楚的。
关于这个问题，yjcmwgk写过3个中文教程
一篇基础理论，一篇具体理论，一篇应用
见http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1577069
另有权威的NBO Manual
http://www.ccl.net/cca/software/MS-WIN95-NT/mopac6/nbo.htm

（2.9）
消除虚频的方法和经验？
引用回帖:
首先，搞懂什么是频率
　　中学的时候我们学过简谐振动，对应的回复力是f=-kx,对应的能量曲线，是一个开口向上的二次函数E=(k/2)x^2. 这样的振动，对应的x=0的点是能量极小值点（简单情况下也就是最小值点）。这时的振动频率我们也会求ω=(2π)sqrt(k/m)。显然它是一个正的频率，也就是通常意义下的振动频率。
　　然后，从频率的概念引出虚频的概念。
　　一维情况下，如果能量曲线是一个开口向下的二次曲线呢？首先，从能量上看，这是个不稳定的点，中学的物理书上称为“不稳平衡”。用现在的观点看，就是这个点的一阶导数是零（受力为0），且是能量极大值。如果套用上面的公式，“回复力”f=-k'x（实际上已经不是回复，而是让x越来越远了），这里k'是个负数，ω=2π sqrt(k'/m)显然就是一个虚数了，即所谓的虚频。Gaussian里面给出一个负的频率，就是对应这个虚频的。
　　实际情况下，分子的能量是一个高维的势能面，构型优化的时候，有时得到了极小值点，这样这个点的任意方向上，都可以近似为开口向上的二次函数，这样这里对应的振动频率就都是正的。对于极大值点，在每个方向都是开口向下的二次函数，那么频率就会都是负的——当然一般优化很少会遇到这样的情况。对于频率有正有负的情况，说明找到的点在某些方向上是极大值，有些方向上是极小值。如果要得到稳定的能量最低构型，显然需要通过微调分子的构型，消去所有的虚频。如何微调？要看虚频的振动方向。想象着虚频对应的就是开口向下的二次函数，显然，把分子坐标按照振动的方向移动一点点，分子应该就可以顺着势能面找到新的稳定点，但是也不能太小。而所谓的过渡态，则是连接反应物和产物之间的最低能量路径上的能量极大值。好比山谷中的A，B两点，它们之间的一个小土丘，就是过渡态，从A到B的反应，需要越过的是这个小土丘，而不是两边的高山。这样，过渡态就是在一个方向上是极大值，而在其它方向上都是极小值的点。因此，过渡态只有一个虚频。
　　在进行Gaussian计算时，经常会出现多个虚频个，每个都只有－30~－20左右，但是如果结构改动过大，则一不小心，虚频就会更大。消除虚频的主要方法是改变构型。其次在计算上还可以尝试：nosymm；加大循环次数；提高收敛度；iop(1/8=?)等。通常对于势能面很平，较小的虚频很难消除。为了解决以上的这种现象,按如下的步骤一步步调整：
　　1）. 增加收敛标准
　　　　在优化时采用Scf(tight)的选项，增加收敛的标准。再去计算频率。如果还有虚频，参见下一步
　　2）. 降低对称性
　　　　对称性的影响，很多情况下的虚频是由于分子本身的对称性造成的。这样，在优化时，如果必要，要将对称性降低，还有，输入文件有时是用内坐标。建议如果有虚频的话，将内坐标改成直角坐标优化。但是有时这一方法也并没有多大作用。
　　3）. 坐标中和法
　　　　如果上述方法还有虚频，看一下虚频，找到强度较大的，将在频率中产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中。这样，重新计算，直到虚频没有。比较好的做法是分子结构输入用直角坐标，将这些产生虚频的振动坐标直接与原始坐标相加。加的时候不一定要将坐标直接相加，可以选择权重f=0.1-1.0相加等。
　　4）. 其他方法
　　　　实际上，如果分子柔性较大，很难找到最低点，这是电子结构计算的问题，这种情况下，需要动力学的东西，用构象搜寻的办法解决。如：模拟退火，最陡下降法，淬火法等。将得到的能量最低的构象做一般的电子结构计算，这样，应当没有问题。
　　如果上面几步仍然无法解决问题，则有可能是因为计算还没有得到最稳定的结构，那么或者是分子结构有问题，或者是计算错了，再者就是游离出现在计算的范畴。
　　最后如果是寻找过渡态，如果只有一个虚频，而且该虚频对应某单键旋转震动，那么产生虚频的原因就是初始结构比较接近重叠构象。这时把优化过的结构绕振动方向旋转几十度再重新优化就有可能得到正确的结果。优化中等大小的有机分子（50-100原子）的时候，应该经常碰到这种情况。 当出现两个以上虚频时，可以先看一下振动模式。如果多余的虚频，和想要的振动模式发生在不同原子上，可以先固定过渡态模式所对应的原子，然后做opt到minimal,一般可以把多余的虚频去掉，再放开做全优化。或许会有所收获。

（2.10）
L9999错误是什么？如何解决？
L502错误是什么？如何解决？
这简直是初学者遇到的最频繁的两种错误了
引用回帖:
L9999错误是属于构型优化没有找到最后结果，即在规定的优化步骤内没有找到最终的合适的结构。（L9999错误）。
对于优化不收敛,即L9999错误，实际上是在规定的步数内没有完成优化，即还没有找到极小值点。（或者对于过渡态优化，还没有找到过渡态），可以增加优化步骤，或是拿最后的结构 接着进行优化。
此外这有几种可能性：
1. 看一下能量的收敛的情况，可能正在单调减小，眼看有收敛的趋势，这样的情况下，只要加大循环的步数opt(maxcycle=200)，可能就可以解决问题了。
2. 加大循环步数还不能解决的（循环步数有人说超过200再不收敛，再加也不会有用了，这虽然不一定绝对正确，但200步应该也差不多了），有两种可能。一是查看能量，发现能量在振荡了，且变化已经很小了，这时可能重新算一下，或者构型稍微变一下，继续优化，就可以得到收敛的结果（当然也有麻烦的，看运气和经验了）；二是构型变化太大，和你预计的差别过大，这很可能是你的初始构型太差了，优化不知道到哪里去了，这时最好检查一下初始构型，再从头优化。
3. 对于L9999快达到收敛时,考虑减小优化步长有时对于能量振荡的情况也是有用的，opt(maxstep=1).
一个建议是，对于大体系，难收敛体系，先用小基组，低精度算法优化一下，以得到较好的初始构型，再用高精度的计算接着算。如果前面的方法保留了chk文件，重新计算时需要使用 geom=allcheck 读入构型（就不必麻烦地写构型了）， guess=read（读入初始波函数，可以加快第一步SCF收敛）。

