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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 为什么查到的cDNA序列PolyA后面还会有序列？
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fengzheng770

铜虫 (初入文坛)

[交流] 为什么查到的cDNA序列PolyA后面还会有序列？ 已有5人参与

为什么在genbank数据库查到的cDNA序列有些在polyA后面还有序列，不是本身mRNA就是以polyA结束的吗?反转录时引物是oligo（dt）？怎么会出现序列？
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1楼 2009-08-02 22:30:42
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段家一凡

木虫 (正式写手)
★
fengzheng770(金币+1):谢谢参与
可能是乱码，不用管它的，你PCR出来反正要测序的，测完就知道有没有了。
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9楼2010-02-18 20:26:51
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michaelwuqingyu

金虫 (正式写手)
3' UTR 是应该在poly A tail之前的。有多长？
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3楼2009-08-03 07:57:07
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fengzheng770

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by michaelwuqingyu at 2009-8-3 07:57:
3' UTR 是应该在poly A tail之前的。有多长？

大概长50多，查到的mRNA序列也不太一致，polyA后面的序列有长有短。

如AF141379 ，在AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA后面有一段序列，然后又是AAAAAAAAAAAAAAAA，经和同源序列比较，第一个AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA后面就应该结束了，而后面的序列和AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA是什么？
ATCCAGCCTCCAAAATGATCCAAGTTCTCTTGGTAACCATATGCTTAGCAGCTTTTCCTTATCAAGGGAG
CTCTATAATCCTGGAATCTGGGGACGTGAATGATTATGAAGTAGTCTATCCACGAAAAGTCACTGCATTG
CCCAAAGGAGCAGTTCAGCAAAAGTATGAAGACGCCATGCAATATGAATTTAAAGTGAATGGAGAGCCAG
TGGTCCTTCACCTGGAAAAAAATAAACATCTTTTTTCAAAAGATTACAGCGAGACTCATTATTCCCCTGA
TGGCAGAGAAATTACAATAAACCCTCCGGTTGAGGATCACTGCTATTATCATGGACGCATCGAGAATGAT
GGTGACTCAACTGCAAGCATCAGTGCATGCAATGGTTTGAAAGGAAATTTCAAGCTTCAAGGGGAGACGT
ACCTTATTGAACCCATGAAGCTTTCTGACAGTGAAGCCCATGCAGTCTTCAAATATGAAAATGTAGAAAA
AGATGAGGCCCCCAAAATGTGTGGGGTAACCCAGAAGTGGAAATCATATGAGCCCATCAAAAAGATCTCT
CAGTTAAATCTTATTCCTGAACAACAAATCTATGACCCCTTCAAATACGTTGAGACTGTCGTTGTTGTGG
ACAAAGCAATGGTCACAAAATACAATGGCGATTTAGATAAGATAATAACAAAAATGTACGAAGCTGCCAA
CAATATGAATGAGATGTACAGATATATGTTTTTTCGTGTAGTAATGGTTGGCCTAATAATTTGGACCGAA
GAAGATAAGATTACCGTGAAGCCAGATGTGGATTATACTTTGAACGCATTTGCAGAATGGAGAAAAACAT
ATTTGCTGGCTGAGAAAAAACATGATAATGCTCAGTTAATCACGGGCATTGACTTCCGAGGAAGCATTAT
AGGATACGCTTACATTGGCAGCATGTGCCACCCGAAGCGTTCTGTAGGAATTATTCAGGATTATAGCCCA
ATAAATCTTGTGCTTGCCGTTATAATGGCCCATGAGATGGGTCATAATCTGGGCATACATCATGACGACG
GTTACTGTTATTGCGGTGGTTACCCATGCATTATGGGTCCCTCGATAAGCCCTGAACCTTCCAAATTTTT
CAGCAATTGTAGTTATATCCAATGTTGGGACTTTATTATGAATCACAACCCAGAATGCATTGACAATGAA
CCCTTGGGAACAGATATTATTTCACCTCCACTTTGTGGAAATGAACTTTTGGAGGTGGGAGAAGAATGTG
ACTGTGGCACTCCTGAAAATTGTCAAAATGAGTGCTGCGATGCTGCAACGTGTAAACTGAAGTCAGGGTC
ACAGTGTGGACATGGAAAATGTTGTGAGCAATGCAAATTTAGGACATCAGGAACAGAATGCCGGGCATCA
ATGAGTGAATGTGACCCAGCTGAACACTGCACTGGCCAATCTTCTGAGTGTCCTGCAGACGTCTTCCATA
AGAATGGGGAACCATGCCTAGATAACTACGGTTACTGCTACAATGGGAATTGCCCCATCATGTATCACCA
ATGTTATGCTCTCTTTGGTGCAGAAGTTTATGAGGCTGAAGATTCATGTTTTGAGAGTAACAAGAAAGGC
AATTATTATGGCTACTGCAGAAAGGAAAATGGTAAAAAGATTCCATGTGCATCAGAAGATGTAAAATGTG
GCAGGTTATACTGCAAAGATGATTCACCTGGACAAAATAATCCTTGCAAGATGTTCTATTCCAATGACGA
TGAACATAAGGGAATGGTTCTTCCTGGAACAAAATGTGCAGATGGAAAGGTCTGCAGCAACGGGCATTGT
GTTGATGTGACTACAGCCTACTAGTCAACCTCTGGCTTTGATTTTGGAGATCCTCCTTCCAGAAGGTTTG
GCTTCTCTCAAGTCCAAAGAGATCCATCTGCCTGTATCTTACTAGTAAATCACCCTTAGCTTCCAGATGG
CATCCAAATTCAGCAATATTTCTTCACCATATTTAATCTGTTTACCTTTTGCTGTAATCAAACCTTTTCC
CCACCACAAAGCTCCATGGGCATGTACAACACACCAAGGGCTTATTTGCTGTCAAGAAAAAAATGGCCAT
TTTACCATTTGCCAATTGCAGAGCACATTTAATACAACAAGTTCTGCCTTTTGAGCTGGTGTATTCGAAG
TCAATGCTTCCTCTTCCAAACTTTTGTGCTGGCTTTCCAAGATGTAGCTGCTTCCATCAATAAACTATTT
TCATTCTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTTTACTTTGATGTGATGCTGTG
CAAGCAAGGTATCACAGATGTAAAAGCAGCTTTGGTGGTCGAAATATCTGTCTGCAGGGGAAACACGAAA
CATTCCTTGTTTACTGAACCAGATTTGCAGCCTTCCGGATACTAACAGTCTCTTATGTCTCTGATTGTTT
CAGTTTGTAAAGAGAAGCTTTTAAAAGAAATCCTTAAAATCAAAAAAAAAAAAAAAAA
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4楼2009-08-04 18:07:26
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fengzheng770

铜虫 (初入文坛)
有没有人知道？帮忙解答，谢谢谢谢
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5楼2009-08-05 09:18:37
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