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【求助】Amber中set up的问题
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刚接触Amber问题很多啊  ，希望写一个蛋白质pdb能被Amber识别，由于这个pdb包含ZN和Cl，不能被识别，照着一个类似的tutoriial做，好像要用到xleap，但是我的xleap打开后上面的选项竟然不能用，于是用想用tleap来编译，可是老出错，有人能帮我指出怎么做才对呢？我把那个ZN和两个CL写成了一个单独的pdb，命名为 ZNA.pdb > ZNA=loadpdb ZNA.pdb > addatomTypes { {ZNA ZN } {ZNA CL} {ZNA CL}} > charge ZNA > saveoff ZNA ZNA.lib 但是好像这是个错的事实上这几个命令我不太会用，想问大家我想定义新的能被识别的残基到底怎样做才能被识别在tleap？谢谢啦！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:33 ] |
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