L502错误对应的是SCF不收敛，通常有以下的解决方法：
a. 使用小基组，或低级算法计算，得到scf收敛的波函数，用guess=read读初始波函数。
b. 使用scf=qc，这个计算会慢，而且需要用stable关键字来测试结果是否波函数稳定。如果这个还不收敛，会提示L508错误。
c. 改变键长，一般是缩小一点，有时会有用。
d. 计算相同体系的其他电子态，比如相应的阴离子、阳离子体系或单重态体系，得到的收敛波函数作为初始猜测进行计算。

更专业的回答请参见（2.3）

（2.11）
writwa错误是什么？如何解决？
引用回帖:
要么是内存问题。可以增加内存(%mem=?)。
要么或是硬盘问题，两种情况：
一种情况是，如果你使用的电脑是32位的操作系统，或者你使用的Gaussian软件是32位软件，两者满足其一，那么你的计算最多只能写16GB的硬盘空间，即使你的电脑剩余空间再多，需要的空间超过了16G也要出错，如果是这样的，在命令行尝试使用maxdisk=2000mw关键词，也许会解决问题，如果不行，你只能找64位的版本来做计算了。windows下使用老版本的gaussian作计算时还会出现单个文件2G的限制，这时需要在将这16G拆分成8个左右的磁盘读写文件。在命令行的上面添加
%rwf=name1.rwf,2gb,name2.rwf,2gb,name3.rwf,2gb,.......这里的文件名随便起
另一种情况是你的系统和软件都是64位的，这种情况下如果你没有定义最大硬盘，gaussian就会无限的写下去，直到满足要求为止，这时经常会出现硬盘被写满的情况，也就是你的硬盘没有空间了，此时同样需要定义maxdisk关键词，容量至少要比你的硬盘剩余空间小一些。

（2.12）优化震荡怎么解决？
引用回帖:
1.尝试改变结构。首先略微减小键长，接下来略微增加键长，接下来再对结构作一点改变。

2.关闭DIIS外推(SCF=NoDIIS)或改进的外推（GDIIS）。同时进行更多的迭代( SCF=(MaxCycle=N) )。

3.使用强制的收敛方法。SCF=QC通常最佳，但在极少数情况下SCF=DM 更快。不要忘记给计算额外增加一千个左右的迭代。应当测试这个方法获得的波函，保证它最小，并且正好不是稳定点(使用Stable关键字)。

4.将两个迭代震荡构型相加，重新进行优化：
两个震荡构型
分别是
C x1 y1 z1
N x2 y2 z2
O x3 y3 z3
和
C x1' y1' z1'
N x2' y2' z2'
O x3' y3' z3'
那么你要用的新坐标就是
C (x1+x1')/2 (y1+y1')/2 (z1+z1')/2
N (x2+x2')/2 (y2+y2')/2 (z2+z2')/2
O (x3+x3')/2 (y3+y3')/2 (z3+z3')/2

5.减小积分步长，使用iop(1/8=?)单位是0.01埃。默认是30，你最小可以调整到1，但是要注意，这样很容易严重增大opt循环步数。

（2.13）chk文件转化成fchk文件时默认内存不足，或者从fchk文件生成cube文件时默认内存不足，怎么办？
引用回帖:
解决方法：
（1）在winxp下，依次点击控制面板，系统，高级，环境变量，在上下两个输入框中分别加入一个新的环境变量——变量名GAUSS_MEMDEF，变量值200000000，然后重启电脑
（2）在Linux下，输入命令export GAUSS_MEMDEF=200000000，然后回车
这样就把formchk和cubegen可以使用的内存，从默认值6M增加到了200M
如果你想改到400M，GAUSS_MEMDEF这个环境变量你就改成400000000，以此类推。这个值只认比特，不认K\M\G这些符号

（2.14）溶剂化计算时如果溶剂不是高斯默认的话怎么处理？
引用回帖:
eps=? 溶剂的介电常数。
rsolv=? 溶剂半径，单位是埃。
density=? 溶剂的密度。
具体看高斯说明书中关于scrf关键字的解释
小卒版主说，这个问题的答案，以后有时间会继续扩充。先做个标记

（2.15）对一个有很高对称性的分子，计算中出现"Inaccurate quadrature in CalDSu."错误应该怎么处理？
引用回帖:
这个错误并不是出现在优化的过程中，而是出现在第一次scf迭代时，不是scf不收敛，而是scf出了问题。往往没有什么好办法，只能稍微调整构型来降低了一些对称性（比如Ih转为D5d）才算过去。这个意义上讲，symmetry(pg=?)应该也可行。
guess=indo是一个可行的解决办法，但是只适用于很小的体系。大体系用这个关键词会出现不可克服的scf不收敛，因此他的问题可能出在体系太大，只能用降低对称性来处理。
小卒版主说，这个问题的答案，以后有时间会继续扩充。先做个标记

