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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【讨论】电子结构图的制作
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laohaoren2802

银虫 (正式写手)
期待高手指点。
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11楼2009-06-28 18:42:45
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meimeidyh

铁杆木虫 (著名写手)

进城务工人员
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spur(金币+1,VIP+0): 3Q！！谢谢参与！欢迎常来！ 7-1 12:24
是用castep做的。
先做好彩色的电荷密度切面，然后选择color maps，在color mapping上选取合适的具有代表性的值，就会出现如图所示的等高线了，再在spectrum栏选择black-white就可以了。不过还是建议用matlab做电荷密度等高线，更直观。
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12楼2009-07-01 09:18:53
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sss3012

银虫 (正式写手)
zhfuchun  朋友，能否介绍一下你是如何用MATLAB 画出电荷密度的，如何从CASTEP电荷密度计算中获得数据，谢谢
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13楼2009-07-01 11:30:13
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meimeidyh

铁杆木虫 (著名写手)

进城务工人员
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wuchenwf(金币+5,VIP+0):谢谢 7-2 22:28
转一个好帖给你看看（用matlab做电荷密度等高线）：
1.找到电荷密度图的存储文件，一般是在自己所建的计算project中，隐藏的，castep模块是.charg_frm格式的，可以用txt打开后另存为txt格式。
2.读取数据，在matlab命令里输入一下命令：
[path,fn]=uigetfile('*.txt','Open');
fp=fopen([fn,path],'r');
head=fscanf(fp,'%s',4);
data=fscanf(fp,'%f',[4,18*18*144]);
fclose(fp);
这是读取刚才保存的txt数据的，其中18*18*144是可以改的，分别对应a,b,c的重复单元。
3.作矩阵。
a=reshape(data(1,,[18,18,144]);
b=reshape(data(2,,[18,18,144]);
c=reshape(data(3,,[18,18,144]);
d=reshape(data(4,,[18,18,144]);
其中18*18*144是可以改的，分别对应a,b,c的重复单元，即长宽高的值。
4.作等高线图
layer=1;
contour(reshape(a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);
layer=1（2，3，4....） 可以修改作图的层数，分别是从前面到后面。最后的8表示显示线条数目，可以自己修改成9，10或其它。
hold on 表示累积作图，hold off表示清空前面的 作图
举例；做表面层和第九层的等高线图
>> layer=9;
contour(reshape(a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);
>> hold on
>> layer=1;
contour(reshape(a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);

这是沿侧面做等高线（即xz平面），其它方向作图类似。只要修改其中的参数就可以了，如把a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);
改为a(layer,:,,[18,144]),reshape(c(layer,l:,,[18,144]),reshape(d(layer,:,,[18,144]),8);

[ Last edited by meimeidyh on 2009-7-2 at 13:17 ]
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14楼2009-07-02 13:14:26
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positron

木虫 (职业作家)
★
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很好啊，初学者路过学习啦
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15楼2009-07-04 13:10:25
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zi_shu

木虫 (小有名气)
★
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还没见过这样的图，学习了。
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16楼2009-07-07 14:35:20
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mink

至尊木虫 (著名写手)
呵呵，只要会编程，处理数据不难，只是细心点。不过要多摸索，我用matla做过
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╱�?█◣要厚道!!
17楼2009-07-08 08:37:37
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qli0218

木虫 (小有名气)

问问楼上的

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我从dmol算的结果里也画出了电子图，不过先在也只是把数据导出来了，没有进行切面，想问一下用matlab如何进行切面阿？怎么改变画出的电荷密度图线的疏密程度？
谢谢
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18楼2009-07-08 08:56:49
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