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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【调查】想做个Gaussian的FAQ了。大家一起参与意见吧（回帖者均可获得金币）
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3867826

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+4,VIP+0): 10-2 22:12
1 消虚的方法和经验？
2 固定的方法？ 算频率是否固定
3 IOP命令的介绍下 一些常用的？
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拒稿，终于体会到了！乱写接受，认真写拒稿，这就是2和4的区别吗？
31楼2009-10-02 18:42:09
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 10-23 10:13
引用回帖:
Originally posted by 半支烟5591 at 2009-10-2 13:48:
RT  何处有比较详细的输入解释与输出分析，见过一本《用高斯研究化学问题》，里面有提到，但太粗略。。。。。。。 把这些example and test 搞懂了，菜鸟也就基本合格了，这比零碎的到处讲解普适性更强啊，更有效啊 ...

郭勇《高斯使用指南》
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32楼2009-10-02 21:03:09
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虚谦

至尊木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+4,VIP+0): 10-3 15:08
引用回帖:
Originally posted by 3867826 at 2009-10-2 18:42:
1 消虚的方法和经验？
2 固定的方法？ 算频率是否固定
3 IOP命令的介绍下 一些常用的？

1.在进行Gaussian计算时，经常会出现多个虚频个，每个都只有－30~－20左右，但是如果结构改动过大，则一不小心，虚频就会更大。消除虚频的主要方法是改变构型。其次在计算上还可以尝试：nosymm；加大循环次数；提高收敛度；iop(1/8=1)等。通常对于势能面很平，较小的虚频很难消除。
  为了解决以上的这种现象,按如下的步骤一步步调整：  1）. 增加收敛标准
        在优化时采用Scf(tight)的选项，增加收敛的标准。再去计算频率。如果还有虚频，参见下一步。  2）. 降低对称性
        对称性的影响，很多情况下的虚频是由于分子本身的对称性造成的。这样，在优化时，如果必要，要将对称性降低，还有，输入文件有时是用内坐标。建议如果有虚频的话，将内坐标改成直角坐标优化。但是有时这一方法也并没有多大作用。  3）. 坐标中和法
        如果上述方法还有虚频，看一下虚频，找到强度较大的，将在频率中产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中。这样，重新计算，直到虚频没有。比较好的做法是分子结构输入用直角坐标，将这些产生虚频的振动坐标直接与原始坐标相加。加的时候不一定要将坐标直接相加，可以选择权重如1/3相加等。  4）. 其他方法
实际上，如果分子柔性较大，很难找到最低点，这是电子结构计算的问题，这种情况下，需要动力学的东西，用构象搜寻的办法解决。如：模拟退火，最陡下降法，淬火法等。将得到的能量最低的构象做一般的电子结构计算，这样，应当没有问题。  如果上面几步仍然无法解决问题，则有可能是因为计算还没有得到最稳定的结构，那么或者是分子结构有问题，或者是计算错了，再者就是游离出现在计算的范畴。  最后如果是寻找过渡态，如果只有一个虚频，而且该虚频对应某单键旋转震动，那么产生虚频的原因就是初始结构比较接近重叠构象。这时把优化过的结构绕振动方向旋转几十度再重新优化就有可能得到正确的结果。优化中等大小的有机分子（50-100原子）的时候，应该经常碰到这种情况。 当出现两个以上虚频时，可以先看一下振动模式。如果多余的虚频，和想要的振动模式发生在不同原子上，可以先固定过渡态模式所对应的原子，然后做opt到minimal,一般可以把多余的虚频去掉，再放开做全优化。或许会有所收获。

2.关于怎么固定前面的回帖已经讲过了，你自己去看看！
3.iop命令你可以去下一个gaussian的资料，里面是关于iop命令的！google就可以找到！
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大家都说我是个好人，其实，我也是这么想的~！
33楼2009-10-03 10:01:16
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-23 10:13
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-10-1 10:15:

高斯处理对称性特别高的体系，opt迭代优化的时候，结构进行调整时，很容易破坏高度对称的density Matrix。因此推荐使用symm=loose，如果不行，请使用nosymm关键字。如果想保持高对称进行优化，可以scf(conver=N ...