（2.16）什么是BSSE校正？为什么要做BSSE校正？怎么做BSSE校正？
引用回帖:
　　计算A、B分子间的弱相互作用能，不能简单地通过E(interaction) = E(AB) - E(A) - E(B)来计算，因为E(AB)能量相对于E(A) + E(B)的降低来自两方面，一方面是真实的A、B分子间的相互作用能，这是我们要求的；另一方面来自于A、B分子的基函数在复合物体系中重叠，相当于增大了复合物的基组而使E(AB)能量降低，这个部分贡献如果也掺入E(interaction)，则高估了相互作用能，所以要去掉，它称为Basis Set Superposition Error(BSSE)。所以双分子的相互作用能应该表述为E(interaction) = E(AB) - E(A) - E(B) + E(BSSE)。有时在分子内相互作用能计算时也要考虑BSSE。
　　计算E(BSSE)有多种方法，Gaussian03用的是目前广泛使用的Boys、Bernardi发展的counterpoise correction方法。设E(i)为第i个分子在自身基组下的能量，E(i)'为第i个分子在全部n个分子上的基函数都出现下的能量，则计算n个分子相互作用能中的E(BSSE) = ∑( E(i) - E(i)' )，这里E(BSSE)为正值。注意计算E(i)与E(i)'时的分子几何结构与处在复合物中时的一致。
　　要计算A、B两个分子的相互作用能，在Gaussian03中使用Counterpoise=2关键字，会计算5个体系，输出的能量按照如下顺序：
　　E(AB)：A、B基组下AB复合物的能量
　　E(A,bAB)：A、B基组下A的能量
　　E(B,bAB)：A、B基组下B的能量
　　E(A)：A基组下A的能量
　　E(B)：B基组下B的能量
　　最后会输出corrected energy (E(corrected))和BSSE energy (E(BSSE)). 这里E(corrected)就是消除了因单体基组重叠造成的能量降低后的AB复合物能量，E(corrected) = E(AB) + E(BSSE)。E(BSSE) = (E(A) - E(A,bAB)) + (E(B) - E(B,bAB))。
　　BSSE校正后的真实的相互作用能可以这样计算：E(interaction) = E(corrected) - (E(A) + E(B))。也可以这样计算，是等价的：E(interaction) = E(AB) - E(A,bAB) - E(B,bAB)
　　计算过程中会输出类似这样的语句:"Counterpoise: doing DCBS calculation for fragment 1."这里就是说明接下来计算的是E(A,bAB)（假设A分子为fragment 1），其中DCBS代表dimer centered basis set，说明以A、B分子为中心的基函数都出现，但是计算中并不纳入B的电子和原子核，这称为计算A的能量时添加了B的ghost轨道；如果是"doing MCBS calculation for fragment 1"，就是要计算E(A)，MCBS代表monomer centered basis set，计算中只出现属于A分子的基函数。
　　若计算n个分子，则关键字为counterpoise=n，结果输出顺序与计算相互作用能的方法与双分子的情况是一样的。能量按如下顺序输出：E(AB),E(1)',E(2)'...E(n)',E(1),E(2)...E(n)。E(BSSE) = E(1) - E(1)' + E(2) - E(2)' + ... + E(n) - E(n)'。E(corrected) = E_complex + E(BSSE)。E(interaction) = E(corrected) - ( E(1) + E(2) + ... + E(n) )。计算过程中也用DCBS和MCBS来说明接下来将要计算的是哪项，但此时DCBS中的D的含义就不是具体指Dimer了，而是多分子复合物。

(2.17)一些特殊的DFT在Gaussian03中如何输入？
引用回帖:
我所谓的特殊的指的是G03中不存在的DFT，但是可以通过用户自定义来得到的DFT。Gaussian03可以使用具有下列一般形式的任何模型
P1*[P3*ΔEx(non-local)+P4*Ex(Slater)]+P2*Ex(HF)+P5*ΔEc(non-local)+P6*Ec(local)
P1~P6的值由IOP(3)来指定
一套指定方式，支持四位小数
IOp(3/45=mmmmnnnn)
指定P1为mmmm/1000，P2为nnnn/1000.
IOp(3/46=mmmmnnnn)
指定P3为mmmm/1000，P4为nnnn/1000。
IOp(3/47=mmmmnnnn)
指定P5为mmmm/1000，P6为nnnn/1000。
另一套指定方式，支持五位小数
IOp(3/76=MMMMMNNNNN)
指定P1为MMMMM/10000，P2为NNNNN/10000.
IOp(3/77=MMMMMNNNNN)
指定P3为MMMMM/10000，P4为NNNNN/10000.
IOp(3/78=MMMMMNNNNN)
指定P5为MMMMM/10000，P6为NNNNN/10000.
举个例子
# BLYP IOp(3/45=10000200) IOp(3/46=07200800) IOp(3/47=08101000)
# BLYP IOp(3/76=1000002000) IOp(3/77=0720008000) IOp(3/78=0810010000)
这两个输入路径其实都相当于B3LYP

(1)mpw1k/6-31+G(d,p)
# mpwpw91/6-31+G(d,p) iop(3/76=0572004280)
(2)MPWB1K/6-31+G(d,p)
# mpwb95/6-31+G(d,p) IOp(3/76=0560004400)
(3)MPW1B95/6-31+G(d,p)
# mpwb95/6-31+G(d,p) IOp(3/76=0690003100)
(4)TPSS1KCIS/6-31+G(d,p)
# tpsskcis/6-31+G(d,p) IOp(3/76=0870001300)
(5)MPW3LYP/6-31+G(d,p)
# mpwlyp/6-31+G(d,p) IOp(3/76=1000002000) IOp(3/77=0720008000) IOp(3/78=0810010000)
(6)MPWKCIS1K/6-31+G(d,p)
# MPWKCIS/6-31+G(d,p) IOp(3/76= 0590004100)
(7)MPW1KCIS/6-31+G(d,p)
# MPWKCIS/6-31+G(d,p) IOp(3/76= 0850001500)
(8)PBE1KCIS/6-31+G(d,p)
# pbekcis/6-31+G(d,p) IOp(3/76=0780002200)
(9)PBE1W/6-31+G(d,p)
# pbepbe/6-31+G(d,p) IOp(3/78=0740010000)
(10)MPWLYP1W/6-31+G(d,p)
# mpwv5lyp/6-31+G(d,p) IOp(3/78=0880010000)
(11)PBELYP1W
# pbev5lyp/6-31+G(d,p) IOp(3/78=0540010000)
(12)TPSSLYP1W
# tpssv5lyp/6-31+G(d,p) IOp(3/78=0740010000)
(13)MPWLYP1M/6-31+G(d,p)
# mpwlyp/6-31+G(d,p) IOp(3/76=0950000500)
(14)MOHLYP/6-31+G(d,p)
# OV5LYP/6-31+G(d,p) IOp(3/77=1292010000) IOp(3/78=0500010000)
(15)MOHLYP2/6-31+G(d,p)
# OV5LYP/6-31+G(d,p) IOp(3/77=1849810515) IOp(3/78=0500005000) (for Gaussian03 B&C)
# OV5LYP/6-31+G(d,p) IOp(3/77=1292010000) IOp(3/78=0500005000) (for Gaussian03 D&E)
小卒版主说，这个问题的答案，以后有时间会继续扩充。先做个标记

(2.18)我们在用gauss寻找过渡态之前应该准备什么？（不断更新中）
引用回帖:

过渡态的计算往往是Gaussian计算的难点之一，我做过多次过渡态的计算，甚至有两个课题就是专门研究反应过程的。所以给出一点浅见，请大家斧正。
过渡态的计算不再是黑匣子，需要人的参与很多。尤其是不能像基态优化那样“蛮干”了。我认为这是初学者算过渡态很难成功的原因之一。
个人建议，在做过渡态反应计算的之前，应该确认三件事情
（1）这个反应是基元反应吗？如果是，那这个反应会有几种可能的过渡态？如果不是，我考虑到了所有可能的中间态和过渡态了吗？不论它是不是基元反应，我考虑了它的全部可能的反应路径了吗？
（2）进攻位点对不对？
（3）进攻位点对了，那么我的进攻方向对不对？进攻分子和目标分子的相对位置（角度、距离）对不对？
比如，我在教我的师弟师妹的时候，举了一个过渡态计算的例子。【图8-1】过渡态的计算是很繁杂的。一个小小的DA反应，就要计算这么多东西——考虑各种中间态和过渡态，考虑各种自旋状态，考虑各种可能的进攻位点和进攻方向。见附件

