24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1340  |  回复: 15
当前主题已经存档。

guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员

[交流] 【求助】NVT系综下动力学平衡、均方位移的紊乱

在用MS中的discover模块计算动力学均方位移时,步长1fs,动力学时间1500ps,平衡时间500ps,温控方法为Nose法。。动力学之前结构已minimizer过了,但是anaylsis时,MSD曲线呈现波浪式变化(如附件图),没有一点直线的迹象。。该怎么办呢?是由于动力学没有达到平衡吗?该改变什么参数。。谢谢!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 10:10 ]
回复此楼
少年不识愁滋味,为赋新词强说愁。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员

高人指点一哈啊,顶。
温度和能量波动都很小的啊
少年不识愁滋味,为赋新词强说愁。
2楼2009-09-10 16:07:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsiangsun

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-11 08:35
guosy1999(金币+2,VIP+0):不存在相变问题,是一个小分子在骨架中的扩散。温度和能量都变化很小啊。1500ps的时间已经很长了 9-11 08:50
你可以模拟的时间再长点,看看最后的大幅波动是否继续。

有可能是快到相变了。
3楼2009-09-11 00:52:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snowrine

★ ★ ★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-11 09:26
guosy1999(金币+2,VIP+0):1500ps我觉得够长了,看来还是先增加步数再说,谢谢! 9-14 09:04
延长时间看看再说。
4楼2009-09-11 09:24:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiger11212

金虫 (初入文坛)

★ ★ ★
guosy1999(金币+2,VIP+0):谢谢 9-14 09:05
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-14 09:39
什么体系?似乎就是在振动,没有多大的位移
5楼2009-09-13 22:03:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员

引用回帖:
Originally posted by tiger11212 at 2009-9-13 22:03:
什么体系?似乎就是在振动,没有多大的位移

是1个小分子在分子筛中的扩散,可能是扩散系数很小的缘故(10的负12次方数量级左右),不过我看到人家也做出来了。基本呈直线,主要参数也是一致的,。。只是好像是用5个分子在分子筛中的扩散,这与分子数目有关系吗?
少年不识愁滋味,为赋新词强说愁。
6楼2009-09-14 09:20:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huai

木虫 (职业作家)

★ ★ ★
guosy1999(金币+1,VIP+0):谢谢!有道理 9-14 16:29
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 9-15 11:55
均方位在时间为零的时候应该是零,怎么你的图中一开始就上升的非常快。是不是初始速度太大,没有平衡。是不是把时间做长一点,得到一个平衡构型,然后在做到几个甚至十几个ns量级的时间,才能计算扩散系数。
7楼2009-09-14 11:13:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员

引用回帖:
Originally posted by huai at 2009-9-14 11:13:
均方位在时间为零的时候应该是零,怎么你的图中一开始就上升的非常快。是不是初始速度太大,没有平衡。是不是把时间做长一点,得到一个平衡构型,然后在做到几个甚至十几个ns量级的时间,才能计算扩散系数。

刚开始的时候对结构进行minimizer了,然后在770K(高温)下equilibration了400ps,然后对final structure 在348K下动力学production,1500ps。。
你说的确实很有道理,MSD一开始上升很快。这个该怎么控制呢,延长平衡时间然后同时延长动力学时间吗?正在尝试。。
少年不识愁滋味,为赋新词强说愁。
8楼2009-09-14 16:36:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiger11212

金虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 9-15 11:55
分子可能很大,与孔道体系作用很强,就会出现这种情况。
9楼2009-09-15 09:10:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cassie0795

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请问怎么样平衡体系呢?
10楼2009-10-13 21:18:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 guosy1999 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见