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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】特别初级问题(如何编写、运行vasp脚本)
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xbaobei

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
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fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流 8-16 17:35
有POTCAR文件的呀。。我用得是集群。。不知道这个和节点的选取方法是不是有关呢？IMAGES好像是the number of nodes ，但是我在INCAR文件里加上IMAGES=1或2 还是一样的错误。。不知道怎么办呢？
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11楼2009-08-16 09:24:43
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chuzhaonan

铁杆木虫 (著名写手)

第一性原理计算大师
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):thank you very much! 8-16 17:35
ATK的执行很简单,vasp的脚本需要自己编写,网上也有共享的,应该也不麻烦
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玩第一性原理就如看大片
12楼2009-08-16 10:56:00
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xbaobei

铜虫 (小有名气)
★
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我的脚本是在网上copy的。。课时执行起来有点问题。。
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13楼2009-08-16 16:03:43
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veryman

木虫 (正式写手)

$_$
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fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流2 9-6 18:55
引用回帖:
Originally posted by xbaobei at 2009-8-14 16:55:
我运行脚本的时候有错。。不知道具体怎么更改，还请高手们指点指点呀

脚本文件是
#! /bin/bash
BIN=/home/yyr/bin/vasp
rm WAVECAR
for i in  3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
cat >POSCAR  ...

脚本没什么问题，应该还是出在INCAR上。
建议你单开一个贴把INCAR贴出来大家讨论下。
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14楼2009-08-17 21:35:29
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xbaobei

铜虫 (小有名气)
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yjr(金币+1,VIP+0):谢谢！！ 8-18 11:51
INCAR文件是

general:
System = fcc Si
ISTART = 0 ; ICHARG=2
ENCUT  =    240
ISMEAR = 0; SIGMA = 0.1
  

应该是没错的，这些输入文件都是VASP自带的例子。。主要的问题应该是处在集群的节点连接上
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15楼2009-08-18 09:14:49
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ustbmars

铜虫 (小有名气)
★ ★
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qasd(金币+1,VIP+0):xiexie~ 8-20 15:00
很大可能是机群节点的连接问题，或者vasp在当前节点编译完但其在它节点并不可正确调用，建议先只用一个节点（编译vasp的那个）试试，如果没再出问题就是这个原因了。
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16楼2009-08-20 09:48:12
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Sassari

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
fegg7502(金币+2,VIP+0):thank you very much! 9-6 18:55
我写好了INCAR KPOINTS POTCAR文件和脚本文件
然后用CHMOD+X命令使脚本文件变成可执行文件
然后用命令./脚本 执行这个脚本文件是么？
这样之后就生成了一个POSCAR文件
然后我要怎么计算呢？
我做的是计算晶格参数的


脚本如下

#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.8 3.85 3.9 3.95 4.0 4.05 4.1 4.15 4.2 4.25 4.3
do
cat > POSCAR < Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
Direct
0 0 0
!
echo "a = $i angstrom "; time vasp
E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n" , $5}' '
V='grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n" , $5}' '
echo %V $E >>EtVo.dat
done
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17楼2009-09-06 15:29:52
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Sassari

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流2 9-6 18:55
写好以后用命令将他变成可执行文件
然后用./命令
出来的是

./run_a0: line 15: vasp: command not found

real    0m0.000s
user    0m0.000s
sys     0m0.001s
./run_a0: line 16: fg: no job control
./run_a0: line 17: fg: no job control
a = 4.25 angstrom
./run_a0: line 15: vasp: command not found

real    0m0.000s
user    0m0.000s
sys     0m0.001s
./run_a0: line 16: fg: no job control
./run_a0: line 17: fg: no job control
a = 4.3 angstrom
./run_a0: line 15: vasp: command not found

real    0m0.000s
user    0m0.000s
sys     0m0.001s
./run_a0: line 16: fg: no job control
./run_a0: line 17: fg: no job control


实在不大明白
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18楼2009-09-06 15:31:26
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hyj0752

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ls的脚本应当没问题，我在我的机子上使用了，可以运行，
是不是你的vasp没有用root用户拷贝到/bin/vasp下面，没有将vasp变成直接可执行的命令呢？
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19楼2009-10-11 00:25:20
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wangzg9292

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by Sassari at 2009-9-6 15:31:
写好以后用命令将他变成可执行文件
然后用./命令
出来的是

./run_a0: line 15: vasp: command not found

real    0m0.000s
user    0m0.000s
sys     0m0.001s
./run_a0: line 16: fg: no job control ...

你的路径不对
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20楼2009-10-11 09:14:51
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