初学者往往搞不懂过渡态和中间态的区别。我做一个很简单的解释：
（1）过渡态有虚频，中间态没有虚频
（2）如果一个反应路径中有中间态，那这个反应路径一定不是基元反应
（3）如果一个反应路径中只有一个过渡态，没有中间态，那这个反应路径一定是基元反应
（4）过渡态是反应物，生成物和中间态的联结纽带。反应物，生成物和中间态之间，必须由过渡态来连接

（请注意我在这个帖子中，严格区分了“反应”和“反应路径”两个概念。一个反应可能有多个反应路径。比如在附件中的DA反应，我就设计了3条反应路径，分别是：1-2-3-4-5，1-6-7-8-9-10-5，1-2-3-8-9-10-5）

每一个反应路径算完之后，都要给出irc验证。当然如果你能做二维甚或三维势能面扫描更好，一切看你能使用的计算资源。请注意，如果说irc计算量是N，那么M维势能面扫描所需的计算量是N^M

事实上JACS1999，121，4816-4826和JOC2004，69，3683-3692这两篇文章已经确定，附件中的1-2-3-4-5这个反应路径是最低能量反应路径，我只是拿DA反应的计算做个例子

===========
2009.9.23，majun04虫友补充道：
补充一点具体的问题：先把过渡态两边的结构（也可以说山谷的点）确定准确，再涉及过渡态的问题。过渡态两端链接的是反应物，产物，或者反应中间体。在一条路径上往往是多个过渡态的（也就是要翻过多个山峰到达终点）。在计算过渡态之前的反应物（或者中间体）的几何结构是非常重要的，对于这个结构是要注意的。你给出的结构是否是实验测量得到的，或者是文献报道的，如果是，证明你的“起点”具有一定的可靠性。如果没有文献报道，是你计算模拟出来的，这就要对这一点进行详细的阐述。需要从结构，配位，从电荷分布等方面阐述，具有分子间氢键的还要加上分子间氢键。如果是超分子结构，小分子要使用MP2或者HF辅助DFT方法进行验证。如果是大分子，需要考虑BSSE。把这些阐述明了，再进行过渡态的寻找。否则审稿人也会对你的结构提出质疑的。

谢谢你的具体问题补充。我写的东西确实是高度概括、流于笼统了
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1491020&fpage=1如果想进一步学习，请看这个帖子


（2.19）关于为什么使用QST3的时候必须优化反应物和产物？
引用回帖:
今天QQ上有个虫友找我，说做QST3计算，但是没有优化反应物和产物的构型，就用这种未优化的初始构型和终止构型计算了TS构型。课题基本做完了，问我这样行不行。
我虽然很替他惋惜，但是我不得不说：“非常可惜，你的计算确实没有意义”
QST2和QST3是基于QST过渡态理论的计算方法。这要从QST计算方法的原理上来讲一讲了。
QST的原理如图【8-2】，A与B是势能面上两个“碗底”。我打算用QST方法找一个irc线。于是就先在A和B之间画一条直线，然后，逐步沿着这条直线上的垂线方向的力常数，开始偏移这条直线，直到找到一阶鞍点TS和合适的irc线。
如果A和B的构型本身就没有被优化，如A'和B'这两个点，那么QST也将忠实的按照这条直线上的垂线方向的力常数，开始偏移这条直线，直到找到irc'。但是，这个irc'与irc是势能面上不同的线。irc'和TS'并不是irc&TS。
如果你的产物构型和反应物构型搭建的很不错，很接近优化后的构型，那么，如果你不优化产物构型和反应物构型，你也能得到合理的TS。比如图中的A"和B"。但是，你得到的irc"仍旧是错的。
讲述完毕。心情沉痛，教训啊，很替他惋惜！大家一定要引以为戒

（2.20）什么是极化连续介质模型（PCM）？
引用回帖:
Tomasi和他的同事提出的极化连续介质模型（Polarizable Continuum Model, PCM）是一个经常用到的连续溶剂化方法，并且这些年来已经有很多的改进。PCM模型计算分子溶液中的分子自由能为三项的加和：
G(sol)=G(es)+G(dr)+G(cav)
这些成分代表了静电的（es）和散射-推斥对自由能（dr）的贡献，和空穴能（cav）。所有这三项都是由以原子位置为中心的连锁范德华球定义的空穴来计算的。反应场是通过位于分子空穴表面的点电荷（表观表面电荷模型）表示的。这里要讨论的PCM的特殊版本是一种用为Hartree-Fock的联合原子模型来构建空穴。在这种模型中，范德华表面是只由定位于重元素（非氢元素）的一些球构建的联合原子方法。每个原子的范德华半径是原子类型，连接性，分子总电荷，和连接氢原子数目的一个函数。在评估方程（1）中的三项时，这个空穴的用法稍微有些不同。【图8-3】
当计算空穴能Gcav时，采用范德华球定义的表面，溶剂可接近表面被用来计算散射-推斥对自由能（dr）的贡献。后一表面不同于前一表面，在后者中额外考虑了（理想化的）溶剂半径。在溶液中静电对自由能的贡献 Ges采用一个近似版本的溶剂排斥面，该排斥面通过用一个常数因子约化所有的半径，并在之后加入更多的不以原子为中心的球，以便得到稍微平滑些的表面。
定域化和表面电荷的计算是通过系统地将球表面分割成已知面积的镶嵌块计算每个表面元素的一个点电荷来达到的。
在Gaussian98中执行PCM/UAHF模型可以用SCRF关键词结合PCM专用修饰词。 溶剂可以用对SCRF关键词给出Solvent= modifier来指定，可接受的溶剂名称是Water（水）, DMSO（二甲亚砜）, NitroMethane（硝基甲烷）, Methanol（甲醇）, Ethanol（乙醇）, Acetone（丙酮）, DiChloroEthane（二氯乙烷）, DiChloroMethane（二氯甲烷）, TetraHydroFuran（四氢呋喃）, Aniline（苯胺）, ChloroBenzene（氯苯）, Chloroform（氯仿）, Ether（乙醚）, Toluene（甲苯）, Benzene（苯）, CarbonTetrachloride（四氯化碳）, Cyclohexane（环己烷）, Hepaten, and Acetonitrile（乙腈）。 附加的选项可以在输入文件的末尾指定并用给SCRF关键词指定Read修饰词来读入。PCM溶剂化模型可以用于HF和DFT水平下的能量计算和梯度计算。 PCM计算产生的输出可以用DUMP选项显著地扩展。
下面的例子输入解释Cs对称性的乙醇的水溶剂化自由能的单电能计算（没有几何优化,【图8-4】）：
#P B3LYP/6-31G(d) scf=tight int=finegrid SCRF=(PCM,Read,Solvent=Water)

pcm/b3lyp/6-31G(d) sp ethanol in water (Cs)