这个错误我多次遇见过，它不是出现在优化的过程中，而是出现在第一次scf迭代时，不是scf不收敛，而是scf出了问题。
因为我算得体系比较大，在保留初始对称性的前提下，我是无论如何也解决不了，最后没有办法只好稍微调整构型来降低了一些对称性（比如Ih转为D5d）才算过去。
问题提出者说到的guess=indo是一个可行的解决办法，但是只适用于很小的体系。大体系用这个关键词会出现不可克服的scf不收敛，因此他的问题可能出在体系太大，只能用降低对称性来处理。
小卒版主提供的方案貌似都不可行，因为除了nosymm管用，其他都没有说到点子上
但很多时候，尤其是分子比较大的时候，我们是极不情愿使用nosymm这个关键词的。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
34楼2009-10-06 19:35:37
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-23 10:13
引用回帖:
Originally posted by hairan at 2009-10-6 19:35:
小卒版主提供的方案貌似都不可行，因为除了nosymm管用，其他都没有说到点子上


symmetry(pg=?)应该可行吧……
我也是极其讨厌nosymm的人
symm=loose应该也是可行的啊
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35楼2009-10-06 19:45:02
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by hairan at 2009-10-6 19:35:
这个错误我多次遇见过，它不是出现在优化的过程中，而是出现在第一次scf迭代时，不是scf不收敛，而是scf出了问题。
因为我算得体系比较大，在保留初始对称性的前提下，我是无论如何也解决不了，最后没有办法 ...

hairan专家的方案呢？
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36楼2009-10-06 19:45:55
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 10-23 10:13
我觉得一是解决技术问题，二是要说明这么做的背景或是物理化学思想是什么。技术自然非常重要，但是更重要的是把为什么这么做或是为什么能这么做的量化原理说明白。而不仅仅是一些软件使用经验或是操作技术（虽然经验也很宝贵，而且很实际，但这个只是第一步）。只有明白了第二步，写文章时才不会容易出错。才知道有些话该怎么说才合适。

因此，回答的问题可以明确分为两个部分。比如对同一个问题，前一部分说明软件的操作细节，后一部分尽量说明这么做的原理或是意义是什么。当然，这么搞下来肯定会比较麻烦。不过可以尽量高要求一些。不知道我说的是否合适。

PS 刚才看了yjcmwgk 妄自菲薄的某个帖子，搞得我也非常伤感，唉，面壁去。
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37楼2009-10-06 20:10:07
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by yzcluster at 2009-10-6 20:10:
我觉得一是解决技术问题，二是要说明这么做的背景或是物理化学思想是什么。技术自然非常重要，但是更重要的是把为什么这么做或是为什么能这么做的量化原理说明白。而不仅仅是一些软件使用经验或是操作技术（虽然经验也很宝贵，而且很实际，但这个只是第一步）。只有明白了第二步，写文章时才不会容易出错。才知道有些话该怎么说才合适。
因此，回答的问题可以明确分为两个部分。比如对同一个问题，前一部分说明软件的操作细节，后一部分尽量说明这么做的原理或是意义是什么。当然，这么搞下来肯定会比较麻烦。不过可以尽量高要求一些。不知道我说的是否合适。

我也想这样做。但是现在的初学者们有几个肯啃原理的人呢？别忘了这是给初学者做的FAQ，咱们别吓着他们
引用回帖:
PS 刚才看了yjcmwgk 妄自菲薄的某个帖子，搞得我也非常伤感，唉，面壁去。

我不是妄自菲薄。你想啊，我一个小硕士，在这些牛人面前能不低头吗？水平的高低决定了说话的底气

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-6 at 20:23 ]
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38楼2009-10-06 20:22:03
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hairan

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瞌睡木虫
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引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-10-6 19:45:


symmetry(pg=?)应该可行吧……
我也是极其讨厌nosymm的人
symm=loose应该也是可行的啊

symm=loose只是放松对对称性判断的标准，意思是一些相对不对称的分子在放松的标准下可以认为是对称的。
但那个错误的出现不是因为分子坐标不够对称，而是太对称了。
这可能是gaussian03的编程者在处理对称性的时候没有做好。
从这个角度来说，symm=(pg=?)这个关键词或许有效，因为他可以降低一些对称性，但对我的出现问题的体系我尝试过，无效！
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
39楼2009-10-06 20:26:53
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★
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引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-10-6 19:45:

hairan专家的方案呢？

,专家不敢当
我回帖时提到了，我所知道的最好方案就是通过调整结构的方式适当降低一些对称性，而不用一下将对称性全部抹去。
我提到的那个将Ih降为D5d的优化结果是非常接近Ih的结构，用gaussView打开后，默认的放松标准就能直接对称化到Ih.
如果版主能找到不用降低对称性的的解决办法，不妨说说。

[ Last edited by hairan on 2009-10-6 at 20:34 ]
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
40楼2009-10-06 20:32:20
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