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bio_linda

[交流] PCR退火温度 已有2人参与

各位虫友大家好!
    我拿到的引物退火温度一个是69度,一个62度,PCR程序退火温度设多少合适呀?我做的梯度是从52到65的,低温时在2000和1500左右有微弱的条带(目的条带900左右),中间温度扩出来的在250到100之间有明亮的引物二聚体,高温没有任何条带。
    我想再重新p一次,请问大家,从这种结果看,我的退火温度取什么范围的梯度合适呀?还是要重新设计引物?
    O(∩_∩)O谢谢~~
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spiderboy

金虫 (正式写手)

★
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楼主,可以的话,把你的反应条件也说下。。。
我做PCR多,有些经验,一般两次就能把东西扩出来。。
你的退火温度我建议选55到60之间。
按照你说的情况,我认为的你的延伸时间有点过高了。如果你的模板是质粒,应该很轻松就可以扩了。。如果你的模板是真核基因组的话,可以加一些DMSO。
我建议你的反应条件可以这样:
95度,3分
95度20秒,60度30秒,72度1分,(循环数你要看你的模板浓度自己定,一般真核基因组用30到35个循环)
72度3分。
切记,如果是真核基因组的话,加一些DMSO。
如果还不行,可以尝试TOUCH DOWN PCR。。。即退火温度从65度到55度每个循环降一度,再55度退火保持20多个循环。。
祝顺利
10楼2009-08-14 19:47:48
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sgba0307

铁虫 (小有名气)

★
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没有出现过目的条带》?改变模板的浓度试试
2楼2009-08-13 19:39:26
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zhang6871

银虫 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
这么情况我们也遇到过,不过没有这么高的Tm值。我们一般是取中间温度,比如你这对引物,取64摄氏度应该可以扩出来的,但是估计会有杂带出现的。
过于功利,浮躁,布满灰尘的心都是创新的杀手!多记,心静,多动手,贴近大自然!
3楼2009-08-14 01:03:51
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genetics183

木虫 (正式写手)

应该避免两条引物Tm值相差太大。
士虽有学,而行为本焉。
4楼2009-08-14 09:12:44
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