0 1
O1
C2  1  r2
C3  2  r3  1  a3
H4  3  r4  2  a4  1  180.0
H5  3  r5  2  a5  4  d5
H6  3  r5  2  a5  4  -d5
H7  2  r7  3  a7  1  d7
H8  2  r7  3  a7  1  -d7
H9  1  r9  2  a9  3  180.0

r2=1.42492915
r3=1.51965095
r4=1.09569807
r5=1.09496362
r7=1.10264669
r9=0.96904984
a3=107.81130783
a4=110.63999342
a5=110.37205263
a7=109.90077195
a9=107.87777748
d5=-120.23659087
d7=-121.12750852

DUMP


由PCM溶剂化模型引起的附加输出是由负责SCF计算的L502产生的：
-------------------------------------------------------------------
Solvent: WATER
Model  : PCM/UAHF, Icomp = 4
Version: MATRIX INVERSION
Cavity : PENTAKISDODECAHEDRA with  60 initial tesserae
-------------------------------------------------------------------
Nord Group  Hybr  Charge Alpha Radius            Bonded to
   1   OH    sp3   0.00   1.20  1.590     C2  [s]
   2   CH2   sp3   0.00   1.20  1.860     O1  [s]  C3  [s]
   3   CH3   sp3   0.00   1.20  1.950     C2  [s]
-------------------------------------------------------------------

------------------------------------------------------
             Dielectric Const  =   78.39000
             High.Fr.D.Const   =    1.77600
             d(Diel.Const.)/dT =   -0.35620
             Molar Volume      =   18.07000
             Therm.Exp.Coeff.  =    0.00026
             Radius            =    1.38500
             Absolute temper.  =  298.00000
             Number of spheres =   3
             OMEGA             =   40.00000
             RET               =    0.20000
             FRO               =    0.70000
             Accuracy          =    0.1D-05
------------------------------------------------------
头四行重复对水指定的设置或通常的PCM缺省设置。 溶质空穴由范德华球构成，范德华球是由规则的pentakisdodecahedra（五个十二面体——六十面体？）表示的，将每个球表面分成相同尺寸的60个单元。
后面的四行列出了UAHF分析的结果，确定只有三个中心（联合原子）。对于每个中心，假设的杂化和它的形式电荷，最后半径及溶剂专用约化参数Alpha一起列出。 后者通常用缺省值1.2， 但是也可以用选项
ALPHA=x.x
直接指定。
输出的最后部分列出了溶剂专用参数如介电常数和有效溶剂半径，和一些更多的缺省PCM设置，如初始球的数目和参数OMEGA, RET,和FRO的当前值。后面的这三个参数控制着渐入更多球（非以原子位置为中心）的过程，以便平滑表面。新的OMEGA值可以用
OMEGA=n,n
选项设置。 有意义的值在40.0-90.0之间（较高的值给出较少的加入球）。新的FRO值可以用
FRO=m，m
指定。有意义的值在0.7到0.2之间（较小的值给出较少的加入球）。RET指定加入新球的最小半径，新值可以用
RET=1.1
指定。增加的数值给出较少的附加球，非常大的值完全消除附加球。
PCM算法是首先进行一步气相能量计算，以便得到后面溶剂化自由能计算的参考点。在结束气相SCF循环后，列出了空穴产生的迭代过程的细节：
------------------------------------------------------
----------  CAVITY for ELECTROSTATIC term  -----------
------------------------------------------------------
-------  The SOLUTE is enclosed in ONE CAVITY  -------
          Total N.of Tesserae   =  132
           Surface Area (Ang**2) =   97.71529
           Volume       (Ang**3) =   84.60281
------------------------------------------------------
Original Sphere   On Atom   Re0   Alpha      Surface
         1            O1     1.590  1.200      24.08112
         2            C2     1.860  1.200      27.26919
         3            C3     1.950  1.200      46.36498
------------------------------------------------------
----------------------------------------------------------------------
     AT CONVERGENCE
  132 Tesserae over a maximum of 1500
  Surface Area (Ang**2) =   97.71529
  Volume       (Ang**3) =   84.60281
Escaped Charge= 0.13334
Error on NUCLEAR pol.charges = 0.21898 Error on ELECTR. pol.charges =-0.33812
----------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------
    dG(solv)/dEps          (kcal/mol) =   0.00000
------------------------------------------------------
IN VACUO Dipole moment (Debye):
   X=  0.0176  Y=  1.5625  Z=  0.0000  Tot=  1.5626
IN SOLUTION Dipole moment (Debye):
   X=  0.1053  Y=  1.9429  Z= -0.0019  Tot=  1.9457
------------------------------------------------------
Tessera     X         Y         Z        QTot      QSN       QSE
    1     2.84136   0.54870   3.42913   0.00354  -0.17977   0.18331
    .
    .
    .
   
