| 查看: 168 | 回复: 1 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[交流]
【求助】Amber中set up的问题
|
|||
刚接触Amber问题很多啊  ，希望写一个蛋白质pdb能被Amber识别，由于这个pdb包含ZN和Cl，不能被识别，照着一个类似的tutoriial做，好像要用到xleap，但是我的xleap打开后上面的选项竟然不能用，于是用想用tleap来编译，可是老出错，有人能帮我指出怎么做才对呢？我把那个ZN和两个CL写成了一个单独的pdb，命名为 ZNA.pdb > ZNA=loadpdb ZNA.pdb > addatomTypes { {ZNA ZN } {ZNA CL} {ZNA CL}} > charge ZNA > saveoff ZNA ZNA.lib 但是好像这是个错的事实上这几个命令我不太会用，想问大家我想定义新的能被识别的残基到底怎样做才能被识别在tleap？谢谢啦！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:33 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
遇见不省心的家人很难过
已经有18人回复
-
退学或坚持读
已经有25人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有4人回复
-
免疫学博士有名额，速联系
已经有14人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有4人回复
-
多组分精馏求助
已经有6人回复
nkyx
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 9431.2
- 散金: 12
- 红花: 4
- 帖子: 644
- 在线: 2271.7小时
- 虫号: 321349
- 注册: 2007-03-10
- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2009-09-06 23:51:13