  132    -2.70116  -2.26783  -4.13447  -0.00393  -0.25391   0.24997
在这个例子（一切正常的）中不需要附加球。 总的表面用132个镶嵌块("Tesserae"表示。由于电子波函数的长尾（事实上，没有结尾），用当前表面定义的分子体积不包含体系所有电子密度，导致一些“逃逸电荷”。在每个表面元中心有一个表面电荷“QTot”，它含有一个从溶质核电荷而来的组分和一个从溶质电子电荷而来的组分。
在解电子薛定谔方程（包括附加的反应场效应）的求解过程得到的结果给出如下：
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -155.041616090     A.U. after   10 cycles
             Convg  =    0.1222D-08             -V/T =  2.0093
             S**2   =   0.0000
KE= 1.536131750668D+02 PE=-5.252140797608D+02 EE= 1.349508863800D+02
------------------------------------------------------
-------------- VARIATIONAL  PCM  RESULTS -------------
------------------------------------------------------
            (a.u.) =   -155.033805
       (a.u.) =   -155.040760
       (a.u.) =   -155.041609
            (a.u.) =   -155.032883
       (a.u.) =   -155.041616
    Total free energy in sol.
    (with non electrost.terms) (a.u.) =   -155.041162
------------------------------------------------------
    (Unpol.Solute)-Solvent (kcal/mol) =     -4.36
    (Polar.Solute)-Solvent (kcal/mol) =     -5.48
    Solute Polarization    (kcal/mol) =      0.58
    Total Electrostatic    (kcal/mol) =     -4.90
------------------------------------------------------
    Cavitation energy      (kcal/mol) =      8.92
    Dispersion energy      (kcal/mol) =    -11.39
    Repulsion energy       (kcal/mol) =      2.75
    Total non electr.      (kcal/mol) =      0.29
------------------------------------------------------
    DeltaG (solv)          (kcal/mol) =     -4.62
------------------------------------------------------

这里列出的：
(a.u.) = -155.033805
是非微扰的气相SCF解，它被用作后面所有步骤的参考。后面描述为：
(a.u.) = -155.040760
的能量包括非极化的溶质和非极化的溶剂之间的相互作用。和气相参考能量对比得到相应的作用能：
(Unpol.Solute)-Solvent (kcal/mol) = -4.36
报告对应于非极化的溶质和极化的溶剂相互作用的总能量之后，下面的重要信息是关于极化的溶质的总能量。
(a.u.) = -155.032883
与非极化的气相总能量的能量差列出如下：
Solute Polarization (kcal/mol) = 0.58
而且永远应该是正的。极化的溶质和极化的溶剂的全部作用体系给出总能量：
(a.u.) = -155.041616
相应的静电作用能列出如下：
Total Electrostatic (kcal/mol) = -4.90
溶剂化能的非静电部分在同一个block里给出，以空穴化和散射-推斥能的加和结束：
Total non electr. (kcal/mol) = 0.29
非静电和静电贡献的加和给出了总的溶剂化自由能：
DeltaG (solv) (kcal/mol) = -4.62
然而，需要认识到，这里说的溶剂化自由能是指温度为0 K的气相静止体系。为了在特定温度下得到热力学有意义的溶剂化自由能，这些溶剂化自由能必须用气相热化学的标准处理进行修正。 对于计算溶剂化自由能自身，作为气相和溶液自由能的差值，这一步经常是省略的，PCM得出的数值被直接用来和实验值相比。对乙醇来说，实验溶剂化自由能已经被测量为-5.0kcal/mol。和这个值相比PCM预测的-4.6kcal/mol可以被认为是相当精确的。
当溶剂化能作为气相和溶液相自由能的差计算的时候，必须注意到它们各自标准态的定义。因为气相和液相浓度都是以mol值（mol/l）给出的，气相和液相的数据可以直接对比。然而，气相值经常是指分压为1atm。假设是理想气体行为，在298.15K这对应于1/24.46 mol/l。
改进的溶剂化自由能预测应该涵盖溶液中的结构松弛效应。用PCM模型的几何优化是可能的，但是比气相优化消耗多许多的时间。这不仅是由于每次的能量和提速计算需要更多的CPU时间，而且是由于优化过程的收敛缓慢和时常出现的振荡。有两个选项对于减轻一些收敛问题是有用的，它们是TSNUM和TSARE：
TSNUM指定每个球的表面元的数目。 PCM算法选择规则的多面体，该多面体的表面元的数目尽可能地接近TSNUM。除了缺省的数目60，一些更大的值64，80，或100或许对于减轻一些几何优化中的共振行为是有帮助的。
TSARE以单位（Angstrom）2指定表面元的面积。有意义的值的范围从0.4到0.2，越小的值导致越大的表面元数目。将表面元的尺寸设为特定的值导致等尺寸的表面元，而不考虑球的半径（对于TSNUM设置改变的情况并非如此）。
然而，在这两种情况中，总能量依赖于表面元的实际选择，对不同体系或不同异构体的对比只有在选项选择相同的时候才有意义。对于这里用到的乙醇的例子，几何优化在用缺省设置时在23圈仍没收敛，但是在用TSARE=0.3时在7圈内收敛，得到最后总的溶剂化能-155.043097702 au.和用气相几何作的PCM的单点能计算相比（总能量为-155.041371 au），这暗示一个-1.1kcal/mol的结构松弛能，因此对溶剂化能“改进的”的预测是-5.7kcal/mol。
在应用当前的PCM/UAHF模型于溶液中反应路径时的一个问题是为范德华半径的导出使用杂化和连结性的直接后果。因为杂化和连结性都不是平滑变化的，而是沿着反应路径突然地从一点到另一点，UAHF方法一定会在溶剂化自由能图上产生突然的断点。这些问题可以，从原理上，通过平滑地约化从一组半径到另外一组， 或者通过完全地避免UAHF方法，选择与连结性无关的半径。 对后者，一个通常的选择是Pauling半径，用选项RADII=Pauling可以做到。

（2.21）物化中学过反应的ΔG大于40千焦的话就认为不反应。但有时候可以发生的反应，过渡态的能量和反应物的能量算出来会差几十千卡（>40kj/mol），请问应该怎么理解？
引用回帖:
首先要搞清楚热力学判据与动力学判据的区别。
所谓热力学判据，只考虑反应物和产物的平衡比例，不考虑具体实现过程，这个时候应用范特霍夫方程ΔG=-RTlnK，此时的ΔG是指产物与反应物的吉布斯自由能之差，这里大写的K是反应平衡常数。假设反应为简单的A->B，反应温度为298.15K(25℃)，达到平衡时，假设B的浓度是A的一千万倍（这个时候我们可以肯定的说，A完全转换为B了吧。而且如果以B为反应物，我们说B->A是不反应的，也不会有人有意见了吧），那么，我们计算一下，ΔG=8.314*298.15*ln10000000=39954J/mol≈40kJ/mol≈10kcal/mol
如果放松点标准，生成B的浓度是A的浓度的100倍，那么此时ΔG=11.4kJ/mol=2.7kcal/mol
而动力学判据，考虑的是反应进行的具体路线，不同条件下反应机理是不一样的，反应速率是不一样的，动力学此时应用阿雷尼乌斯公式k=Aexp(-Ea/RT)，此处的反应活化能Ea=ΔH≠（≠写成上角标）+nRT，由于一般化学反应的活化能或活化焓都在40-80kJ/mol，而室温下RT仅为2.5kJ/mol，所以多数时被忽略，这个时候活化能或者活化焓指的是过渡态与反应物之间的能量差或者焓变，而不是热力学上说的ΔG。由于指前因子A取决于反应的熵变（具体利用波尔兹曼分布推算，此略），所以也可以考虑把熵一并放到活化能里面，变成吉布斯自由能项，这个时候就可以指定和计算过渡态与反应物之间的ΔG，但这个时候一遍写做ΔG≠（≠写成上角标）。数值的变化不大（除非熵变特别明显），所以大概的范围还是20-30kcal/mol（低于5kcal则反应太快，没有办法可以检测到反应过程，超过40kcal则反应太慢，以至于我们看来相当稳定，几乎就是不反应了），你说计算出来的能量差在20+kcal，这个应该很正常——虽然你没有说到底是ΔH≠还是ΔG≠（注意能量单位，不要一会用千焦一会用千卡，自己习惯用哪个就一直用哪个就好）
再举一个简单的例子来说明热力学判据和动力学判据的差别：
氢气和氧气燃烧放热，典型的不可逆反应，这个用热力学判据可以解释。
然而你把氢气和氧气在常温常压下混合在一起，难道它们会自燃么？如果你不改变条件，放100年它也不反应生成水，这就是动力学上无法翻越那个势垒，只有改变了外界条件，它才会反应。

（2.22）什么是电子密度？什么是电子密度差？它们的物理含义是什么？如何得到？
引用回帖:
电子密度其实就是ρ=Ψ*Ψ，ρ从Ψ的平方而来，它是从第一原理得到结论性数据，这一点与NBO、AIM、Mulliken等电荷分配有天渊之别。
电子密度的变化，就是电子密度差，Δρ=ρ2-ρ1，它表示的就是变化前后，空间中各点的电子密度分布的变化

如何得到电子密度和密度差？需要调用cubegen和cubman命令。Gaussian中cubman的操作方法，见下面的例子：
   
以两种不同状态的乙烯分子为例，介绍如何获得它们的电子密度分布的差别。大家都是用Gaussian的，我就不多解释了，直接上gjf文件吧。如果gjf文件看不懂，就别在这儿混了。
====gjf文件开始===
%chk=G:\sundries\C2H4\C2H4-L.chk
# hf/sto-3g

Low spin

0 1
C                  0.00000000    0.00000000    0.67760000
H                  0.92664718    0.00000000    1.21260000
H                 -0.92664718    0.00000000    1.21260000
C                  0.00000000    0.00000000   -0.67760000
H                  0.92664718    0.00000000   -1.21260000
H                 -0.92664718    0.00000000   -1.21260000

--Link1--
%chk=G:\sundries\C2H4\C2H4-H.chk
# hf/sto-3g

High spin

0 3
C                  0.00000000    0.00000000    0.67760000
H                  0.92664718    0.00000000    1.21260000
H                 -0.92664718    0.00000000    1.21260000
C                  0.00000000    0.00000000   -0.67760000
H                  0.92664718    0.00000000   -1.21260000
H                 -0.92664718    0.00000000   -1.21260000
====gjf文件结束====
运行这个gjf文件，获得C2H4-H.chk和C2H4-L.chk两个文件之后，打开DOS（这个DOS指的是Windows的命令行操作系统Disk Operation System）红色字体是我输入的，黑色字体是DOS的提示
====DOS操作开始====
Microsoft Windows XP [Version 5.1.2600]
(C) Copyright 1985-2001 Microsoft Corp.

C:\Documents and Settings\Administrator>d:

D:\>cd programfiles\gaussian03w

D:\ProgramFiles\gaussian03w>formchk G:\sundries\C2H4\C2H4-H.chk G:\sundries\C2H4\C2H4-H.fchk
Read checkpoint file G:\sundries\C2H4\C2H4-H.chk
Write formatted file G:\sundries\C2H4\C2H4-H.fchk
Rotating derivatives, DoTrsp=T IDiff= 1 LEDeriv=    353 LFDPrp=       0 LDFDPr=       0.

D:\ProgramFiles\gaussian03w>formchk G:\sundries\C2H4\C2H4-L.chk G:\sundries\C2H4\C2H4-L.fchk
Read checkpoint file G:\sundries\C2H4\C2H4-L.chk
Write formatted file G:\sundries\C2H4\C2H4-L.fchk
Rotating derivatives, DoTrsp=T IDiff= 1 LEDeriv=    353 LFDPrp=       0 LDFDPr=       0.

D:\ProgramFiles\gaussian03w>cubegen 0 density G:\sundries\C2H4\C2H4-H.fchk G:\sundries\C2H4\C2H4-H-D.cube 0 h

D:\ProgramFiles\gaussian03w>cubegen 0 density G:\sundries\C2H4\C2H4-L.fchk G:\sundries\C2H4\C2H4-L-D.cube 0 h

D:\ProgramFiles\gaussian03w>cubman
Action [Add, Copy, Difference, Properties, SUbtract, SCale, SQuare]? subtract
First input? G:\sundries\C2H4\C2H4-H-D.cube
Is it formatted [no,yes,old]?  yes
Opened special file G:\sundries\C2H4\C2H4-H-D.cube.
Second input? G:\sundries\C2H4\C2H4-L-D.cube
Is it formatted [no,yes,old]?  yes
Opened special file G:\sundries\C2H4\C2H4-L-D.cube.
Output file? G:\sundries\C2H4\C2H4-LH-Different.cube
Should it be formatted [no,yes,old]?  yes
Opened special file G:\sundries\C2H4\C2H4-LH-Different.cube.
Input file titles:
High spin density
Electron density from Total SCF Density
Input file titles:
High spin densit
Electron density from Total SCF Density

SumAP=   12.0019420655 SumAN=    0.0000000000 SumA=   12.0019420655
CAMax=    2.1672300000 XYZ=   -0.0360500000   -0.0360500000    1.3091610000
CAMin=    0.0000000000 XYZ=-9999.0000000000-9999.0000000000-9999.0000000000

SumBP=   12.0019319790 SumBN=    0.0000000000 SumB=   12.0019319790
CBMax=    2.1577300000 CBMin=    0.0000000000

SumOP=    0.1979999629 SumON=   -0.1979898763 SumO=    0.0000100865
COMax=    0.0428610000 COMin=   -0.0297300000

DipAE=    0.0002322172    0.0002783966   -0.0003923874
DipAN=    0.0000000000    0.0000000000    0.0000000000
DipA=     0.0002322172    0.0002783966   -0.0003923874

DipBE=    0.0002261708    0.0002769231   -0.0003922251
DipBN=    0.0000000000    0.0000000000    0.0000000000
DipB=     0.0002261708    0.0002769231   -0.0003922251

DipOE=    0.0000060464    0.0000014735   -0.0000001623
DipON=    0.0000000000    0.0000000000    0.0000000000
DipO=     0.0000060464    0.0000014735   -0.0000001623

D:\ProgramFiles\gaussian03w>
====DOS操作结束====
用GaussView打开C2H4-LH-Different.cube，生成附件中的三个图(图8-5)，就OK了

（2.23）各方法的红外校正因子是多少
引用回帖:

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-8-21 at 14:26 ]
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3楼2009-09-25 13:37:02
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yjcmwgk

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loovfnd(金币+2,VIP+0):中秋快乐！ 10-3 15:07
wuli8(金币+5,VIP+0):辛苦了。 10-20 19:37
yjcmwgk: 回帖置顶 2012-07-14 09:44:53

对GaussianFAQ的改进建议，请在http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1734563回帖。
第三章：GaussView使用：
（3.1）
用高斯进行几何优化后，在GaussView中发现断了根键（或者成键方式变化了），这是什么原因啊？
引用回帖:
GaussView显示时的成键断键问题的确是对初学者的一个影响挺大的问题。
事实上各个版本的GaussView （包括最新的5.08）只是用来搭建模型和分析计算结果中各种性质。
GaussView对成键断键的判断还没有上升到使用波函数以及各种布居分析给出的键级的层次，在默认的情况下，它对成键与否的判断时唯一的判据是两个原子之间的距离。我想GaussView内部肯定对每一个原子都给出了一个最大成键半径，当两个原子之间的距离大于二者最大成键半径之和，那么默认是不显示成键的。GaussView是否显示成键只能作为一个小小的参考，因为他关于那个最大半径的定义很多时候是不合适的。
不过图形显示中是否成键是可以改变的，在GaussView默认外置的菜单中有一个图标，鼠标放上去会显示"Modify bond"，选中该图标，再去分子显示窗口中选择任意两个你要选择的原子，就可以为他们定义是否成键，成什么级别的键。
为了搭建模型方便，你可以让距离很远的两个原子通过键连起来，好一同移动，也可以让距离很近的两个原子之间断开键，以便调整相互位置。
在使用GaussView时，如果想保留你搭建模型时原子之间的连接关系，可以在计算设置选项卡的General选项卡中选择“Write connectivity”，这样保存后的输入文件下次打开时还会显示当前的连接关系。
由于输出文件.out或者.log不保存原子之间的连接关系，因此，使用GaussView打开输出文件时，程序还是通过原子之间的距离来判断是否成键。
如果想在打开优化之后的结构中显示你在输入文件中定义的连接关系，可以在输入文件中定义检查点文件，也就是在在计算设置选项卡的Link0选项卡中自行输入%chk=文件名.chk，这样计算完成后，用GaussView打开检查点文件会显示你开始定义的连接关系。需要注意的是，如果你的结构在优化的过程中变化较大，那么你开始定的连接关系有可能是错的。另外，如果在linux做的计算，而GaussView是windows版的，需要先使用Gaussian自带的formchk工具将检查点文件转换为.fchk文件才能在windows下打开。即在linux下执行：formchk 文件名.chk，将生成"文件名.fchk”文件
Gaussian计算需要很多的人为参与，使用GaussView软件的时候也是一样的。

（3.2）
想固定某部分原子（键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。。。。）怎么做？
引用回帖:
1.opt=modredundant 命令
在坐标后面写上你要固定的原子序号，例如
1 2 f，限制1-2原子间键长
1 2 3 4 f，限制1-2-3-4原子间二面角
2.使用constants指定，如下例可以固定水的键角105.4度
O
H1 O R
H2 O R H1 A
Variables:
R 1.0
Constants:
A 105.4
3.使用列标记，把直角坐标下的第二列改为-1，则会固定原子坐标，
改为比-1还小的数值，这些被改动的原子间的相对位置固定。

（3.3）
GaussView怎么打不开输出文件？
后续问题：我明明放在桌面上了啊，怎么会有中文路径呢？
后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。请问什么是路径啊？
引用回帖:
如果你对电脑并不熟悉，建议你使用4以下版本，因为GV4在临时文件存储中在命名时带有中文的时间显示，有时候会导致gv打不开文件（使用虚拟盘可以解决这一问题，所以建议新手先不要急着用）。在gv存储路径中不应该有中文出现，所谓路径就是在你电脑分区中的位置，如e:\111\2\3.out。而桌面在电脑中的位置是C:\Documents and Settings\Administrator\桌面。所以放在桌面上的结果文件gv不会认识的！【图9】
如果你要用GV4以上的版本，你要自己手动做一些调整：
在你的GV4.1的面板上，点击CostomFragment的图标，出现一个对话框。你把对话框中的Library改成你的GV的安装位置
比如，我的安装位置D:\ProgramFiles\gview4，那我就把CostomFragment中的Library改成“D:\ProgramFiles\gview4”

（3.4）
原子可以改变编号吗？怎么改？
引用回帖:
原子当然可以改变编号了，这在寻找过渡态的时候有大用处。
在GV 工具栏上有个A的按钮，【图10】打开它可以改变原子编号，还可以插入虚原子，改变原子坐标等等。注意改变原子编号的时候要按顺序，比如从小到大，不要乱改。

（3.5）
Gaussview能搭建离子吗？怎么搭建？
引用回帖:
gview只是用来画分子的，也仅仅就是画出来而已，这个不存在电荷或者自由基的概念。想要说明是离子还是自由基，需要在gaussian输入文件中修改电荷和多重态。
当然，画分子的时候多少也有一些技巧，比如要画C正离子，画完甲烷，删掉一个H，直接改电荷虽然也行，但是既然已经是C正离子了，那个C再保持sp3杂化就不是那么准确了，这个时候不如把四个H都去掉，然后一个一个加，加上3个H，这个时候说它是C正离子构型上应该更合适一些——如果有亲核试剂进攻，从两侧来都可以了。自由基也以此类推，只不过是修改多重度而已。


对GaussianFAQ的改进建议，请在http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1734563回帖。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-4-2 at 21:54 ]
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4楼2009-09-25 13:37:33
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heyo_1239楼
2009-09-26 14:45   回复  
 顶。。。。。。。。。。。。。。。
csfn10楼
2009-09-26 14:46   回复  
 
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